Seminár z teoretickej informatiky

Fri 7 May. 2010, 11:00
M213

Title: Software a hardware pre identifikáciu sekvencií DNA podporujúcich alternatívne sekundárne štruktúry
Speaker: Matej Lexa, Masarykova univerzita v Brne

V súvislosti s našou rastúcou schopnosťou produkovať sekvencie DNA
narastá aj potreba analyzovať ich obsah. Okrem identifikácie
kódujúcich oblastí, ktoré napr. v ľudskom genóme zaberajú iba niekoľko
percent genómu, je aktuálna aj identifikácia vzorov, ktoré by mohli
mať iné biologické funkcie. Zaujímajú nás sekvencie schopné vytvárať
alternatívne usporiadania nukleotidov v priestore (napr. krížová a
triplexová DNA), pretože sa predpokladá ich účasť na regulácii
génov. Ich funkcia by mohla spočívať v uľahčení alebo naopak sťažení
väzieb DNA-proteín, regulácii transkripcie či modulovaní stavu DNA a
chromatínu v danej oblasti genómu. Predstavím krížovú a triplexovú DNA
a algoritmy, ktoré umožňujú efektívne nájsť sekvencie kompatibilné s
týmito štruktúrami. Uvediem príklady paralelizácie výpočtov pomocou
hradlových polí (FPGA).

Bio: Dr. Matej Lexa vyštudoval agronómiu v Nitre a doktorandské
štúdium z biológie rastlín na University of Illinois at
Champaign-Urbana v USA. Od roku 1998 pôsobí na Masarykovej univerzite v
Brne, najskôr na Prírodovedeckej fakulte a od roku 2004 na Fakulte
informatiky.