1-DAV-202 Data Management 2023/24
Previously 2-INF-185 Data Source Integration

Materials · Introduction · Rules · Contact
· Grades from marked homeworks are on the server in file /grades/userid.txt
· Please submit project proposals until Friday April 12. Topics from potential bachelor topic supervisors can be found in /tasks/temy.txt (in Slovak).
· Due to Easter holidays, Web and Bioinf1 homeworks are due on April 4, 9:00am.


Difference between revisions of "Genomika"

From MAD
Jump to navigation Jump to search
Line 10: Line 10:
 
* Prednášky spolu s predmetom PriF.KBCh/N-mCBI-119/15 na Prírodovedeckej fakulte (pre magisterské programy Genetika, Biochémia a Molekulárna biológia)
 
* Prednášky spolu s predmetom PriF.KBCh/N-mCBI-119/15 na Prírodovedeckej fakulte (pre magisterské programy Genetika, Biochémia a Molekulárna biológia)
 
* Prednášajú [https://www.sav.sk/?lang=sk&doc=user-org-user&user_no=10065 Peter Baráth] (Chemický ústav SAV), <!-- [http://www.biocenter.sk/ib.html Ingrid Bhatia] (Katedra biochémie PriFUK)-->, [http://compbio.fmph.uniba.sk/~bbrejova/ Broňa Brejová] (Katedra informatiky FMFI), [https://sluzby.fmph.uniba.sk/ludia/kollar53 Richard Kollár] (Katedra aplikovanej matematiky a štatistiky FMFI), [http://biochemici.sk/index.php/about/employees/24-nebohacovamartina Martina Neboháčová] (Katedra biochémie PriFUK), [http://www.biocenter.sk/jn.html Jozef Nosek] (Katedra biochémie PriFUK), [http://www.biocenter.sk/lt.html Ľubomír Tomáška] (Katedra genetiky PriFUK), [https://www.researchgate.net/profile/Ivan_Valent Ivan Valent] (Katedra fyzikálnej a teoretickej chémie PriFUK), [http://compbio.fmph.uniba.sk/~tvinar/ Tomáš Vinař] (Katedra aplikovanej informatiky FMFI)
 
* Prednášajú [https://www.sav.sk/?lang=sk&doc=user-org-user&user_no=10065 Peter Baráth] (Chemický ústav SAV), <!-- [http://www.biocenter.sk/ib.html Ingrid Bhatia] (Katedra biochémie PriFUK)-->, [http://compbio.fmph.uniba.sk/~bbrejova/ Broňa Brejová] (Katedra informatiky FMFI), [https://sluzby.fmph.uniba.sk/ludia/kollar53 Richard Kollár] (Katedra aplikovanej matematiky a štatistiky FMFI), [http://biochemici.sk/index.php/about/employees/24-nebohacovamartina Martina Neboháčová] (Katedra biochémie PriFUK), [http://www.biocenter.sk/jn.html Jozef Nosek] (Katedra biochémie PriFUK), [http://www.biocenter.sk/lt.html Ľubomír Tomáška] (Katedra genetiky PriFUK), [https://www.researchgate.net/profile/Ivan_Valent Ivan Valent] (Katedra fyzikálnej a teoretickej chémie PriFUK), [http://compbio.fmph.uniba.sk/~tvinar/ Tomáš Vinař] (Katedra aplikovanej informatiky FMFI)
* [https://moodle.uniba.sk/moodle/moodle16/course/view.php?id=1322 Moodle s materiálmi k prednáškam]
+
<!-- * [https://moodle.uniba.sk/moodle/moodle16/course/view.php?id=1322 Moodle s materiálmi k prednáškam] -->
 
* Moodle s materiálmi k prednáškam (pribudne neskôr)
 
* Moodle s materiálmi k prednáškam (pribudne neskôr)
 
* Učebnica [https://www.amazon.de/Genomika-Jozef-Nosek/dp/1494230623/ref=tmm_pap_title_0?_encoding=UTF8&qid=&sr= čiernobiela], [https://www.amazon.de/Genomika-Jozef-Nosek/dp/1493731335 farebná], vo fakultnej knižnici na prezenčné použitie so signatúrou I-INF-N-20
 
* Učebnica [https://www.amazon.de/Genomika-Jozef-Nosek/dp/1494230623/ref=tmm_pap_title_0?_encoding=UTF8&qid=&sr= čiernobiela], [https://www.amazon.de/Genomika-Jozef-Nosek/dp/1493731335 farebná], vo fakultnej knižnici na prezenčné použitie so signatúrou I-INF-N-20

Revision as of 14:14, 19 February 2018

Stránka k predmetu 2-INF-269/15 Genomika

Obsahové prerekvizity

  • Metódy v bioinformatike a Integrácia dátových zdrojov
  • Ak ste skúsení v práci na príkazovom riadku v Linuxe, Integráciu je možné brať aj súčasne s Genomikou

Prednášky

  • Prednášky spolu s predmetom PriF.KBCh/N-mCBI-119/15 na Prírodovedeckej fakulte (pre magisterské programy Genetika, Biochémia a Molekulárna biológia)
  • Prednášajú Peter Baráth (Chemický ústav SAV), , Broňa Brejová (Katedra informatiky FMFI), Richard Kollár (Katedra aplikovanej matematiky a štatistiky FMFI), Martina Neboháčová (Katedra biochémie PriFUK), Jozef Nosek (Katedra biochémie PriFUK), Ľubomír Tomáška (Katedra genetiky PriFUK), Ivan Valent (Katedra fyzikálnej a teoretickej chémie PriFUK), Tomáš Vinař (Katedra aplikovanej informatiky FMFI)
  • Moodle s materiálmi k prednáškam (pribudne neskôr)
  • Učebnica čiernobiela, farebná, vo fakultnej knižnici na prezenčné použitie so signatúrou I-INF-N-20

Cvičenia

  • Cvičiaci Broňa Brejová a Tomáš Vinař
  • Náplňou cvičení je tvorba prehliadača genómov na báze softvéru UCSC genome browser pre vybrané genómy. Pri tejto tvorbe si precvičíme prácu s genomickými dátami a vytvoríme aj potenciálne užitočný nástroj
  • Budeme pracovať ako skupina, ktorá má spoločný cieľ. Konkrétne podciele na najbližší čas si vždy rozdelíme medzi jednotlivých členov (prípadne dvojice) na spoločnom stretnutí.
  • Stretnutie sa uskutoční v rozvrhovom čase pre cvičenia približne raz za dva týždne. Jednotliví členovia skupiny zosumarizujú, čo sa im z predchádzajúcich úloh podarilo a čo nie, na aké problémy narazili, čo sa zaujímavé naučili a pod. Podiskutujeme, ako by sa tieto problémy mohli riešiť, rozmyslíme ďalšie úlohy a dohodneme sa, kto bude čo robiť.
  • Po skončení diskusnej časti stretnutia začnete na dohodnutých úlohách pracovať v počítačovej miestnosti, pokračujete individuálne do ďalšieho stretnutia
  • Ak sa v danom týždni nekoná stretnutie celej skupiny, môžete v čase cvičení využiť miestnosť na prácu na projekte, najmä ak chcete koordinovať viac ľudí. V prípade záujmu môžeme prísť aj my a niečo poradiť (dohodnite si to vopred).

Hodnotenie

  • Prednášková časť je ukončená písomnou skúškou, ktorá tvorí 50% známky, skúšku organizuje prof. Nosek
  • 50% známky je za prácu na cvičeniach, pričom cca 25% známky je celkový dojem z úspešnosti skupiny ako celku a 25% z individuálneho prínosu daného študenta
  • Známky A: 90+, B: 80+, C: 70+, D: 60+, E: 50+

Poznámky k hodnoteniu cvičení

  • Ak niektorí študenti budú mať obzvlášť malý alebo obzvlášť veľký podiel na práci skupiny, môže byť váha ich individuálneho hodnotenia zvýšená (v extrémnych prípadoch až 50% celej známky)
  • Za každú fázu skupinového projektu (t.j. po každom stretnutí) vám budú pridelené čierne a/alebo červené body
    • Červené body sú za splnené úlohy a ich počet odzrkadľuje kvalitu, kvantitu a náročnosť práce
    • Čierne body sú za úlohy, ktoré vám boli priradené, ale ktoré ste nesplnili, obzvlášť ak od nich závisí ďalší postup ostatných členov skupiny. Takisto čierne body dostanete za iné správanie, ktoré narúša úspešné napredovanie skupiny (neospravedlnená neprítomnosť na stretnutí, narušenie práce spoločného servera a pod.)
    • Individuálne hodnotenie je neklesajúca funkcia od počtu červených bodov a nerastúca od počtu čiernych, presný prepočet určíme neskôr.

Koordinácia v rámci skupiny a s cvičiacimi

  • Projekt na GitHube https://github.com/bbrejova/genomika-2017
    • Slúži na ukladanie skriptov a dokumentácie, koordinácia úloh pomocou issues
    • Verejne prístupný, píšeme po anglicky, neuvádzame záležitosti súvisiace skôr s predmetom než samotným cieľom našej práce
    • Nabudúce spolu dohodneme vhodnú štruktúru
  • Každý študent má Google document, v ktorom si vedie stručný denník
    • Tento denník zdieľajte s cvičiacimi na zápis, budú vám tam dopisovať body
    • V každej fáze uveďte ako nadpis dátum stretnutia, ktorým fáza začala a pod neho stručný zoznam vecí, ktoré ste spravili s linkami do GitHubu na výsledky vašej práce
    • Uveďte tiež stručný sumár, čo sa vám oproti plánu podarilo alebo nepodarilo, prípadne či s niečím boli ťažkosti, či ste spravili niečo oproti plánu navyše a pod.
    • Tento denník je vhodným podkladom pre ďalšie plánovacie stretnutie, kde sa o vašich výsledkoch budeme rozprávať, treba si ho teda pripraviť pred stretnutím
    • Ak si na stretnutí spomeniete na niečo, čo chcete pridať k denníku predchádzajúcej fázy, spravte to čím skôr (hneď po stretnutí), potom už predchádzajúcu fázu nemeňte
    • Najnovšiu fázu majte vždy na vrchu dokumentu, aby sa dala rýchlo nájsť
  • Chceme aj nejaký mailing list / skupinu na oznamy ostatným členom? Alternatívne návrhy k GitHubu a Google docs?

Plán na prvé týždne

V prvých troch týždňoch plánujeme stretnutie každý týždeň

  • 23.2.: organizačné detaily, práca s UCSC prehliadačom: cvičenie
    • úloha do ďalšieho týždňa: vytvoriť si Google doc s denníkom, zdieľať s cvičiacimi, uviesť v ňom svoje meno a GitHub username, prijať pozvánku stať sa členom projektu
  • 2.3.: celkové ciele skupiny
    • úloha do ďalšieho týždňa: oboznámenie sa s existujúcimi prehliadačmi pre cieľové druhy, získanie genómových sekvencií, začiatok inštalácie browsera (rozdelíme si)
  • 9.3: podrobnejšie ciele na prvé fázy
    • rozdelíme konkrétne úlohy na ďalšie dva týždne