Genomika

Stránka k predmetu 2-INF-269/15 Genomika

• cvičenie na prvý týždeň
• Predbežné informácie k štátniciam

Obsahové prerekvizity

• Metódy v bioinformatike a Integrácia dátových zdrojov
• Ak ste skúsení v práci na príkazovom riadku v Linuxe, Integráciu je možné brať aj súčasne s Genomikou

Prednášky

• Prednášky spolu s predmetom PriF.KBCh/N-mCBI-119/15 na Prírodovedeckej fakulte (pre magisterské programy Genetika, Biochémia a Molekulárna biológia)
• Prednášajú Peter Baráth (Chemický ústav SAV), , Broňa Brejová (Katedra informatiky FMFI), Richard Kollár (Katedra aplikovanej matematiky a štatistiky FMFI), Martina Neboháčová (Katedra biochémie PriFUK), Jozef Nosek (Katedra biochémie PriFUK), Ľubomír Tomáška (Katedra genetiky PriFUK), Ivan Valent (Katedra fyzikálnej a teoretickej chémie PriFUK), Tomáš Vinař (Katedra aplikovanej informatiky FMFI)
• Moodle s materiálmi k prednáškam (pribudne neskôr)
• Učebnica čiernobiela, farebná, vo fakultnej knižnici na prezenčné použitie so signatúrou I-INF-N-20

Cvičenia

• Cvičiaci Broňa Brejová a Tomáš Vinař
• Náplňou cvičení je tvorba prehliadača genómov na báze softvéru UCSC genome browser pre vybrané genómy. Pri tejto tvorbe si precvičíme prácu s genomickými dátami a vytvoríme aj potenciálne užitočný nástroj
• Budeme pracovať ako skupina, ktorá má spoločný cieľ. Konkrétne podciele na najbližší čas si vždy rozdelíme medzi jednotlivých členov (prípadne dvojice) na spoločnom stretnutí.
  • Pri väčšom počte študentov sa rozdelíme na 2 alebo 3 skupiny s rôznymi cieľmi
• Stretnutie sa uskutoční v rozvrhovom čase pre cvičenia približne raz za dva týždne. Jednotliví členovia skupiny zosumarizujú, čo sa im z predchádzajúcich úloh podarilo a čo nie, na aké problémy narazili, čo sa zaujímavé naučili a pod. Podiskutujeme, ako by sa tieto problémy mohli riešiť, rozmyslíme ďalšie úlohy a dohodneme sa, kto bude čo robiť.
• Po skončení diskusnej časti stretnutia začnete na dohodnutých úlohách pracovať v počítačovej miestnosti, pokračujete individuálne do ďalšieho stretnutia
• Ak sa v danom týždni nekoná stretnutie celej skupiny, môžete v čase cvičení využiť miestnosť na prácu na projekte, najmä ak chcete koordinovať viac ľudí. V prípade záujmu môžeme prísť aj my a niečo poradiť (dohodnite si to vopred).

Hodnotenie

• Prednášková časť je ukončená písomnou skúškou, ktorá tvorí 50% známky, skúšku organizuje prof. Nosek
• 50% známky je za prácu na cvičeniach, pričom cca 25% známky je celkový dojem z úspešnosti skupiny ako celku a 25% z individuálneho prínosu daného študenta
• Známky A: 90+, B: 80+, C: 70+, D: 60+, E: 50+

Poznámky k hodnoteniu cvičení

• Ak niektorí študenti budú mať obzvlášť malý alebo obzvlášť veľký podiel na práci skupiny, môže byť váha ich individuálneho hodnotenia zvýšená (v extrémnych prípadoch až 50% celej známky)
• Za každú fázu skupinového projektu (t.j. po každom stretnutí) vám budú pridelené čierne a/alebo červené body
  • Červené body sú za splnené úlohy a ich počet odzrkadľuje kvalitu, kvantitu a náročnosť práce
  • Čierne body sú za úlohy, ktoré vám boli priradené, ale ktoré ste nesplnili, obzvlášť ak od nich závisí ďalší postup ostatných členov skupiny. Takisto čierne body dostanete za iné správanie, ktoré narúša úspešné napredovanie skupiny (neospravedlnená neprítomnosť na stretnutí, narušenie práce spoločného servera a pod.)
  • Individuálne hodnotenie je neklesajúca funkcia od počtu červených bodov a nerastúca od počtu čiernych, presný prepočet určíme neskôr.

Ciele predmetu

Pre bioinformatikov: ak sa plánujete venovať bioinformatike, budete v budúcnosti spracovávať dáta z moderných technologií a interagovať s odborníkmi na prírodné vedy.

• Na Genomike sa oboznámite sa s modernými biotechnológiami.
• Vyskúšate si prácu s reálnymi biologickými dátami.
• Na prednáškach prídete do kontaktu s odborníkmi z prírodných vied

Pre ostatných: aj ak sa neplánujete intenzívne venovať bioinformatike počas štúdia ani po jeho ukočení, na tomto predmete sa môžete všeličo zaujímavé a užitočné naučiť.

• Prednášky môžu byť zaujímavým okienkom do sveta modernej biológie, ktorá sa momentálne veľmi rýchlo rozvíja aj vďaka úzkej spolupráci s nanotechnológiami a informatikou.
• Prednášky sú tiež dobrým tréningom v komunikácii s expertami z iných oblastí - aj keď nebudete bioiformatici, môžete v budúcnosti úzko spolupracovať s klientmi alebo kolegami, ktorí sú expertami na úplne inú oblasť. Prednášky a príprava na skúšku sú tréningom ako pochopiť základné myšlienky textu alebo prezentácie, v ktorých je veľa pre vás neznámych pojmov.
• Cvičenia vám umožnia precvičiť si prácu v tíme, spracovanie dát, prácu s väčším existujúcim softvérom.

Koordinácia v rámci skupiny a s cvičiacimi

• Projekt na GitHube https://github.com/bbrejova/genomika-2017
  • Slúži na ukladanie skriptov a dokumentácie, koordinácia úloh pomocou issues
  • Verejne prístupný, píšeme po anglicky, neuvádzame záležitosti súvisiace skôr s predmetom než samotným cieľom našej práce
  • Nabudúce spolu dohodneme vhodnú štruktúru

• Každý študent má Google document, v ktorom si vedie stručný denník
  • Tento denník zdieľajte s cvičiacimi na zápis, budú vám tam dopisovať body
  • V každej fáze uveďte ako nadpis dátum stretnutia, ktorým fáza začala a pod neho stručný zoznam vecí, ktoré ste spravili s linkami do GitHubu na výsledky vašej práce
  • Uveďte tiež stručný sumár, čo sa vám oproti plánu podarilo alebo nepodarilo, prípadne či s niečím boli ťažkosti, či ste spravili niečo oproti plánu navyše a pod.
  • Tento denník je vhodným podkladom pre ďalšie plánovacie stretnutie, kde sa o vašich výsledkoch budeme rozprávať, treba si ho teda pripraviť pred stretnutím
  • Ak si na stretnutí spomeniete na niečo, čo chcete pridať k denníku predchádzajúcej fázy, spravte to čím skôr (hneď po stretnutí), potom už predchádzajúcu fázu nemeňte
  • Najnovšiu fázu majte vždy na vrchu dokumentu, aby sa dala rýchlo nájsť

• Chceme aj nejaký mailing list / skupinu na oznamy ostatným členom? Alternatívne návrhy k GitHubu a Google docs?

Plán na prvé týždne

V prvých troch týždňoch plánujeme stretnutie každý týždeň

• 23.2.: organizačné detaily, práca s UCSC prehliadačom: cvičenie
  • úloha do ďalšieho týždňa: vytvoriť si Google doc s denníkom, zdieľať s cvičiacimi, uviesť v ňom svoje meno a GitHub username, prijať pozvánku stať sa členom projektu
• 2.3.: celkové ciele skupiny
  • úloha do ďalšieho týždňa: oboznámenie sa s existujúcimi prehliadačmi pre cieľové druhy, získanie genómových sekvencií, začiatok inštalácie browsera (rozdelíme si)
• 9.3: podrobnejšie ciele na prvé fázy
  • rozdelíme konkrétne úlohy na ďalšie dva týždne