1-DAV-202 Data Management 2023/24
Previously 2-INF-185 Data Source Integration

Materials · Introduction · Rules · Contact
· Grades from marked homeworks are on the server in file /grades/userid.txt
· Please submit project proposals until Friday April 12. Topics from potential bachelor topic supervisors can be found in /tasks/temy.txt (in Slovak).
· Due to Easter holidays, Web and Bioinf1 homeworks are due on April 4, 9:00am.


Genomika

From MAD
Revision as of 16:27, 21 February 2018 by Brona (talk | contribs) (→‎Cvičenia)
Jump to navigation Jump to search

Stránka k predmetu 2-INF-269/15 Genomika

Obsahové prerekvizity

  • Metódy v bioinformatike a Integrácia dátových zdrojov
  • Ak ste skúsení v práci na príkazovom riadku v Linuxe, Integráciu je možné brať aj súčasne s Genomikou

Prednášky

Cvičenia

  • Cvičiaci Broňa Brejová a Tomáš Vinař
  • Náplňou cvičení je tvorba prehliadača genómov na báze softvéru UCSC genome browser pre vybrané genómy. Pri tejto tvorbe si precvičíme prácu s genomickými dátami a vytvoríme aj potenciálne užitočný nástroj
  • Budeme pracovať ako skupina, ktorá má spoločný cieľ. Konkrétne podciele na najbližší čas si vždy rozdelíme medzi jednotlivých členov (prípadne dvojice) na spoločnom stretnutí.
    • Pri väčšom počte študentov sa rozdelíme na 2 alebo 3 skupiny s rôznymi cieľmi
  • Stretnutie sa uskutoční v rozvrhovom čase pre cvičenia približne raz za dva týždne. Jednotliví členovia skupiny zosumarizujú, čo sa im z predchádzajúcich úloh podarilo a čo nie, na aké problémy narazili, čo sa zaujímavé naučili a pod. Podiskutujeme, ako by sa tieto problémy mohli riešiť, rozmyslíme ďalšie úlohy a dohodneme sa, kto bude čo robiť.
  • Po skončení diskusnej časti stretnutia začnete na dohodnutých úlohách pracovať v počítačovej miestnosti, pokračujete individuálne do ďalšieho stretnutia

Hodnotenie

  • Prednášková časť je ukončená písomnou skúškou, ktorá tvorí 50% známky, skúšku organizuje prof. Nosek
  • 50% známky je za prácu na cvičeniach, pričom cca 25% známky je celkový dojem z úspešnosti skupiny ako celku a 25% z individuálneho prínosu daného študenta
  • Známky A: 90+, B: 80+, C: 70+, D: 60+, E: 50+

Poznámky k hodnoteniu cvičení

  • Ak niektorí študenti budú mať obzvlášť malý alebo obzvlášť veľký podiel na práci skupiny, môže byť váha ich individuálneho hodnotenia zvýšená (v extrémnych prípadoch až 50% celej známky)
  • Za každú fázu skupinového projektu (t.j. po každom stretnutí) vám budú pridelené čierne a/alebo červené body
    • Červené body sú za splnené úlohy a ich počet odzrkadľuje kvalitu, kvantitu a náročnosť práce
    • Čierne body sú za úlohy, ktoré vám boli priradené, ale ktoré ste nesplnili, obzvlášť ak od nich závisí ďalší postup ostatných členov skupiny. Takisto čierne body dostanete za iné správanie, ktoré narúša úspešné napredovanie skupiny (neospravedlnená neprítomnosť na stretnutí, narušenie práce spoločného servera a pod.)
    • Individuálne hodnotenie je neklesajúca funkcia od počtu červených bodov a nerastúca od počtu čiernych, presný prepočet určíme neskôr.

Ciele predmetu

Pre bioinformatikov: ak sa plánujete venovať bioinformatike, budete v budúcnosti spracovávať dáta z moderných technologií a interagovať s odborníkmi na prírodné vedy.

  • Na Genomike sa oboznámite sa s modernými biotechnológiami.
  • Vyskúšate si prácu s reálnymi biologickými dátami.
  • Na prednáškach prídete do kontaktu s odborníkmi z prírodných vied

Pre ostatných: aj ak sa neplánujete intenzívne venovať bioinformatike počas štúdia ani po jeho ukočení, na tomto predmete sa môžete všeličo zaujímavé a užitočné naučiť.

  • Prednášky môžu byť zaujímavým okienkom do sveta modernej biológie, ktorá sa momentálne veľmi rýchlo rozvíja aj vďaka úzkej spolupráci s nanotechnológiami a informatikou.
  • Prednášky sú tiež dobrým tréningom v komunikácii s expertami z iných oblastí - aj keď nebudete bioiformatici, môžete v budúcnosti úzko spolupracovať s klientmi alebo kolegami, ktorí sú expertami na úplne inú oblasť. Prednášky a príprava na skúšku sú tréningom ako pochopiť základné myšlienky textu alebo prezentácie, v ktorých je veľa pre vás neznámych pojmov.
  • Cvičenia vám umožnia precvičiť si prácu v tíme, spracovanie dát, prácu s väčším existujúcim softvérom.

Koordinácia v rámci skupiny a s cvičiacimi

Každá skupina by si mala vytvoriť spôsob organizácie práce a jej výsledkov

  • Mala by existovať verejne dostupná a prehľadná dokumentácia k všetkému, čo ste robili
    • Kde ste stiahli dáta, ako ste ich spracovali (ideálne postupnosť všetkých relevantných príkazov), poznámky k problematickým krokom
    • Ideálne v angličtine, ale stačia stručné poznámky
  • Takisto by mali byť verejne prístupný archív zdrojových kódov všetkých programov, ktorý ste pre predmet napísali

Z minulého roku existuje projekt na GitHube https://github.com/bbrejova/genomika-2017

  • Obsahuje skripty aj dokumentáciu vo forme wiki
  • Odporúčame použiť, ak nemáte lepší nápad ako prácu zorganizovať
  • Časti z minulého roka nemažte, môžete ich však nejako presunúť do priečinka a pod.

Denník skupiny

  • Každá skupina má Google document, v ktorom sa na stretnutí spíšu dohodnuté úlohy a komu boli priradené a na ďalšom stretnutí aktuálny stav ich plnenia a pridelené body
  • Môžete si tam písať aj ďalšie poznámky o aktuálnom stave prác a problémoch, na aké ste narazili

Plán na prvé týždne

  • 22.2.: organizačné detaily, práca s UCSC prehliadačom: cvičenie, rozdelenie do skupín
    • úloha do ďalšieho týždňa: poslať B. Brejovej email obsahujúci vaše meno, gmailové konto a githubové konto, ktoré chcete na predmete využívať, prijať pozvánku za člena Github projektu
  • 1.3. a 8.3.: podrobnejšie rozplánovanie prvých úloh, začnete na nich pracovať