1-BIN-301, 2-AIN-501 Metódy v bioinformatike, ZS 2016/17

Úvod · Pravidlá · Termíny a zadania · Prednášky a poznámky · Facebook (oznamy a diskusie) (návod a pravidlá)
Zadania domácich úloh a články na journal club nájdete v časti Termíny a zadania.
Pozrite si ukážkové príklady na skúšku.


Pravidlá

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie

Hodnotenie

  • 3 domáce úlohy 30% (10% každá)
  • Journal club 10%
  • Skúška alebo projekt 60%

Hodnotenie: A: 90+, B: 80+, C: 70+, D: 60+, E: 50+

Domáce úlohy a skúška môžu obsahovať dve verzie niektorých otázok, jednu určenú pre biológov (resp. iných študentov prírodovedných odborov) a jednu pre študentov informatických odborov.

Namiesto skúšky môžete odovzdať projekt, ak ho máte vopred schválený od vyučujúcich. Doktorandi musia robiť projekt. Naopak študentom, ktorí budp mať z predmetu aj štátnice odporúčame skôr skúšku.

Journal club

Journal club sa robí v skupinách, pričom každá skupina má za úlohu naštudovať a spísať vlastnými slovami jeden článok z odbornej literatúry.

  • Každý študent si z ponúknutého zoznamu vyberie tri články, ktoré ho najviac zaujali.
  • Podľa týchto preferencií vyučujúci rozdelia študentov do skupín. Každá skupina bude čítať iný článok.
  • Každý študent si najskôr sám prečíta pridelený článok.
  • Potom sa stretne celá skupina, prediskutuje článok a pokúsi sa vysvetliť si navzájom nejasné časti, prípadne zohnať chýbajúce informácie v literatúre.
  • V prípade potreby sa skupina stretne aj viackrát, alebo ďalej komunikuje elektronicky. V prípade otázok k článku si môžete celá skupina alebo jej niektorí členovia dohodnúť aj konzultácie s vyučujúcimi.
  • Skupinka spíše správu, v ktorej vlastnými slovami vysvetlí hlavné metódy a výsledky článku a ďalšie potrebné pojmy tak.

Podrobnosti k stretnutiu skupiny pre journal club

  • Nezabudnite, že pred prvým stretnutím má mať každý už prečítaný článok
  • Prvé stretnutie by sa malo konať najneskôr 17.11. a miesto stretnutia by malo byť na FMFI prípadne na PriFUK. Pokúste sa vybrať čas vhodný pre všetkých členov skupiny, pričom na dohadovanie času odporúčame použiť napr. službu doodle.com alebo diskusiu na Facebookovej skupine predmetu.
  • Zvolený čas a miesto prvého stretnutia zverejnite na Facebookovej skupine predmetu najneskôr 2 dni pred stretnutím.
  • Po prvom stretnutí zástupca skupiny pošle krátku správu B.Brejovej, v ktorej uvedie, kto sa stretnutia zúčastnil, kto sa ospravedlnil a kto sa prípadne skupine neozval a aký bol záver stretnutia - či má skupina problémy s niektorými časťami článku, či sa plánuje stretnúť znovu, či potrebuje konzultáciu s vyučujúcimi a pod.
  • Ak sa stretnutie neuskutoční podľa týchto pravidiel, môže to ovplyvniť známku zo záverečnej správy.

Rady a pokyny k správe zo journal clubu

  • V správe vlastnými slovami opíšte hlavné metódy a výsledky článku
  • Správa by mala byť pochopiteľná pre študentov tohto predmetu (informatikov aj biológov), vysvetlite preto aj potrebné pojmy, ktoré v článku vysvetlené nie sú
  • V správe nemusíte pokryť celý obsah článku a naopak, môžete využiť aj iné zdroje
  • Skúste do textu vložiť vlastný pohľad na tému
  • Odporúčaný rozsah je cca 1-2 strany na osobu. Správa by však mala tvoriť jeden ucelený text, preto si dobre dohodnite, kto o čom a ako bude písať a nechajte si čas na úpravy celkového textu.
  • V správe je potrebné vymenovať členov skupiny, ktorí sa na jej práci reálne podieľali. Študenti, ktorí v tomto zozname nebudú uvedení, nezískajú za správu body.

Skúška

Skúška je písomná v trvaní 2-3 hodiny. Obsah upresníme neskôr. Na skúšku si môžete priniesť "ťahák" - 2 listy A4 popísaných čímkoľvek, čo uznáte za vhodné.

Projekt

  • Projekt je pre magisterských a bakalárskych študentov nepovinný, pričom nahrádza skúšku. Doktorandskí študenti robia projekt povinne.
  • Môže sa týkať témy vašej bakalárskej/diplomovej/dizertačnej práce, malo by však ísť o ucelený celok, na ktorom ste ešte doteraz nepracovali.
  • Projekt je možné robiť aj v skupinách, avšak náročnosť a rozsah by mali stúpať s počtom členov skupiny.
  • Projekt môže obsahovať napríklad analýzu nových dát existujúcimi programami, experimentálne porovnanie viacerých programov na reálnych alebo simulovaných dátach, modifikácie v existujúcich programoch, teoretickú analýzu modelov alebo algoritmov, programovanie nových nástrojov, alebo prehľad niekoľkých súvisiacich článkov z odbornej literatúry.
  • Navrhovanú tému projektu je potrebné mať schválenú najneskôr do konca semestra od vyučujúcich, ale čím skôr tým lepšie pre vás. Pošlite stručný popis navrhovaného projektu e-mailom a dohodnite si aj osobné stretnutie.
  • Projekt treba odovzdať písomne a príslušné súbory (dáta, program a pod.) elektronicky. Niekoľko dní po odovdzaní projektu sa koná ústna skúška, na ktorej sa diskutuje o detailoch projektu. Pri skupinových projektoch má každý člen skúšku osobitne.

Podrobnejšie pokyny k projektom nájdete na zvláštnej stránke.

Opisovanie

Opisovanie domácich úloh, projektov a opisovanie na skúškach je vážnym porušením akademickej integrity.

Opisovanie domácich úloh a projektov zahŕňa opísanie práce inej osoby (napr. od spolužiaka, z internetu, alebo z odbornej literatúry) a jej odovzdanie pod vlastným menom, umožnenie inej osobe opísať vlastné riešenia, ale aj spoluprácu pri riešení nad rámec povolený prednášajúcimi predmetu. Opisovanie na skúške zahŕňa použitie nepovolených pomôcok, ale aj nepovolenú komunikáciu s inými osobami počas skúšky.

V správe zo journal clubu a v projekte musíte citovať všetku použitú literatúru. Zapíšte získané poznatky vlastnými slovami. Nekopírujte z literatúry a iných zdrojov celé vety (výnimkou môžu byť len krátke priame citáty s uvedením zdroja). Obrázky vytvorte vlastné alebo pri prevzatých obrázkoch uveďte zdroj, z ktorého pochádzajú.

Pri zistení opisovania budeme štandardne prideľovať známku -100% za príslušnú časť práce, s minimálnym znížením výslednej známky o jeden stupeň; v prípade opisovania na skúške automatická strata termínu a zníženie výslednej známky o dva stupne. Obzvlášť hrubé porušenia akademickej integrity budú postúpené na riešenie dekanovi fakulty.

U domácich úloh povoľujeme a podporujeme diskusiu medzi študentami o jednotlivých príkladoch. Riešenia ktoré odovzdáte, však musia byť vašou vlastnou prácou napísanou vašimi vlastnými slovami. Aby ste sa vyhli zbytočným problémom, nerobte si pri skupinových diskusiách o domácich úlohách poznámky a so spisovaním materiálu určeného na odovzdanie počkajte aspoň tri hodiny po takejto diskusii.