1-BIN-301, 2-AIN-501 Metódy v bioinformatike, ZS 2017/18

Úvod · Pravidlá · Termíny a zadania · Prednášky a poznámky · Facebook (oznamy a diskusie) (návod a pravidlá)
Zadania domácich úloh a články na journal club nájdete v časti Termíny a zadania.
Rozpis skupín pre journal club je zverejnený


Prednášky a poznámky

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie

Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 1.10.2015: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov


Týždeň 25.9.-1.10.
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov pdf, pdf
BV kap. 1
CI: Úvod do biológie pdf poznámky
ZB kap. 1
CB: Úvod do informatiky, UCSC genome browser pdf poznámky
Týždeň 2.-8.10.
PR: nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 v F1-328
CI: Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní pdf poznámky
CB: Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti pdf poznámky
Týždeň 9.-15.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika pdf poznámky
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty pdf poznámky
Týždeň 16.-22.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií poznámky
CB: Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy poznámky
Týždeň 23.-29.10.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely pdf
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
CI: BLAST, rýchle hľadanie podobnosti poznámky
CB: Skryté Markovove modely, E-value pdf poznámky
Týždeň 30.10.-5.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) pdf
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
CI: Algoritmy pre HMM pdf poznámky
CB: Substitučné modely, bootstrap pdf poznámky
Týždeň 6.-12.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM pdf
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
CI: Substitučné modely pdf poznámky
CB: Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy, Fitchov aloritmus pdf, pdf poznámky
Týždeň 13.-19.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách pdf
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
CI: Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM pdf poznámky
CB: Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction pdf poznámky
Týždeň 20.-26.11.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov pdf
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
CI: Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním poznámky
CB: Úvod do bezkontextových gramatík, microarray dáta, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam poznámky
Týždeň 27.11.-3.12.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
CI: Ukážky biologických databáz, zhlukovanie algoritmom k-means, úvod do bezkontextových gramatík poznámky
CB: RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD poznámky
Týždeň 4.-10.12.
PR: Populačná genetika
CI: Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, RNA štruktúra poznámky
Týždeň 11.-17.12.
CI: Zhrnutie semestra, štruktúra populácie poznámky
PR: Nepovinné prezentácie
CB: Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika poznámky
Týždeň 18.-24.12. Rezerva