MBI 2011/2012: Rozdiel medzi revíziami
Z MBI
(Created page with '=UCSC genome browser, cvičenia pre biológov= {{:subst::UCSC genome browser, cvičenia pre biológov}}') |
|||
| Riadok 1: | Riadok 1: | ||
=UCSC genome browser, cvičenia pre biológov= | =UCSC genome browser, cvičenia pre biológov= | ||
| − | + | * Zvoľte v menu Bioinformatika, užívatel User | |
| + | * V programe Firefox choďte na stránku UCSC genome browser http://genome.ucsc.edu/ | ||
| + | * Hore v modrom menu zvoľte Genomes, potom zvoľte ľudský genóm. Do okienka <tt>search term</tt> zadajte HOXA2. Vo výsledkoch hľadania (UCSC genes) zvoľte gén homeobox A2. Koľko má exónov? Na ktorom chromozóme a pozícii je? Pozor, je na opačnom vlákne. Ako je táto skutočnosť naznačená na obrázku? | ||
| + | * V tracku UCSC Genes kliknite na gén, mali by ste sa dostať na stránku popisujúcu jeho rôzne vlastnosti. Čo ste sa dozvedeli o jeho funkcii? | ||
| + | ** na tejto stránke nájdite linku na stiahnutie proteínovej sekvencie | ||
| + | * Pomocou tracku Common SNPs(135) nájdite aspoň jeden single nucleotide polymorphism v tomto géne. Na akej je pozícii? Aké bázy sa vyskytujú v ľudskej populácii? Prečo sú niektoré SNPy zobrazené červenou? | ||
Verzia zo dňa a času 10:50, 4. október 2012
UCSC genome browser, cvičenia pre biológov
- Zvoľte v menu Bioinformatika, užívatel User
- V programe Firefox choďte na stránku UCSC genome browser http://genome.ucsc.edu/
- Hore v modrom menu zvoľte Genomes, potom zvoľte ľudský genóm. Do okienka search term zadajte HOXA2. Vo výsledkoch hľadania (UCSC genes) zvoľte gén homeobox A2. Koľko má exónov? Na ktorom chromozóme a pozícii je? Pozor, je na opačnom vlákne. Ako je táto skutočnosť naznačená na obrázku?
- V tracku UCSC Genes kliknite na gén, mali by ste sa dostať na stránku popisujúcu jeho rôzne vlastnosti. Čo ste sa dozvedeli o jeho funkcii?
- na tejto stránke nájdite linku na stiahnutie proteínovej sekvencie
- Pomocou tracku Common SNPs(135) nájdite aspoň jeden single nucleotide polymorphism v tomto géne. Na akej je pozícii? Aké bázy sa vyskytujú v ľudskej populácii? Prečo sú niektoré SNPy zobrazené červenou?
