|
|
| (312 intermediate revisions by 2 users not shown) |
| Riadok 1: |
Riadok 1: |
| − | Na tejto stránke nájdete '''orientačný rozvrh semestra''', ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.
| |
| | | | |
| − | '''Literatúra:'''
| |
| − |
| |
| − | * '''BV''': Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
| |
| − | ** Verzia z 2.1.2014: {{pdf|skripta-2014-01-02}}
| |
| − | * '''DEKM''': Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
| |
| − | * '''ZB''': Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
| |
| − |
| |
| − | Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.
| |
| − |
| |
| − | PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov
| |
| − |
| |
| − | <!--
| |
| − | Pouzitie sablon:
| |
| − | tyzden: {{T|datumy od-do|nepovinny dalsi text}}
| |
| − | riadok (hodina): {{R| aka hodina, t.j. PR alebo CI alebo CB| popis | {{pdf|meno pdf suboru}} | [[wiki poznamky|poznamky]] }}
| |
| − | literatura: {{Lit | cisla kapitol}}
| |
| − | -->
| |
| − |
| |
| − | {|
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|22.-28.9.|}}
| |
| − | {{R | PR| Nebude, krátke informačné stretnutie nasledované cvičením pre biológov ukážky bioinformatických problémov | | }}
| |
| − | {{R | CI| Nebude | | }}
| |
| − | {{R | CB| Úvod do informatiky | | }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|29.9.-5.10|}}
| |
| − | {{R | PR| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | | }}
| |
| − | {{Lit | BV kap. 1}}
| |
| − | {{R | CI| Úvod do biológie | | }}
| |
| − | {{Lit | ZB kap. 1}}
| |
| − | {{R | CB| Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser | | }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|6.-12.10.|}}
| |
| − | {{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | | }}
| |
| − | {{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
| |
| − | {{R | CI|Úvod do dynamického programovania, proteomika | | }}
| |
| − | {{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti | | }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|13.-19.10.|}}
| |
| − | {{R | PR| | | }}
| |
| − | {{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | | }}
| |
| − | {{R | CB| | | }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|20.-26.10.|}}
| |
| − | {{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | | }}
| |
| − | {{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
| |
| − | {{R | CI|Úvod do pravdepodobnosti | | }}
| |
| − | {{R | CB|Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií | | }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|27.10.-2.11.|}}
| |
| − | {{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | | }}
| |
| − | {{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
| |
| − | {{R | CI|BLAST, jadrá s medzerami | | }}
| |
| − | {{R | CB|Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov| | }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|3.-9.11.|}}
| |
| − | {{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p05}} | }}
| |
| − | {{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
| |
| − | {{R | CI|Felsensteinov algoritmus, substitučné modely | | [[CI06|poznámky]]}}
| |
| − | {{R | CB|Substitučné modely, skryté Markovove modely| | [[CB06|poznámky]] }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|10.-16.11.|}}
| |
| − | {{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | | }}
| |
| − | {{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
| |
| − | {{R | CI|Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM | | }}
| |
| − | {{R | CB|E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika| | }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|17.-23.11.|}}
| |
| − | {{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | | }}
| |
| − | {{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
| |
| − | {{R | CI|Algoritmy pre HMM a phyloHMM | | }}
| |
| − | {{R | CB|Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta | | }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|24.-30.11.|}}
| |
| − | {{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | | }}
| |
| − | {{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
| |
| − | {{R | CI|Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním | | }}
| |
| − | {{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík | | }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|1.-7.12.|}}
| |
| − | {{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | | }}
| |
| − | {{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
| |
| − | {{R | CI| Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, úvod do bezkontextových gramatík | | }}
| |
| − | {{R | CB| RNA štruktúra, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam | | }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|8.-14.12.|}}
| |
| − | {{R | PR| Populačná genetika | | }}
| |
| − | {{Lit | }}
| |
| − | {{R | CI| Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA | | }}
| |
| − | {{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, transkripčné faktory v SGD | | }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|15.-21.12.|}}
| |
| − | {{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
| |
| − | |-
| |
| − | |}
| |
