|
|
| (237 intermediate revisions by 2 users not shown) |
| Riadok 1: |
Riadok 1: |
| − | Na tejto stránke nájdete '''orientačný rozvrh semestra''', ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.
| |
| | | | |
| − | '''Literatúra:'''
| |
| − |
| |
| − | * '''BV''': Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
| |
| − | ** Verzia z 1.10.2015: {{pdf|skripta-2015-10-01}}
| |
| − | * '''DEKM''': Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
| |
| − | * '''ZB''': Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
| |
| − |
| |
| − | Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.
| |
| − |
| |
| − | PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov
| |
| − |
| |
| − | <!--
| |
| − | Pouzitie sablon:
| |
| − | tyzden: {{T|datumy od-do|nepovinny dalsi text}}
| |
| − | riadok (hodina): {{R| aka hodina, t.j. PR alebo CI alebo CB| popis | {{pdf|meno pdf suboru}} | [[wiki poznamky|poznamky]] }}
| |
| − | literatura: {{Lit | cisla kapitol}}
| |
| − | -->
| |
| − |
| |
| − | {|
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|25.9.-1.10.|}}
| |
| − | {{R | PR| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | {{pdf|p-intro}}, {{pdf|p-seq}} | }}
| |
| − | {{Lit | BV kap. 1}}
| |
| − | {{R | CI| Úvod do biológie | {{pdf|ci-introbio}} | [[CI01|poznámky]] }}
| |
| − | {{Lit | ZB kap. 1}}
| |
| − | {{R | CB| Úvod do informatiky, UCSC genome browser | {{pdf|cb-introcs}} | [[CB01|poznámky]] }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|2.-8.10.|}}
| |
| − | {{R | PR| nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 v F1-328| | }}
| |
| − | {{R | CI| Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní | {{pdf|ci-coverage}} | [[CI02|poznámky]] }}
| |
| − | {{R | CB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti | {{pdf|cb-dp}} | [[CB02|poznámky]] }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|9.-15.10.|}}
| |
| − | {{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | {{pdf|p-aln1}} | }}
| |
| − | {{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
| |
| − | {{R | CI|Úvod do dynamického programovania, proteomika | {{pdf|ci-msms}} | [[CI03|poznámky]] }}
| |
| − | {{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty | {{pdf|cb-dotplots}} | [[CB03|poznámky]] }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|16.-22.10.|}}
| |
| − | {{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p-aln2}} | }}
| |
| − | {{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
| |
| − | {{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | | [[CI04|poznámky]] }}
| |
| − | {{R | CB|Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy| | [[CB04|poznámky]] }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|23.-29.10.|}}
| |
| − | {{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p-gene}} | }}
| |
| − | {{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
| |
| − | {{R | CI|BLAST, rýchle hľadanie podobnosti | <!-- {{pdf|ci-seeds}} --> | [[CI05|poznámky]] }}
| |
| − | {{R | CB|Skryté Markovove modely, E-value | {{pdf|cb-evalue}} | [[CB05|poznámky]] }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|30.10.-5.11.|}}
| |
| − | {{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p-phylo}} | }}
| |
| − | {{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
| |
| − | {{R | CI|Algoritmy pre HMM | {{pdf|ci-hmm}} | [[CI06|poznámky]] }}
| |
| − | {{R | CB|Substitučné modely, bootstrap| {{pdf|cb-phylo}} | [[CB06|poznámky]] }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|6.-12.11.|}}
| |
| − | {{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | <!-- {{pdf|p-compgen}} --> | }}
| |
| − | {{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
| |
| − | {{R | CI|Substitučné modely | {{pdf|ci-matice}} | [[CI07|poznámky]] }}
| |
| − | {{R | CB|Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy, Fitchov aloritmus| {{pdf|cb-compgen}}, {{pdf|cb-gene}} | [[CB07|poznámky]] }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|13.-19.11.|}}
| |
| − | {{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | <!-- {{pdf|p-expr}} -->| }}
| |
| − | {{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
| |
| − | {{R | CI|Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM | <!-- {{pdf|ci-hmm}} --> | [[CI08|poznámky]] }}
| |
| − | {{R | CB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| <!-- {{pdf|cb-kmeans}} --> | [[CB08|poznámky]] }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|20.-26.11.|}}
| |
| − | {{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | <!-- {{pdf|p-prot}} --> | }}
| |
| − | {{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
| |
| − | {{R | CI|Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním | | [[CI09|poznámky]] }}
| |
| − | {{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík, microarray dáta, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam | | [[CB09|poznámky]] }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|27.11.-3.12.|}}
| |
| − | {{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | <!-- {{pdf|p-rna}} --> | }}
| |
| − | {{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
| |
| − | {{R | CI| Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, zhlukovanie algoritmom k-means, úvod do bezkontextových gramatík | <!-- {{pdf|cb-kmeans}} --> | [[CI10|poznámky]] | }}
| |
| − | {{R | CB| RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD | | [[CB10|poznámky]] }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|4.-10.12.|}}
| |
| − | {{R | PR| Populačná genetika | <!-- {{pdf|p-popgen}} --> | }}
| |
| − | {{Lit | }}
| |
| − | {{R | CI| RNA štruktúra, ukážky biologických databáz | | [[CI11|poznámky]] }}
| |
| − | {{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika | <!-- {{pdf|cb-summary}}, {{pdf|cb-graphs}} --> | [[CB11|poznámky]] }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|11.-17.12.|}}
| |
| − | {{R | CI| Zhrnutie semestra, štruktúra populácie | <!-- {{pdf|ci-summary}}--> | [[CI12|poznámky]] }}
| |
| − | {{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|18.-24.12.|Rezerva}}
| |
| − | |-
| |
| − | |}
| |
