|
|
| (187 intermediate revisions by 2 users not shown) |
| Riadok 1: |
Riadok 1: |
| − | Na tejto stránke nájdete '''orientačný rozvrh semestra''', ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.
| |
| | | | |
| − | '''Literatúra:'''
| |
| − |
| |
| − | * '''BV''': Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
| |
| − | ** Verzia z 1.10.2015: {{pdf|skripta-2015-10-01}}
| |
| − | * '''DEKM''': Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
| |
| − | * '''ZB''': Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
| |
| − |
| |
| − | Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.
| |
| − |
| |
| − | PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov
| |
| − |
| |
| − | <!--
| |
| − | Pouzitie sablon:
| |
| − | tyzden: {{T|datumy od-do|nepovinny dalsi text}}
| |
| − | riadok (hodina): {{R| aka hodina, t.j. PR alebo CI alebo CB| popis | {{pdf|meno pdf suboru}} | [[wiki poznamky|poznamky]] }}
| |
| − | literatura: {{Lit | cisla kapitol}}
| |
| − | -->
| |
| − |
| |
| − | {|
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|23.-29.9.|}}
| |
| − | {{R | PR| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | <!-- {{pdf|p-intro}}, {{pdf|p-seq}} --> | }}
| |
| − | {{Lit | BV kap. 1}}
| |
| − | {{R | CI| Úvod do biológie | <!-- {{pdf|ci-introbio}} --> | [[CI01|poznámky]] }}
| |
| − | {{Lit | ZB kap. 1}}
| |
| − | {{R | CB| Úvod do informatiky, UCSC genome browser | {{pdf|cb-introcs}} | [[CB01|poznámky]] }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|30.9.-6.10.|}}
| |
| − | {{R | PR| Zostavovanie genómov 2 | <!-- {{pdf|p-seq2}}--> | }}
| |
| − | {{R | CI| Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní | <!-- {{pdf|ci-coverage}} --> | <!-- [[CI02|poznámky]] -->}}
| |
| − | {{R | CB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti | <!-- {{pdf|cb-dp}} --> | <!-- [[CB02|poznámky]] --> }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|7.-13.10.|}}
| |
| − | {{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | <!-- {{pdf|p-aln1}}--> | }}
| |
| − | {{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
| |
| − | {{R | CI|Úvod do dynamického programovania, proteomika | <!-- {{pdf|ci-msms}}--> | <!-- [[CI03|poznámky]]--> }}
| |
| − | {{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty | <!-- {{pdf|cb-dotplots}}--> | <!-- [[CB03|poznámky]]--> }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|14.-20.10.|}}
| |
| − | {{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | <!-- {{pdf|p-aln2}} -->| }}
| |
| − | {{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
| |
| − | {{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | | <!-- [[CI04|poznámky]]--> }}
| |
| − | {{R | CB|Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy| | <!-- [[CB04|poznámky]]--> }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|21.-27.10.|}}
| |
| − | {{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | <!-- {{pdf|p-gene}}--> | }}
| |
| − | {{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
| |
| − | {{R | CI|BLAST, rýchle hľadanie podobnosti | | <!-- [[CI05|poznámky]]--> }}
| |
| − | {{R | CB|Skryté Markovove modely, E-value | <!-- {{pdf|cb-evalue}}--> | <!-- [[CB05|poznámky]]--> }}
| |
| − | <!-- {{pdf|ci-seeds}} -->
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|28.10.-2.11.|sviatky}}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|3.-10.11.|}}
| |
| − | {{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | <!--{{pdf|p-phylo}}--> | }}
| |
| − | {{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
| |
| − | {{R | CI|Algoritmy pre HMM | <!--{{pdf|ci-hmm}}--> | <!--[[CI06|poznámky]]--> }}
| |
| − | {{R | CB|Substitučné modely, bootstrap, Fitchov aloritmus | <!--{{pdf|cb-phylo}}--> | <!--[[CB06|poznámky]]--> }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|11.-17.11.|}}
| |
| − | {{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | <!--{{pdf|p-compgen}}--> | }}
| |
| − | {{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
| |
| − | {{R | CI|Substitučné modely | <!--{{pdf|ci-matice}}--> | <!--[[CI07|poznámky]]--> }}
| |
| − | {{R | CB|Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy | <!--{{pdf|cb-compgen}}-->, <!--{{pdf|cb-gene}}--> | <!--[[CB07|poznámky]]--> }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|18.-24.11.|}}
| |
| − | {{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | <!--{{pdf|p-expr}}--> | }}
| |
| − | {{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
| |
| − | {{R | CI|Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM | <!--{{pdf|ci-hmm}}--> | <!--[[CI08|poznámky]]--> }}
| |
| − | {{R | CB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| <!--{{pdf|cb-kmeans}}--> | <!--[[CB08|poznámky]]--> }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|25.11.-1.12.|}}
| |
| − | {{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | <!--{{pdf|p-prot}}--> | }}
| |
| − | {{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
| |
| − | {{R | CI|Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním | | <!--[[CI09|poznámky]]--> }}
| |
| − | {{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot | | <!--[[CB09|poznámky]]--> }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|2.-8.12.|}}
| |
| − | {{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | <!--{{pdf|p-rna}}--> | }}
| |
| − | {{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
| |
| − | {{R | CI| Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík | | <!--[[CI10|poznámky]]--> | }}
| |
| − | {{R | CB| Nussinovovej algoritmus | | <!--[[CB10|poznámky]]--> }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|9.-15.12.|}}
| |
| − | {{R | PR| Populačná genetika | <!--{{pdf|p-popgen}}--> | }}
| |
| − | {{Lit | }}
| |
| − | {{R | CI| RNA štruktúra | | <!--[[CI11|poznámky]]--> }}
| |
| − | {{R | CB| Microarray dáta, PSI-BLAST, Pfam, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika | | <!--[[CB11|poznámky]]--> }}
| |
| − | |-
| |
| − | {{T|16.-22.12.|}}
| |
| − | {{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
| |
| − | {{R | CI| Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania | <!--{{pdf|ci-summary}}--> | <!--[[CI12|poznámky]]--> }}
| |
| − | {{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, ukážka práce na príkazovom riadku | <!--{{pdf|cb-summary}}-->, <!--{{pdf|cb-graphs}}--> | <!--[[CB12|poznámky]]--> }}
| |
| − | |-
| |
| − | |}
| |
