1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics

Website moved to https://fmfi-compbio.github.io/mbi/

Kombinované zobrazenie všetkých dostupných záznamov MBI. Môžete zúžiť rozsah, ak zvolíte typ záznamu, používateľské meno alebo dotyčnú stránku (záleží na veľkosti písmen).

• 19:38, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Zhrnutie semestra a proteomika, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „==Zhrnutie semestra== * vid prezentacia k cviceniu ==Uvod do proteomiky== * Viac informacii: [http://www.cs.uwaterloo.ca/~binma/cs882/], [http://cseweb.ucsd.edu/~vbafna/pub/wileye...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:38, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku RNA, cvičenia pre biológov (obsah bol: „===Nussinovov algoritmus=== Z cvičných príkladov na skúšku * Vyplnte maticu dynamického programovania (Nussinovov algoritmus) pre nájdenie najväčšieho počtu dobre uzátv...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:37, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Zhlukovanie a populačná genomika, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „ == Zhlukovanie == Príklad dvoch zhlukov Využitie: * taggovanie nových príspevkov na blogu pomocou taggov príspektov, s ktorými je nový príspevok v zhluku * news.google.com - zhlukovanie s...“)
• 19:37, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Zarovnávanie sekvencií, cvičenia pre biológov (obsah bol: „==Zarovnávanie sekvencií, opakovanie== * Uvazujme skorovanie zhoda +2, nezhoda -1, medzera -1 * Retazce TAACGG a CACACT Globalne zarovnanie * Rekurencia: A[i,j] = max {A[i-1,j]-1...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:37, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Proteíny, cvičenia pre biológov (obsah bol: „==Proteíny== * Toto cvičenie je z časti inšpirované stránkou [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Class/FieldGuide/problem_set.html] * Pozrieme sa na enzým Bis(5'-adenosyl)-triphosph...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:37, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Hľadanie motívov, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „* Prehlad semestra: pozri prezentacia ===Hladanie motivov zadefinovanych pravdepodobnostnou maticou=== * Mame danych n sekvencii S=(S1..Sn), kazda dlzky m, dlzku motivu L, nulova h...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:37, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Skryté Markovove modely, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „==Opakovanie== Parametre HMM: * <math>a_{u,v}</math>: prechodová pravdepodobnosť zo stavu <math>u</math> do stavu <math>v</math> * <math>e_{u,x}</math>: pravdepodobnosť emisie <m...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:37, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Proteíny 2, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „* Viac informacii: [http://www.cs.uwaterloo.ca/~binma/cs882/], [http://cseweb.ucsd.edu/~vbafna/pub/wileyeastern.pdf Bafna, Reinert 2004] ==Uvod do proteomiky== Gélová elektrofor...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:36, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Populačná genomika a RNA štruktúra, cvičenia pre biológov (obsah bol: „==RNA== ===Nussinovov algoritmus=== Z cvičných príkladov na skúšku * Vyplnte maticu dynamického programovania (Nussinovov algoritmus) pre nájdenie najväčšieho počtu dob...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:36, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Expresia génov, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „== Zhlukovanie (clustering)== Príklad dvoch zhlukov Využitie: * taggovanie nových príspevkov na blogu pomocou taggov príspektov, s ktorý...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:36, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Zarovnávanie sekvencií 2, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „* Cvicenia pre informatikov z jadier s medzerami (spaced seeds) * Prva cast [http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/poznamky/ci05.pdf na slidoch] ==Vzorec na vypocet senzitivity ja...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:36, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Zarovnávanie sekvencií, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „==Opakovanie dynamického programovania pre globálne zarovnanie== Uvažujme napríklad skórovanie zhoda +1, nezhoda -1, medzera -1 a vstupné sekvencie <math>X=x_1\dots x_m</mat...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:35, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Sekvenovanie genómov, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „==Uvod do pravdepodobnosti== * Myslienkovy experiment, v ktorom vystupuje nahoda, napr. hod idealnou kockou/korunou * Vysledkom experimentu je nejaka hodnota (napr. cislo, alebo aj...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:35, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Proteíny a gramatiky, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „==Protein threading== ===Prakticke programy na NP tazke problemy=== * Obcas chceme najst optimalne riesenie nejakeho NP-tazkeho problemu * Jedna moznost je previest na iny NP tazky...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:35, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Hľadanie motívov a populačná genetika, cvičenia pre biológov (obsah bol: „==Zhrnutie semestra== Tvorba bioinformatickeho nastroja: * sformulujeme biologicke ciele (ake mame data, ake typy otazok sa chceme pytat) * sformulujeme informaticky/matematicky, na...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:35, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Evolúcia 2, cvičenia pre biológov (obsah bol: „==Fylogeneticke stromy== * Terminologia: zakoreneny/nezakoreneny strom, hrana, vrchol, list, vnutorny vrchol, koren * Ak zmazeme hranu, strom sa rozpadne na dve suvisle casti. Strom...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:34, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku RNA a populačná genetika, cvičenia pre biológov (obsah bol: „=Populačná genomika a RNA štruktúra, cvičenia pre biológov= * zhrnutie semestra * vynechane casti prednasok o RNA a populacnej genomike ==Prakticke cvicenie== ===RNA=== * Zn...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:34, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Proteíny a RNA, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „* Obcas chceme najst optimalne riesenie nejakeho NP-tazkeho problemu * Jedna moznost je previest na iny NP tazky problem, pre ktory existuju pomerne dobre prakticke programy, naprik...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:34, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Pravdepodobnosť, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „==Počítanie fylogenetických stromov, cvičenia pre informatikov== * Ako definujeme strom v teorii grafov? suvisly acyklicky neorientovany graf * Strom s n vrcholmi ma n-1 hran *...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:34, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku HMM, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „==Substitucne matice opakovanie== * S(t): matica 4x4, kde policko <math>S(t)_{a,b}=P(b|a,t)</math> je pravdepodobnost, ze ak zacneme s bazou a, tak po case t budeme mat bazu b. * J...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:34, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Evolúcia, cvičenia pre biológov (obsah bol: „==Fitchov algoritmus== 150px * '''Parsimony/uspornost''' ** Vstup: fylogeneticky strom, 1 stlpec zarovnania (jedna baza v kazdom liste stromu) ** Vystup: p...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:33, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Sekvenovanie genómov, cvičenia pre biológov (obsah bol: „* Cvicenia pre biológov zo sekvenovania, pracovna verzia poznamok * Ospravedlnujem sa za chybajucu diakritiku * Pozrite tiez grafy k pravdepodobnosti: http://compbio.fmph.uniba.sk/...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:33, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku RNA a databázy, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „==RNA struktura== * Opakovanie Nussinovho algoritmu Z cvičných príkladov na skúšku * Vyplnte maticu dynamického programovania (Nussinovov algoritmus) pre nájdenie najväč...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:33, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Proteíny a gramatiky, cvičenia pre biológov (obsah bol: „==Bezkontextové gramatiky== * Na modelovanie struktury RNA sa pouzivaju stochasticke bezkontextove gramatiky (bude na dalsej prednaske) * My si teraz ukazeme bezkontextove gramati...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:33, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Proteíny, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „==Uvod do proteomiky== * Viac informacii: [http://www.cs.uwaterloo.ca/~binma/cs882/], [http://cseweb.ucsd.edu/~vbafna/pub/wileyeastern.pdf Bafna, Reinert 2004] Gélová elektrofor...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:33, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku PhyloHMM a expresia génov, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „==Vzorové riešenia DÚ1== ==Fylogeneticke HMM== * Spojenie HMM a fylogenetickeho stromu * Konecne mnozina stavov * <math>a_{u,v}</math>: prechodová pravdepodobnosť zo stavu <ma...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:32, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Pravdepodobnosť, cvičenia pre biológov (obsah bol: „==Uvod do pravdepodobnosti== * Myslienkovy experiment, v ktorom vystupuje nahoda, napr. hod idealnou kockou/korunou * Vysledkom experimentu je nejaka hodnota (napr. cislo, alebo aj...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:32, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Populačná genomika, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „==Haplotypovanie pomocou celočísleného lineárneho programovania== * Obcas chceme najst optimalne riesenie nejakeho NP-tazkeho problemu * Jedna moznost je previest na iny NP taz...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:32, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Motívy a zhrnutie semestra, cvičenia pre biológov (obsah bol: „==Hľadanie motívov== ===Opakovanie z prednasky=== * Hladame vazobne miesta TF * Reprezentujeme ako sekvencne motivy (vo forme konsenzus retazcov, regularnych vyrazov alebo PSSM)...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:31, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku HMM 2, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „Pokracovanie temy z HMM, cvičenia pre informatikov, dalsie algoritmy a rozsirenie na fylogeneticke HMM Opakovanie: * HMM * Viterbiho algoritmus ==Fylogenetické HMM== * Spoje...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:31, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Expresia génov, cvičenia pre biológov (obsah bol: „__TOC__ Na týchto cvičeniach sa budeme venovat dvom statistickym temam suvisiacim s komparativnou genomikou a s analyzou expresie genov. Tieto techniky sa vsak vyuzivaju aj v inych oblastiach a mozete sa s nimi casto stretnut v geno...“)
• 19:31, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Evolucia-CB-zarovnanie (obsah bol: „<pre> >human ATGTCTTGTTTAATGGTTGAGAGGTGTGGCGAAATCTTGTTTGAGAACCCCGATCAGAATGCCAAATGTGTTTGCATGCTGGGAGATATACGACTAAGGGGTCAGACGGGGGTTCGTGCTGAACGCCGTGGCTCCTACCCATTCATTGACTTCCGCCTACTTAACAG...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:31, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Počítanie fylogenetických stromov (obsah bol: „==Počítanie fylogenetických stromov, cvičenia pre informatikov== * Ako definujeme strom v teorii grafov? suvisly acyklicky neorientovany graf * Strom s n vrcholmi ma n-1 hran *...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:30, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Komparatívna genomika a HMM, cvičenia pre biológov (obsah bol: „* Pozri slidy [http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/poznamky/cb05.pdf] ==Príklady stavových automatov pre HMM== Uvazujme HMM so specialnym zaciatocnym stavom b a koncovym stavo...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:30, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Hľadanie génov a anotácia sekvencií, cvičenia pre biológov (obsah bol: „* Pozri slidy [http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/poznamky/cb05.pdf] ==Príklady stavových automatov pre HMM== Uvazujme HMM so specialnym zaciatocnym stavom b a koncovym stavo...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:30, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Gény, proteíny a komparatívna genomika, cvičenia pre biológov (obsah bol: „* Pozri slidy [http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/poznamky/cb05.pdf] ==Hľadanie génov v prokaryotických genómoch== * ORF: open reading frame, jednoduche hladanie * ako najs...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:30, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Evolúcia 2, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „==Substitucne modely - odvodenie== * Nech <math>P(b|a,t)</math> je pravdepodobnost, ze ak sme zacneme s bazou a, tak po case t budeme mat bazu b. * Pre dane t mozeme take pravdepodo...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:27, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Populačná genetika, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „==Určovanie štruktúry populácie== * {{cite journal |author=Pritchard JK, Stephens M, Donnelly P |title=Inference of population structure using multilocus genotype data |journal=...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:27, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Nástroje na zarovnávanie a fylogenetické stromy, cvičenia pre biológov (obsah bol: „==Priklady praktickych programov== Pozrime sa na niekolko nastrojov, vsimnime si, ake poskytuju nastavenia a co vypisuju na vystupe, dajme to do suvisu s prednaskami ===Plne dynam...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:27, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Komparatívna genomika, cvičenia pre biológov (obsah bol: „Na týchto cvičeniach sa budeme venovat trom statistickym temam suvisiacim s komparativnou genomikou, konkretne s detekciou pozitivneho vyberu. Tieto techniky sa vsak vyuzivaju aj...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:27, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Hľadanie génov a komparatívna genomika, cvičenia pre biológov (obsah bol: „* Pozri slidy [http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/poznamky/cb05.pdf] ==Hľadanie génov v prokaryotických genómoch== * ORF: open reading frame, jednoduche hladanie * ako najs...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:27, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku HMM - pokračovanie, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „== Opakovanie - Viterbiho algoritmus == Hľadáme najpravdepodobnejšiu postupnosť stavov <math>A</math>, teda <math>\arg\max_A \Pr(A, S)</math>. Úlohu budeme riešiť dynamick...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Tvinar))
• 19:26, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Fylogenetické stromy, cvičenia pre biológov (obsah bol: „==Fylogeneticke stromy== * Terminologia: zakoreneny/nezakoreneny strom, hrana, vrchol, list, vnutorny vrchol, koren * Ak mame zakoreneny strom s n listami a kazdy vnutorny vrchol ma...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:26, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Evolúcia 3 a proteíny, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „==Substitucne modely - odvodenie== * Nech <math>P(b|a,t)</math> je pravdepodobnost, ze ak sme zacneme s bazou a, tak po case t budeme mat bazu b. * Pre dane t mozeme take pravdepodo...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:26, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Evolúcia, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „==Felsensteinov algoritmus 1981== * Mame dany strom T s dlzkami hran a bazy v listoch (jeden stlpec zarovnania) a model substitucii P (zadany napr. maticou rychlosti, vid nizsie)....“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:26, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Dynamické programovanie a UCSC genome browser, cvičenia pre biológov (obsah bol: „==Dynamické programovanie== * Tuto techniku uvidime na dalsej prednaske na hladanie zarovnani (alignmentov) * Uvazujme problem rozmienania minci * Napr mame mince hodnoty 1,2,5 cen...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:25, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Úvod do dynamického programovania, cvičenia pre biológov (obsah bol: „==Dynamické programovanie== * Tuto techniku uvidime na dalsej prednaske na hladanie zarovnani (alignmentov) * Uvazujme problem rozmienania minci * Napr mame mince hodnoty 1,2,5 cen...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
• 19:10, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Cvičenia
• 19:09, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) automaticky označil revíziu 941 stránky MBI 2013/2014 ako overenú
• 19:09, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) automaticky označil revíziu 940 stránky Archív ako overenú