Introduction

Rozvrh

• Prednáška: štvrtok 15:40-17:10 F1-328
• Cvičenie (pre inf): štvrtok 14:00-15:30 F1-328
• Cvičenie (pre biol): štvrtok 17:20-18:50 F1-328, M-217

Vyučujúci

• doc. Mgr. Broňa Brejová, PhD. M-163
• doc. Mgr. Tomáš Vinař, PhD. M-163
• Mgr. Askar Gafurov M-25
• Konzultácie po dohode emailom

Ciele predmetu

Tento predmet je určený pre študentov informatických aj biologických odborov. Prednášky budú spoločné pre všetkých, cvičenia budú zvlášť pre informatikov a biológov a poskytnú potrebné doplňujúce informácie.

• Pre všetkých: podať prehľad základných metód používaných na výpočtovú analýzu biologických sekvencií a ďalších dát v molekulárnej biológii.
• Pre informatikov: prehĺbiť/získať znalosti z algoritmov a dátových štruktúr, strojového učenia a pravdepodobnosti. Na príkladoch z biológie ukázať, ako prejsť od problému v reálnom svete k matematickej abstrakcii.
• Pre biológov: pochopiť matematické modely tvoriace základ populárnych bioinformatických nástrojov, naučiť sa tieto nástroje používať a interpretovať ich výsledky.

Stručná osnova

Základné pojmy z molekulárnej biológie, algoritmov a strojového učenia. Sekvenovanie a zostavovanie genómov. Hľadanie génov. Zarovnávanie sekvencií. Evolučné modely a fylogenetické stromy. Komparatívne metódy. Štruktúra RNA. Hľadanie motívov a analýza expresie génov. Štruktúra a funkcia proteínov. Úvod do populačnej genetiky. Vybrané aktuálne témy.

Literatúra

Mnohé základné pojmy budú preberané podľa kníh:

• Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press 1998.

K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-D-21

• Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-Z-2

Tieto budú doplnené poznatkami z odborných článkov a ďalšej literatúry.