UCSC genome browser, cvičenia pre biológov

Zvoľte v menu Bioinformatika, užívatel User
V programe Firefox choďte na stránku UCSC genome browser http://genome.ucsc.edu/
Hore v modrom menu zvoľte Genomes, potom zvoľte ľudský genóm. Do okienka search term zadajte HOXA2. Vo výsledkoch hľadania (UCSC genes) zvoľte gén homeobox A2. Koľko má exónov? Na ktorom chromozóme a pozícii je? Pozor, je na opačnom vlákne. Ako je táto skutočnosť naznačená na obrázku?
V tracku UCSC Genes kliknite na gén, mali by ste sa dostať na stránku popisujúcu jeho rôzne vlastnosti. Čo ste sa dozvedeli o jeho funkcii?
- na tejto stránke nájdite linku na stiahnutie proteínovej sekvencie
Pomocou tracku Common SNPs(135) nájdite aspoň jeden single nucleotide polymorphism v tomto géne. Na akej je pozícii? Aké bázy sa vyskytujú v ľudskej populácii? Prečo sú niektoré SNPy zobrazené červenou?

MBI 2011/2012