Materials
Z MBI
Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.
Literatúra:
- BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
- Verzia z 2.1.2014: pdf
- DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
- ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.
PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov
| 22.-28.9. | |||
| PR: | Úvod, administratíva, ukážky bioinformatických problémov | ||
| CI: | Úvod do biológie | poznámky | |
| ZB kap. 1 | |||
| CB: | Úvod do informatiky | ||
| 29.9.-5.10 | |||
| PR: | Sekvenovanie a zostavovanie genómov | ||
| BV kap. 1 | |||
| 6.-12.10. | |||
| PR: | Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | ||
| DEKM kap.2, ZB kap. 4.1-4.2, 5.1-5.2 | |||
| 13.-19.10. | |||
| PR: | Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | ||
| DEKM kap.2,6; ZB kap. 4.3, 5.3-5.5 | |||
| 20.-26.10. | |||
| PR: | Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | ||
| DEKM kap. 7,8; ZB kap. 8.1-8.2,7.2 | |||
| 27.10.-2.11. | |||
| PR: | Hľadanie génov, skryté Markovove modely | ||
| DEKM kap. 3; ZB 9.3, 10.3-10.7 | |||
| 3.-9.11. | |||
| PR: | Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | ||
| 10.-16.11. | |||
| PR: | Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | ||
| ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.4,17.1 | |||
| 17.-23.11. | |||
| PR: | Štruktúra a funkcia proteínov | ||
| DEKM kap. 5; ZB 6.1-6.2,13.1-13.2 | |||
| 24.-30.11. | |||
| PR: | RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | ||
| DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9 | |||
| 1.-7.12. | |||
| PR: | Populačná genetika | ||
| 8.-14.12. | |||
| PR: | Rezerva | ||
| 15.-21.12. | |||
| PR: | Nepovinné prezentácie | ||
