1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2023/24
Záznam zmazaní
Tu je zoznam posledných zmazaní.
(najnovšie | najstaršie) Zobraziť (50 novších | 50 starších) (20 | 50 | 100 | 250 | 500).- 20:33, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku RNA a databázy, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „==RNA struktura== * Opakovanie Nussinovho algoritmu Z cvičných príkladov na skúšku * Vyplnte maticu dynamického programovania (Nussinovov algoritmus) pre nájdenie najväč...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
- 20:33, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Proteíny a gramatiky, cvičenia pre biológov (obsah bol: „==Bezkontextové gramatiky== * Na modelovanie struktury RNA sa pouzivaju stochasticke bezkontextove gramatiky (bude na dalsej prednaske) * My si teraz ukazeme bezkontextove gramati...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
- 20:33, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Proteíny, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „==Uvod do proteomiky== * Viac informacii: [http://www.cs.uwaterloo.ca/~binma/cs882/], [http://cseweb.ucsd.edu/~vbafna/pub/wileyeastern.pdf Bafna, Reinert 2004] Gélová elektrofor...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
- 20:33, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku PhyloHMM a expresia génov, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „==Vzorové riešenia DÚ1== ==Fylogeneticke HMM== * Spojenie HMM a fylogenetickeho stromu * Konecne mnozina stavov * <math>a_{u,v}</math>: prechodová pravdepodobnosť zo stavu <ma...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
- 20:32, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Pravdepodobnosť, cvičenia pre biológov (obsah bol: „==Uvod do pravdepodobnosti== * Myslienkovy experiment, v ktorom vystupuje nahoda, napr. hod idealnou kockou/korunou * Vysledkom experimentu je nejaka hodnota (napr. cislo, alebo aj...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
- 20:32, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Populačná genomika, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „==Haplotypovanie pomocou celočísleného lineárneho programovania== * Obcas chceme najst optimalne riesenie nejakeho NP-tazkeho problemu * Jedna moznost je previest na iny NP taz...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
- 20:32, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Motívy a zhrnutie semestra, cvičenia pre biológov (obsah bol: „==Hľadanie motívov== ===Opakovanie z prednasky=== * Hladame vazobne miesta TF * Reprezentujeme ako sekvencne motivy (vo forme konsenzus retazcov, regularnych vyrazov alebo PSSM)...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
- 20:31, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku HMM 2, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „Pokracovanie temy z HMM, cvičenia pre informatikov, dalsie algoritmy a rozsirenie na fylogeneticke HMM Opakovanie: * HMM * Viterbiho algoritmus ==Fylogenetické HMM== * Spoje...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
- 20:31, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Expresia génov, cvičenia pre biológov (obsah bol: „__TOC__ Na týchto cvičeniach sa budeme venovat dvom statistickym temam suvisiacim s komparativnou genomikou a s analyzou expresie genov. Tieto techniky sa vsak vyuzivaju aj v inych oblastiach a mozete sa s nimi casto stretnut v geno...“)
- 20:31, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Evolucia-CB-zarovnanie (obsah bol: „<pre> >human ATGTCTTGTTTAATGGTTGAGAGGTGTGGCGAAATCTTGTTTGAGAACCCCGATCAGAATGCCAAATGTGTTTGCATGCTGGGAGATATACGACTAAGGGGTCAGACGGGGGTTCGTGCTGAACGCCGTGGCTCCTACCCATTCATTGACTTCCGCCTACTTAACAG...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
- 20:31, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Počítanie fylogenetických stromov (obsah bol: „==Počítanie fylogenetických stromov, cvičenia pre informatikov== * Ako definujeme strom v teorii grafov? suvisly acyklicky neorientovany graf * Strom s n vrcholmi ma n-1 hran *...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
- 20:30, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Komparatívna genomika a HMM, cvičenia pre biológov (obsah bol: „* Pozri slidy [http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/poznamky/cb05.pdf] ==Príklady stavových automatov pre HMM== Uvazujme HMM so specialnym zaciatocnym stavom b a koncovym stavo...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
- 20:30, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Hľadanie génov a anotácia sekvencií, cvičenia pre biológov (obsah bol: „* Pozri slidy [http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/poznamky/cb05.pdf] ==Príklady stavových automatov pre HMM== Uvazujme HMM so specialnym zaciatocnym stavom b a koncovym stavo...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
- 20:30, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Gény, proteíny a komparatívna genomika, cvičenia pre biológov (obsah bol: „* Pozri slidy [http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/poznamky/cb05.pdf] ==Hľadanie génov v prokaryotických genómoch== * ORF: open reading frame, jednoduche hladanie * ako najs...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
- 20:30, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Evolúcia 2, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „==Substitucne modely - odvodenie== * Nech <math>P(b|a,t)</math> je pravdepodobnost, ze ak sme zacneme s bazou a, tak po case t budeme mat bazu b. * Pre dane t mozeme take pravdepodo...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
- 20:27, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Populačná genetika, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „==Určovanie štruktúry populácie== * {{cite journal |author=Pritchard JK, Stephens M, Donnelly P |title=Inference of population structure using multilocus genotype data |journal=...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
- 20:27, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Nástroje na zarovnávanie a fylogenetické stromy, cvičenia pre biológov (obsah bol: „==Priklady praktickych programov== Pozrime sa na niekolko nastrojov, vsimnime si, ake poskytuju nastavenia a co vypisuju na vystupe, dajme to do suvisu s prednaskami ===Plne dynam...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
- 20:27, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Komparatívna genomika, cvičenia pre biológov (obsah bol: „Na týchto cvičeniach sa budeme venovat trom statistickym temam suvisiacim s komparativnou genomikou, konkretne s detekciou pozitivneho vyberu. Tieto techniky sa vsak vyuzivaju aj...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
- 20:27, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Hľadanie génov a komparatívna genomika, cvičenia pre biológov (obsah bol: „* Pozri slidy [http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/poznamky/cb05.pdf] ==Hľadanie génov v prokaryotických genómoch== * ORF: open reading frame, jednoduche hladanie * ako najs...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
- 20:27, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku HMM - pokračovanie, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „== Opakovanie - Viterbiho algoritmus == Hľadáme najpravdepodobnejšiu postupnosť stavov <math>A</math>, teda <math>\arg\max_A \Pr(A, S)</math>. Úlohu budeme riešiť dynamick...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Tvinar))
- 20:26, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Fylogenetické stromy, cvičenia pre biológov (obsah bol: „==Fylogeneticke stromy== * Terminologia: zakoreneny/nezakoreneny strom, hrana, vrchol, list, vnutorny vrchol, koren * Ak mame zakoreneny strom s n listami a kazdy vnutorny vrchol ma...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
- 20:26, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Evolúcia 3 a proteíny, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „==Substitucne modely - odvodenie== * Nech <math>P(b|a,t)</math> je pravdepodobnost, ze ak sme zacneme s bazou a, tak po case t budeme mat bazu b. * Pre dane t mozeme take pravdepodo...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
- 20:26, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Evolúcia, cvičenia pre informatikov (obsah bol: „==Felsensteinov algoritmus 1981== * Mame dany strom T s dlzkami hran a bazy v listoch (jeden stlpec zarovnania) a model substitucii P (zadany napr. maticou rychlosti, vid nizsie)....“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
- 20:26, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Dynamické programovanie a UCSC genome browser, cvičenia pre biológov (obsah bol: „==Dynamické programovanie== * Tuto techniku uvidime na dalsej prednaske na hladanie zarovnani (alignmentov) * Uvazujme problem rozmienania minci * Napr mame mince hodnoty 1,2,5 cen...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
- 20:25, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Úvod do dynamického programovania, cvičenia pre biológov (obsah bol: „==Dynamické programovanie== * Tuto techniku uvidime na dalsej prednaske na hladanie zarovnani (alignmentov) * Uvazujme problem rozmienania minci * Napr mame mince hodnoty 1,2,5 cen...“ (a jediný autor bol Special:Contributions/Brona))
- 20:10, 1. október 2014 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Cvičenia
- 08:56, 14. november 2012 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Evolúcia a HMM, cvičenia pre biológov (content was: '#REDIRECT Evolúcia, cvičenia pre biológov' (and the only contributor was 'Brona'))
- 08:55, 14. november 2012 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Evolúcia, cvičenia pre biológov (Deleted to make way for move)
- 08:53, 14. november 2012 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku HMM a phyloHMM, cvičenia pre informatikov (content was: '#REDIRECT HMM, cvičenia pre informatikov' (and the only contributor was 'Brona'))
- 11:19, 8. november 2012 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Hľadanie génov a fylogenetické stromy, cvičenia pre biológov (content was: '#REDIRECT Evolúcia a HMM, cvičenia pre biológov' (and the only contributor was 'Brona'))
- 11:18, 8. november 2012 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Evolúcia a HMM, cvičenia pre biológov
- 15:40, 25. október 2012 Brona (Diskusia | príspevky) obnovil stránku Pravdepodobnosť, cvičenia pre informatikov (4 revisions restored)
- 12:48, 25. október 2012 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Pravdepodobnosť, cvičenia pre informatikov
- 11:00, 4. október 2012 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Sekvenovanie genómov 2, cvičenia pre informatikov (content was: '==Zostavovanie genomu pomocou eulerovskych tahov== * Opakovanie z teorie grafov: ** Hamiltonovska kruznica: cyklus, ktory prechadza kazdym vrcholom prave raz ** Euler…' (and the only contributor was 'Brona'))
- 10:57, 4. október 2012 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku UCSC genome browser, cvičenia pre biológov (content was: '* Zvoľte v menu Bioinformatika, užívatel User * V programe Firefox choďte na stránku UCSC genome browser http://genome.ucsc.edu/ * Hore v modrom menu zvoľte Gen…' (and the only contributor was 'Brona'))
- 11:06, 26. október 2011 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Zarovnávanie sekvencií a evolúcia, cvičenia pre biológov (content was: '#REDIRECT Evolúcia a HMM, cvičenia pre biológov' (and the only contributor was 'Brona'))
- 21:48, 17. október 2010 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku UCSC genome browser, cvičenia pre biológov (content before blanking was: '* Používajte čierne počítače, zvoľte v menu Bioinformatika, užívatel Bioinformatika * V programe Firefox choďte na stránku UCSC genome browser http://genome.ucsc.edu * Hore v modrom menu zvoľte Genomes * Na ď…')
- 11:01, 14. október 2010 Brona (Diskusia | príspevky) obnovil stránku Články na journal club (7 revisions restored)
- 21:01, 3. október 2010 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Úvod do dynamického programovania, cvičenia pre biológov (content was: '* Cvicenia pre biológov z dynamickeho programovania, pracovna verzia poznamok * Ospravedlnujem sa za chybajucu diakritiku ===Dynamické programovanie=== * Tuto tec…' (and the only contributor was 'Brona'))
- 21:01, 3. október 2010 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Zarovnávanie sekvencií, cvičenia pre biológov (content was: '* Cvicenia pre biológov z dynamickeho programovania, pracovna verzia poznamok * Ospravedlnujem sa za chybajucu diakritiku ===Opakovanie dynamickeho programovania=== * Uvazujme skorovanie zhoda +2, nezhoda -1, medzera -1 * Skusime si d…')
- 21:00, 3. október 2010 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Jadrá s medzerami, cvičenia pre informatikov (content was: '* Cvicenia pre informatikov z jadier s medzerami (spaced seeds) * Ospravedlnujem sa za chybajucu diakritiku * Prva cast [http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/pozna…' (and the only contributor was 'Brona'))
- 21:00, 3. október 2010 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Evolúcia, cvičenia pre biológov (content was: '==Hladanie genov== * Histonove modifikacie ** A. Barski, S. Cuddapah, K. Cui, T. Roh, D. Schones, Z. Wang, G. Wei, I. Chepelev, K. Zhao (2007) High-Resolution Profili…' (and the only contributor was 'Brona'))
- 21:00, 3. október 2010 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Evolúcia, cvičenia pre informatikov (content was: '==Cvicenie informatici== ===RT-PCR=== * Pozri slidy [http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/poznamky/ci06.pdf] ===Substitucne modely - odvodenie=== * Nech <math>P(b|…' (and the only contributor was 'Brona'))
- 21:00, 3. október 2010 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Expresia génov, cvičenia pre biológov (content was: 'Data o expresii ludskych genov v roznych tkanivach a podobne v '''UCSC genome browseri''' * V browseri su rozne tracky, napr. Affy Exon Tissues, Affy RNA Loc (signal)…' (and the only contributor was 'Brona'))
- 21:00, 3. október 2010 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Hľadanie motívov, cvičenia pre biológov (content was: '===Opakovanie z prednasky=== * Hladame vazobne miesta TF * Reprezentujeme ako sekvencne motivy (vo forme konsenzus retazcov, regularnych vyrazov alebo PSSM) * Dva bi…' (and the only contributor was 'Brona'))
- 21:00, 3. október 2010 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Hľadanie motívov, cvičenia pre informatikov (content was: '===Markovove reťazce=== * '''Markovov reťazec''' je postupnosť náhodných premenných <math>X_0, X_1, \dots,</math> taká, že <math>\Pr(X_t|X_0,\dots,X_{t-1}) = …' (and the only contributor was 'Brona'))
- 20:59, 3. október 2010 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Články na journal club (content before blanking was: 'Podľa vašich preferencií sme Vás zadelili ku článkom (v prípade, že o vaše vybrané články bol velký záujem, snažili sme sa dať prednosť študentom, ktorí svoje preferencie odvzdali skôr). 1. {{cite jou…')
- 20:59, 3. október 2010 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Pokyny k projektom
- 20:42, 3. október 2010 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Sekvenovanie genómov
- 12:21, 21. október 2009 Brona (Diskusia | príspevky) zmazal stránku Zarovnávanie sekvencií, cvičenia pre biológov