1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2023/24

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Exam rules, example questions and syllabus
Groups for journal club have each their own group in Moodle.


CB05: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
(Brona premiestnil stránku CB05 na CI05)
 
Riadok 1: Riadok 1:
#presmeruj [[CI05]]
+
==Príklady stavových automatov pre HMM==
 +
Uvazujme HMM so specialnym zaciatocnym stavom b a koncovym stavom e, ktore nic negeneruju.
 +
* Nakreslite HMM (stavovy diagram), ktory generuje sekvencie, ktore zacinaju niekolkymi cervenymi pismenami a potom obsahuju niekolko modrych
 +
* Ako treba zmenit HMM, aby dovoloval ako "niekolko" aj nula?
 +
* Ako treba zmenit HMM, aby pocet cervenych aj modrych bol vzdy parne cislo?
 +
* Ako zmenit HMM, aby sa striedali cervene a modre kusy parnej dlzky?
 +
 
 +
V dalsich prikladoch uvazujeme aj to, ktore pismena su v ktorom stave povolene (pravdepodobnost emisie > 0) a ktore su zakazane
 +
* cervena sekvencia dlzky dva, ktora zacina na A
 +
* cervena sekvencia dlzky dva, ktora je hocico okrem AA
 +
* toto sa da rozsirit na HMM, ktory reprezentuje ORF, teda nieco, co zacina start kodonom, potom niekolko beznych kodonov, ktore nie su stop kodonom a na koniec stop kodon
 +
 
 +
Dalsi biologicky priklad HMM: topologia transmembranovych proteinov.
 +
 
 +
==Príklady praktických programov==
 +
Pokracujeme v poznamkach z minuleho tyzdna [[CB04#Pr.C3.ADklady_praktick.C3.BDch_programov]]

Verzia zo dňa a času 11:58, 22. október 2020

Príklady stavových automatov pre HMM

Uvazujme HMM so specialnym zaciatocnym stavom b a koncovym stavom e, ktore nic negeneruju.

  • Nakreslite HMM (stavovy diagram), ktory generuje sekvencie, ktore zacinaju niekolkymi cervenymi pismenami a potom obsahuju niekolko modrych
  • Ako treba zmenit HMM, aby dovoloval ako "niekolko" aj nula?
  • Ako treba zmenit HMM, aby pocet cervenych aj modrych bol vzdy parne cislo?
  • Ako zmenit HMM, aby sa striedali cervene a modre kusy parnej dlzky?

V dalsich prikladoch uvazujeme aj to, ktore pismena su v ktorom stave povolene (pravdepodobnost emisie > 0) a ktore su zakazane

  • cervena sekvencia dlzky dva, ktora zacina na A
  • cervena sekvencia dlzky dva, ktora je hocico okrem AA
  • toto sa da rozsirit na HMM, ktory reprezentuje ORF, teda nieco, co zacina start kodonom, potom niekolko beznych kodonov, ktore nie su stop kodonom a na koniec stop kodon

Dalsi biologicky priklad HMM: topologia transmembranovych proteinov.

Príklady praktických programov

Pokracujeme v poznamkach z minuleho tyzdna CB04#Pr.C3.ADklady_praktick.C3.BDch_programov