1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2021/22

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion


CB05: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 13: Riadok 13:
 
Dalsi biologicky priklad HMM: topologia transmembranovych proteinov.
 
Dalsi biologicky priklad HMM: topologia transmembranovych proteinov.
  
==Príklady praktických programov==
+
==Príklady praktických programov na zarovnávanie sekvencií==
 
Pokracujeme v poznamkach z minuleho tyzdna [[CB04#Pr.C3.ADklady_praktick.C3.BDch_programov]]
 
Pokracujeme v poznamkach z minuleho tyzdna [[CB04#Pr.C3.ADklady_praktick.C3.BDch_programov]]

Verzia zo dňa a času 13:01, 22. október 2020

Príklady stavových automatov pre HMM

Uvazujme HMM so specialnym zaciatocnym stavom b a koncovym stavom e, ktore nic negeneruju.

  • Nakreslite HMM (stavovy diagram), ktory generuje sekvencie, ktore zacinaju niekolkymi cervenymi pismenami a potom obsahuju niekolko modrych
  • Ako treba zmenit HMM, aby dovoloval ako "niekolko" aj nula?
  • Ako treba zmenit HMM, aby pocet cervenych aj modrych bol vzdy parne cislo?
  • Ako zmenit HMM, aby sa striedali cervene a modre kusy parnej dlzky?

V dalsich prikladoch uvazujeme aj to, ktore pismena su v ktorom stave povolene (pravdepodobnost emisie > 0) a ktore su zakazane

  • cervena sekvencia dlzky dva, ktora zacina na A
  • cervena sekvencia dlzky dva, ktora je hocico okrem AA
  • toto sa da rozsirit na HMM, ktory reprezentuje ORF, teda nieco, co zacina start kodonom, potom niekolko beznych kodonov, ktore nie su stop kodonom a na koniec stop kodon

Dalsi biologicky priklad HMM: topologia transmembranovych proteinov.

Príklady praktických programov na zarovnávanie sekvencií

Pokracujeme v poznamkach z minuleho tyzdna CB04#Pr.C3.ADklady_praktick.C3.BDch_programov