1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2021/22

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Cvičenia vo štvrtok o 14:00 sú určené pre študentov BIN, INF, mINF, mAIN, DAV. Cvičenia vo štvrtok o 17:20 sú pre študentov z PriFUK a z fyzikálnych odborov. Obidvoje cvičenia sa budú konať už v prvom týždni semestra.


Introduction: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 31: Riadok 31:
  
 
Tieto budú doplnené poznatkami z odborných článkov a ďalšej literatúry.
 
Tieto budú doplnené poznatkami z odborných článkov a ďalšej literatúry.
 +
 +
<div id="fb-root"></div>
 +
<script>(function(d, s, id) {
 +
  var js, fjs = d.getElementsByTagName(s)[0];
 +
  if (d.getElementById(id)) return;
 +
  js = d.createElement(s); js.id = id;
 +
  js.src = "//connect.facebook.net/en_US/sdk.js#xfbml=1&version=v2.5";
 +
  fjs.parentNode.insertBefore(js, fjs);
 +
}(document, 'script', 'facebook-jssdk'));</script>
 +
<div style="width:30%; max-width: 350px; min-width: 250px; padding:30px; float:right;">
 +
<div class="fb-page" data-href="https://www.facebook.com/Computational-Biology-at-Comenius-University-in-Bratislava-1186005448094730/" data-tabs="timeline" data-height="600" data-small-header="true" data-adapt-container-width="true" data-hide-cover="false" data-show-facepile="false"></div>
 +
</div>

Verzia zo dňa a času 08:47, 22. september 2016

Rozvrh

  • Prednáška: štvrtok 15:40-17:10 F1-328
  • Cvičenie (pre inf): štvrtok 14:00-15:30 F1-328
  • Cvičenie (pre biol): štvrtok 17:20-18:50 M-217

Prednášajúci

Ciele predmetu

Tento predmet je určený pre študentov informatických aj biologických odborov. Prednášky budú spoločné pre všetkých, cvičenia budú zvlášť pre informatikov a biológov a poskytnú potrebné doplňujúce informácie.

  • Pre všetkých: podať prehľad základných metód používaných na výpočtovú analýzu biologických sekvencií a ďalších dát v molekulárnej biológii.
  • Pre informatikov: prehĺbiť/získať znalosti z algoritmov a dátových štruktúr, strojového učenia a pravdepodobnosti. Na príkladoch z biológie ukázať, ako prejsť od problému v reálnom svete k matematickej abstrakcii.
  • Pre biológov: pochopiť matematické modely tvoriace základ populárnych bioinformatických nástrojov, naučiť sa tieto nástroje používať a interpretovať ich výsledky.

Stručná osnova

Základné pojmy z molekulárnej biológie, algoritmov a strojového učenia. Sekvenovanie a zostavovanie genómov. Hľadanie génov. Zarovnávanie sekvencií. Evolučné modely a fylogenetické stromy. Komparatívne metódy. Štruktúra RNA. Hľadanie motívov a analýza expresie génov. Štruktúra a funkcia proteínov. Úvod do populačnej genetiky. Vybrané aktuálne témy.

Literatúra

Mnohé základné pojmy budú preberané podľa kníh:

  • Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press 1998.
K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-D-21
  • Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-Z-2

Tieto budú doplnené poznatkami z odborných článkov a ďalšej literatúry.

<script>(function(d, s, id) {

 var js, fjs = d.getElementsByTagName(s)[0];
 if (d.getElementById(id)) return;
 js = d.createElement(s); js.id = id;
 js.src = "//connect.facebook.net/en_US/sdk.js#xfbml=1&version=v2.5";
 fjs.parentNode.insertBefore(js, fjs);

}(document, 'script', 'facebook-jssdk'));</script>