1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2022/23

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Groups for journal club have each their own channel in MS Teams.


Introduction: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 4: Riadok 4:
 
* Prednáška: štvrtok 15:40-17:10 F1-328
 
* Prednáška: štvrtok 15:40-17:10 F1-328
 
* Cvičenie (pre inf): štvrtok 14:00-15:30 F1-328
 
* Cvičenie (pre inf): štvrtok 14:00-15:30 F1-328
* Cvičenie (pre biol): štvrtok 17:20-18:50 M-217
+
* Cvičenie (pre biol): štvrtok 17:20-18:50 F1-328, M-217
  
 
===Vyučujúci===
 
===Vyučujúci===

Verzia zo dňa a času 19:59, 26. september 2018

Rozvrh

  • Prednáška: štvrtok 15:40-17:10 F1-328
  • Cvičenie (pre inf): štvrtok 14:00-15:30 F1-328
  • Cvičenie (pre biol): štvrtok 17:20-18:50 F1-328, M-217

Vyučujúci

Ciele predmetu

Tento predmet je určený pre študentov informatických aj biologických odborov. Prednášky budú spoločné pre všetkých, cvičenia budú zvlášť pre informatikov a biológov a poskytnú potrebné doplňujúce informácie.

  • Pre všetkých: podať prehľad základných metód používaných na výpočtovú analýzu biologických sekvencií a ďalších dát v molekulárnej biológii.
  • Pre informatikov: prehĺbiť/získať znalosti z algoritmov a dátových štruktúr, strojového učenia a pravdepodobnosti. Na príkladoch z biológie ukázať, ako prejsť od problému v reálnom svete k matematickej abstrakcii.
  • Pre biológov: pochopiť matematické modely tvoriace základ populárnych bioinformatických nástrojov, naučiť sa tieto nástroje používať a interpretovať ich výsledky.

Stručná osnova

Základné pojmy z molekulárnej biológie, algoritmov a strojového učenia. Sekvenovanie a zostavovanie genómov. Hľadanie génov. Zarovnávanie sekvencií. Evolučné modely a fylogenetické stromy. Komparatívne metódy. Štruktúra RNA. Hľadanie motívov a analýza expresie génov. Štruktúra a funkcia proteínov. Úvod do populačnej genetiky. Vybrané aktuálne témy.

Literatúra

Mnohé základné pojmy budú preberané podľa kníh:

  • Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press 1998.
K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-D-21
  • Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-Z-2

Tieto budú doplnené poznatkami z odborných článkov a ďalšej literatúry.