1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2021/22

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion


MBI 2011/2012: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
(Created page with '=UCSC genome browser, cvičenia pre biológov= {{:subst::UCSC genome browser, cvičenia pre biológov}}')
 
Riadok 1: Riadok 1:
 
=UCSC genome browser, cvičenia pre biológov=
 
=UCSC genome browser, cvičenia pre biológov=
{{:subst::UCSC genome browser, cvičenia pre biológov}}
+
* Zvoľte v menu Bioinformatika, užívatel User
 +
* V programe Firefox choďte na stránku UCSC genome browser http://genome.ucsc.edu/
 +
* Hore v modrom menu zvoľte Genomes, potom zvoľte ľudský genóm. Do okienka <tt>search term</tt> zadajte HOXA2. Vo výsledkoch hľadania (UCSC genes) zvoľte gén homeobox A2. Koľko má exónov? Na ktorom chromozóme a pozícii je? Pozor, je na opačnom vlákne. Ako je táto skutočnosť naznačená na obrázku?
 +
* V tracku UCSC Genes kliknite na gén, mali by ste sa dostať na stránku popisujúcu jeho rôzne vlastnosti. Čo ste sa dozvedeli o jeho funkcii?
 +
** na tejto stránke nájdite linku na stiahnutie proteínovej sekvencie
 +
* Pomocou tracku Common SNPs(135) nájdite aspoň jeden single nucleotide polymorphism v tomto géne. Na akej je pozícii? Aké bázy sa vyskytujú v ľudskej populácii? Prečo sú niektoré SNPy zobrazené červenou?

Verzia zo dňa a času 10:50, 4. október 2012

UCSC genome browser, cvičenia pre biológov

  • Zvoľte v menu Bioinformatika, užívatel User
  • V programe Firefox choďte na stránku UCSC genome browser http://genome.ucsc.edu/
  • Hore v modrom menu zvoľte Genomes, potom zvoľte ľudský genóm. Do okienka search term zadajte HOXA2. Vo výsledkoch hľadania (UCSC genes) zvoľte gén homeobox A2. Koľko má exónov? Na ktorom chromozóme a pozícii je? Pozor, je na opačnom vlákne. Ako je táto skutočnosť naznačená na obrázku?
  • V tracku UCSC Genes kliknite na gén, mali by ste sa dostať na stránku popisujúcu jeho rôzne vlastnosti. Čo ste sa dozvedeli o jeho funkcii?
    • na tejto stránke nájdite linku na stiahnutie proteínovej sekvencie
  • Pomocou tracku Common SNPs(135) nájdite aspoň jeden single nucleotide polymorphism v tomto géne. Na akej je pozícii? Aké bázy sa vyskytujú v ľudskej populácii? Prečo sú niektoré SNPy zobrazené červenou?