1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2023/24

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Exam rules, example questions and syllabus
Groups for journal club have each their own group in Moodle.


MBI 2011/2012

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie

UCSC genome browser, cvičenia pre biológov

  • Zvoľte v menu Bioinformatika, užívatel User
  • V programe Firefox choďte na stránku UCSC genome browser http://genome.ucsc.edu/
  • Hore v modrom menu zvoľte Genomes, potom zvoľte ľudský genóm. Do okienka search term zadajte HOXA2. Vo výsledkoch hľadania (UCSC genes) zvoľte gén homeobox A2. Koľko má exónov? Na ktorom chromozóme a pozícii je? Pozor, je na opačnom vlákne. Ako je táto skutočnosť naznačená na obrázku?
  • V tracku UCSC Genes kliknite na gén, mali by ste sa dostať na stránku popisujúcu jeho rôzne vlastnosti. Čo ste sa dozvedeli o jeho funkcii?
    • na tejto stránke nájdite linku na stiahnutie proteínovej sekvencie
  • Pomocou tracku Common SNPs(135) nájdite aspoň jeden single nucleotide polymorphism v tomto géne. Na akej je pozícii? Aké bázy sa vyskytujú v ľudskej populácii? Prečo sú niektoré SNPy zobrazené červenou?