1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2021/22

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Cvičenia vo štvrtok o 14:00 sú určené pre študentov BIN, INF, mINF, mAIN, DAV. Cvičenia vo štvrtok o 17:20 sú pre študentov z PriFUK a z fyzikálnych odborov. Obidvoje cvičenia sa budú konať už v prvom týždni semestra.


MBI 2014/2015: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
(Vytvorená stránka „'''Literatúra:''' * '''BV''': Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky) ** Verzia z 2.1.2014: {{pdf|skripta-...“)
 
Riadok 2: Riadok 2:
  
 
* '''BV''': Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)  
 
* '''BV''': Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)  
** Verzia z 2.1.2014: {{pdf|skripta-2014-01-02}}
+
** Verzia z 2.1.2014: [[Media:skripta-2014-01-02.pdf|pdf]]
 
* '''DEKM''': Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
 
* '''DEKM''': Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
 
* '''ZB''': Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
 
* '''ZB''': Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
Riadok 12: Riadok 12:
 
{|
 
{|
 
|-
 
|-
{{T|22.-28.9.|}}
+
|- style="background:#f0f0f0"
{{R | PR| Úvod, administratíva, ukážky bioinformatických problémov | {{pdf|p01}} | }}
+
| colspan="4" | '''Týždeň 22.-28.9.'''
{{R | CI| Úvod do biológie | {{pdf|ci01}} | [[CI01|poznámky]] }}
+
{{Lit | ZB kap. 1}}
+
{{R | CB| Úvod do informatiky | {{pdf|cb01}} | }}
+
 
|-
 
|-
{{T|29.9.-5.10|}}
 
{{R | PR| Sekvenovanie a zostavovanie genómov | {{pdf|p02}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 1}}
 
{{R | CI| Úvod do dynamického programovania, proteomika | {{pdf|ci02-msms}} | [[CI02|poznámky]] }}
 
{{R | CB| Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser | | [[CB02|poznámky]] }}
 
 
|-
 
|-
{{T|6.-12.10.|}}
+
| ''' PR:''' || Úvod, administratíva, ukážky bioinformatických problémov  || [[Media:p01.pdf|pdf]]  ||
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | {{pdf|p03}} | }}
+
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
+
{{R | CI|Nebudú | | }}
+
{{R | CB|Nebudú | | }}
+
 
|-
 
|-
{{T|13.-19.10.|}}
 
{{R | PR|Prednáška nebude, cvičenia pre biológov začnú 15:40 | | }}
 
{{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | | [[CI03|poznámky]]}}
 
{{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti | | [[CB03|poznámky]] }}
 
 
|-
 
|-
{{T|20.-26.10.|}}
+
| ''' CI:''' || Úvod do biológie  || [[Media:ci01.pdf|pdf]] || [[CI01|poznámky]]  
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p04}} | }}
+
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
+
{{R | CI|Úvod do pravdepodobnosti |{{pdf|Ci02}} | [[CI04|poznámky]]}}
+
{{R | CB|Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií | {{pdf|cb03}} | [[CB04|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
{{T|27.10.-2.11.|}}
+
|- style="color:#606060;"
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p06}} | }}
+
| || colspan="3" | '' ZB kap. 1''
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
+
{{R | CI|BLAST, jadrá s medzerami | {{pdf|ci04}} | [[CI05|poznámky]]}}
+
{{R | CB|Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov|  | [[CB05|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
{{T|3.-9.11.|}}
 
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p05}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
 
{{R | CI|Felsensteinov algoritmus, substitučné modely | | [[CI06|poznámky]]}}
 
{{R | CB|Substitučné modely, skryté Markovove modely| | [[CB06|poznámky]] }}
 
 
|-
 
|-
{{T|10.-16.11.|}}
+
| ''' CB:''' || Úvod do informatiky  || [[Media:cb01.pdf|pdf]] ||
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | {{pdf|p07}} | }}
+
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
+
{{R | CI|Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM | | [[CI07|poznámky]]}}
+
{{R | CB|E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika| {{pdf|cb04}}, {{pdf|cb05}} | [[CB07|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
{{T|17.-23.11.|}}
 
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p09b}} | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
 
{{R | CI|Algoritmy pre HMM a phyloHMM | {{pdf|ci07}} | [[CI08|poznámky]]}}
 
{{R | CB|Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta | {{pdf|cb08}} | [[CB08|poznámky]] }}
 
 
|-
 
|-
{{T|24.-30.11.|}}
+
|- style="background:#f0f0f0"
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | {{pdf|p08}} | }}
+
| colspan="4" | '''Týždeň 29.9.-5.10'''
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
+
{{R | CI|Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním | {{pdf|cb08}} | [[CI09|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík | | [[CB09|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
{{T|1.-7.12.|}}
 
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | {{pdf|p12}} | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
 
{{R | CI| Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, úvod do bezkontextových gramatík | | [[CI10|poznámky]] }}
 
{{R | CB| RNA štruktúra, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam | | [[CB10|poznámky]] }}
 
 
|-
 
|-
{{T|8.-14.12.|}}
+
| ''' PR:''' ||  Sekvenovanie a zostavovanie genómov  ||  [[Media:p02.pdf|pdf]]  || 
{{R | PR| Populačná genetika | {{pdf|p11}} | }}
+
|-
{{Lit | }}
+
|- style="color:#606060;"
{{R | CI| Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA | {{pdf|ci12}} | [[CI11|poznámky]] }}
+
| || colspan="3" | '' BV kap. 1''
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, transkripčné faktory v SGD | {{pdf|cb12}}, {{pdf|cb09}} | [[CB11|poznámky]] }}
+
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' ||  Úvod do dynamického programovania, proteomika  ||  [[Media:ci02-msms.pdf|pdf]]  ||  [[CI02|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' ||  Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser  ||  ||  [[CB02|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 6.-12.10.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie  ||  [[Media:p03.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Nebudú  ||  || 
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Nebudú  ||  || 
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 13.-19.10.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' || Prednáška nebude, cvičenia pre biológov začnú 15:40  ||  || 
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií  ||  ||  [[CI03|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti  ||  ||  [[CB03|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 20.-26.10.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie  ||  [[Media:p04.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Úvod do pravdepodobnosti  || [[Media:Ci02.pdf|pdf]]  ||  [[CI04|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií  ||  [[Media:cb03.pdf|pdf]]  ||  [[CB04|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 27.10.-2.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)  ||  [[Media:p06.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || BLAST, jadrá s medzerami  ||  [[Media:ci04.pdf|pdf]]  ||  [[CI05|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov ||    ||  [[CB05|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 3.-9.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Hľadanie génov, skryté Markovove modely  ||  [[Media:p05.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Felsensteinov algoritmus, substitučné modely  ||  ||  [[CI06|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Substitučné modely, skryté Markovove modely ||  ||  [[CB06|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 10.-16.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM  ||  [[Media:p07.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM  ||  ||  [[CI07|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika ||  [[Media:cb04.pdf|pdf]], [[Media:cb05.pdf|pdf]]  ||  [[CB07|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 17.-23.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách  ||  [[Media:p09b.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Algoritmy pre HMM a phyloHMM  ||  [[Media:ci07.pdf|pdf]]  ||  [[CI08|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta  ||  [[Media:cb08.pdf|pdf]]  ||  [[CB08|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 24.-30.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Štruktúra a funkcia proteínov  ||  [[Media:p08.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním  ||  [[Media:cb08.pdf|pdf]]  ||  [[CI09|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Úvod do bezkontextových gramatík  ||  ||  [[CB09|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 1.-7.12.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín  ||  [[Media:p12.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' ||  Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, úvod do bezkontextových gramatík  ||  ||  [[CI10|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' ||  RNA štruktúra, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam  ||  ||  [[CB10|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 8.-14.12.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' |Populačná genetika || [[Media:p11.pdf|pdf]]  ||
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' ''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA || [[Media:ci12.pdf|pdf]]  || [[CI11|poznámky]]  
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' |Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, transkripčné faktory v SGD || [[Media:cb12.pdf|pdf]], [[Media:cb09.pdf|pdf]]  ||  [[CB11|poznámky]]  
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 15.-21.12.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Nepovinné prezentácie  ||  || 
 
|-
 
|-
{{T|15.-21.12.|}}
 
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
 
 
|-
 
|-
 
|}
 
|}

Verzia zo dňa a času 18:11, 11. september 2015

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 2.1.2014: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov

Týždeň 22.-28.9.
PR: Úvod, administratíva, ukážky bioinformatických problémov pdf
CI: Úvod do biológie pdf poznámky
ZB kap. 1
CB: Úvod do informatiky pdf
Týždeň 29.9.-5.10
PR: Sekvenovanie a zostavovanie genómov pdf
BV kap. 1
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika pdf poznámky
CB: Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser poznámky
Týždeň 6.-12.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI: Nebudú
CB: Nebudú
Týždeň 13.-19.10.
PR: Prednáška nebude, cvičenia pre biológov začnú 15:40
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií poznámky
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti poznámky
Týždeň 20.-26.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
CI: Úvod do pravdepodobnosti pdf poznámky
CB: Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií pdf poznámky
Týždeň 27.10.-2.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) pdf
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
CI: BLAST, jadrá s medzerami pdf poznámky
CB: Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov poznámky
Týždeň 3.-9.11.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely pdf
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
CI: Felsensteinov algoritmus, substitučné modely poznámky
CB: Substitučné modely, skryté Markovove modely poznámky
Týždeň 10.-16.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM pdf
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
CI: Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM poznámky
CB: E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika pdf, pdf poznámky
Týždeň 17.-23.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách pdf
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
CI: Algoritmy pre HMM a phyloHMM pdf poznámky
CB: Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta pdf poznámky
Týždeň 24.-30.11.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov pdf
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
CI: Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním pdf poznámky
CB: Úvod do bezkontextových gramatík poznámky
Týždeň 1.-7.12.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín pdf
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
CI: Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, úvod do bezkontextových gramatík poznámky
CB: RNA štruktúra, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam poznámky
Týždeň 8.-14.12.
PR: Populačná genetika pdf
CI: Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA pdf poznámky
CB: Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, transkripčné faktory v SGD pdf, pdf poznámky
Týždeň 15.-21.12.
PR: Nepovinné prezentácie