1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2021/22

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Cvičenia vo štvrtok o 14:00 sú určené pre študentov BIN, INF, mINF, mAIN, DAV. Cvičenia vo štvrtok o 17:20 sú pre študentov z PriFUK a z fyzikálnych odborov. Obidvoje cvičenia sa budú konať už v prvom týždni semestra.


MBI 2015/2016: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
(Vytvorená stránka „'''Literatúra:''' * '''BV''': Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky) ** Verzia z 1.10.2015: Media:skri...“)
 
Riadok 27: Riadok 27:
 
{{R | CI| Úvod do biológie  | {{pdf|ci-introbio}} | [[CI01|poznámky]] }}
 
{{R | CI| Úvod do biológie  | {{pdf|ci-introbio}} | [[CI01|poznámky]] }}
 
{{Lit | ZB kap. 1}}
 
{{Lit | ZB kap. 1}}
{{R | CB| Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser | {{pdf|cb-dp}} | [[CB02|poznámky]] }}
 
 
|-
 
|-
{{T|5.-11.10.|}}
+
| ''' CB:''' ||  Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser  || [[Media:cb-dp.pdf|pdf]]  |[[CB02|poznámky]]  
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | {{pdf|p-aln1}} | }}
+
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
+
{{R | CI|Úvod do dynamického programovania, proteomika | {{pdf|cb-dp}}, {{pdf|ci-msms}} | [[CI02|poznámky]] }}
+
{{R | CB|nebude | | }}
+
 
|-
 
|-
{{T|12.-18.10.|}}
 
{{R | PR| nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40| | }}
 
{{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | | [[CI03|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti (začínajú 15:40)| | [[CB03|poznámky]] }}
 
 
|-
 
|-
{{T|19.-25.10.|}}
+
|- style="background:#f0f0f0"
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p-aln2}} | }}
+
| colspan="4" | '''Týždeň 5.-11.10.'''
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
+
{{R | CI|Úvod do pravdepodobnosti | {{pdf|ci-coverage}} | [[CI04|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií | {{pdf|cb-dotplots}} | [[CB04|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
{{T|26.10.-1.11.|}}
 
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p-phylo}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
 
{{R | CI|BLAST, jadrá s medzerami | {{pdf|ci-seeds}} | [[CI05|poznámky]]  }}
 
{{R | CB|Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov| {{pdf|cb-phylo}} | [[CB05|poznámky]]  }}
 
 
|-
 
|-
{{T|2.-8.11.|}}
+
| ''' PR:''' || Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie  || [[Media:p-aln1.pdf|pdf]]   ||
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p-gene}} | }}
+
{{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
+
{{R | CI|Felsensteinov algoritmus, substitučné modely | | [[CI06|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Substitučné modely, skryté Markovove modely| | [[CB06|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
{{T|9.-15.11.|}}
+
|- style="color:#606060;"
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | {{pdf|p-compgen}} | }}
+
| || colspan="3" | '' BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2''
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
+
{{R | CI|Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM | {{pdf|ci-matice}} | [[CI07|poznámky]] }}
+
{{R | CB|E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika| {{pdf|cb-evalue}}, {{pdf|cb-gene}} | [[CB07|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
{{T|16.-22.11.|}}
 
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p-expr}} | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
 
{{R | CI|Algoritmy pre HMM a phyloHMM | {{pdf|ci-hmm}} | [[CI08|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta | {{pdf|cb-kmeans}} | [[CB08|poznámky]]  }}
 
 
|-
 
|-
{{T|23.-29.11.|}}
+
| ''' CI:''' || Úvod do dynamického programovania, proteomika  || [[Media:cb-dp.pdf|pdf]], [[Media:ci-msms.pdf|pdf]] || [[CI02|poznámky]]  
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | {{pdf|p-prot}} | }}
+
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
+
{{R | CI|Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním | {{pdf|cb-kmeans}} |  [[CI09|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam, MEME, transkripčné faktory v SGD | | [[CB09|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
{{T|30.11.-6.12.|}}
 
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | {{pdf|p-rna}} | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
 
{{R | CI| Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, úvod do bezkontextových gramatík | [[CI10|poznámky]] |  }}
 
{{R | CB| RNA štruktúra, skórovacie matice | [[CB10|poznámky]] |  }}
 
 
|-
 
|-
{{T|7.-13.12.|}}
+
| ''' CB:''' || nebude  ||  || 
{{R | PR| Populačná genetika | {{pdf|p-popgen}} | }}
+
|-
{{Lit | }}
+
|-
{{R | CI| Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA | [[CI11|poznámky]] | {{pdf|ci-summary}} }}
+
|- style="background:#f0f0f0"
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, programy na určovanie RNA štruktúry | [[CB11|poznámky]] | {{pdf|cb-summary}}, {{pdf|cb-graphs}} }}
+
| colspan="4" | '''Týždeň 12.-18.10.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 ||  || 
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií  ||  ||  [[CI03|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti (začínajú 15:40) ||  ||  [[CB03|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 19.-25.10.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie  ||  [[Media:p-aln2.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Úvod do pravdepodobnosti  ||  [[Media:ci-coverage.pdf|pdf]]  ||  [[CI04|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií  ||  [[Media:cb-dotplots.pdf|pdf]]  ||  [[CB04|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 26.10.-1.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)  ||  [[Media:p-phylo.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || BLAST, jadrá s medzerami  ||  [[Media:ci-seeds.pdf|pdf]]  ||  [[CI05|poznámky]] 
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov ||  [[Media:cb-phylo.pdf|pdf]]  ||  [[CB05|poznámky]] 
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 2.-8.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Hľadanie génov, skryté Markovove modely  ||  [[Media:p-gene.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Felsensteinov algoritmus, substitučné modely  ||  ||  [[CI06|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Substitučné modely, skryté Markovove modely ||  ||  [[CB06|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 9.-15.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM  ||  [[Media:p-compgen.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM  ||  [[Media:ci-matice.pdf|pdf]]  ||  [[CI07|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika ||  [[Media:cb-evalue.pdf|pdf]], [[Media:cb-gene.pdf|pdf]]  ||  [[CB07|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 16.-22.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách  ||  [[Media:p-expr.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Algoritmy pre HMM a phyloHMM  ||  [[Media:ci-hmm.pdf|pdf]]  ||  [[CI08|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta  ||  [[Media:cb-kmeans.pdf|pdf]]  ||  [[CB08|poznámky]] 
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 23.-29.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Štruktúra a funkcia proteínov  ||  [[Media:p-prot.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním  ||  [[Media:cb-kmeans.pdf|pdf]]  ||  [[CI09|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam, MEME, transkripčné faktory v SGD  ||  ||  [[CB09|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 30.11.-6.12.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín  ||  [[Media:p-rna.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' ||  Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, úvod do bezkontextových gramatík  ||  [[CI10|poznámky]]  || 
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' ||  RNA štruktúra, skórovacie matice  ||  [[CB10|poznámky]]  || 
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 7.-13.12.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Populačná genetika || [[Media:p-popgen.pdf|pdf]]  ||
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' ''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA |[[CI11|poznámky]] || [[Media:ci-summary.pdf|pdf]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, programy na určovanie RNA štruktúry |[[CB11|poznámky]] || [[Media:cb-summary.pdf|pdf]], [[Media:cb-graphs.pdf|pdf]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 14.-20.12.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Nepovinné prezentácie  ||  || 
 
|-
 
|-
{{T|14.-20.12.|}}
 
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
 
 
|-
 
|-
 
|}
 
|}

Verzia zo dňa a času 10:48, 21. september 2016

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 1.10.2015: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov

Prezentácie

21.-27.9.
PR: Nebude, krátke informačné stretnutie nasledované cvičením pre biológov
CI: Nebude
CB: Úvod do informatiky (začínajú 15:40) pdf
28.9.-4.10
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov pdf, pdf
BV kap. 1
CI: Úvod do biológie pdf poznámky
ZB kap. 1
CB: Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser pdf poznámky
Týždeň 5.-11.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika pdf, pdf poznámky
CB: nebude
Týždeň 12.-18.10.
PR: nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií poznámky
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti (začínajú 15:40) poznámky
Týždeň 19.-25.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
CI: Úvod do pravdepodobnosti pdf poznámky
CB: Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií pdf poznámky
Týždeň 26.10.-1.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) pdf
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
CI: BLAST, jadrá s medzerami pdf poznámky
CB: Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov pdf poznámky
Týždeň 2.-8.11.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely pdf
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
CI: Felsensteinov algoritmus, substitučné modely poznámky
CB: Substitučné modely, skryté Markovove modely poznámky
Týždeň 9.-15.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM pdf
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
CI: Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM pdf poznámky
CB: E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika pdf, pdf poznámky
Týždeň 16.-22.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách pdf
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
CI: Algoritmy pre HMM a phyloHMM pdf poznámky
CB: Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta pdf poznámky
Týždeň 23.-29.11.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov pdf
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
CI: Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním pdf poznámky
CB: Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam, MEME, transkripčné faktory v SGD poznámky
Týždeň 30.11.-6.12.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín pdf
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
CI: Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, úvod do bezkontextových gramatík poznámky
CB: RNA štruktúra, skórovacie matice poznámky
Týždeň 7.-13.12.
PR: Populačná genetika pdf
CI: Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA poznámky pdf
CB: Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, programy na určovanie RNA štruktúry poznámky pdf, pdf
Týždeň 14.-20.12.
PR: Nepovinné prezentácie