1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2021/22

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Cvičenia vo štvrtok o 14:00 sú určené pre študentov BIN, INF, mINF, mAIN, DAV. Cvičenia vo štvrtok o 17:20 sú pre študentov z PriFUK a z fyzikálnych odborov. Obidvoje cvičenia sa budú konať už v prvom týždni semestra.


MBI 2015/2016: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 17: Riadok 17:
 
{|
 
{|
 
|-
 
|-
{{T|21.-27.9.|}}
+
|- style="background:#f0f0f0"
{{R | PR| Nebude, krátke informačné stretnutie nasledované cvičením pre biológov | | }}
+
| colspan="4" | '''Týždeň 21.-27.9.'''
{{R | CI| Nebude |  | }}
+
|-
{{R | CB| Úvod do informatiky (začínajú 15:40)| {{pdf|cb-introcs}} | }}
+
|-
 +
| ''' PR:''' |Nebude, krátke informačné stretnutie nasledované cvičením pre biológov ||   || 
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' |Nebude ||    ||   
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' |Úvod do informatiky (začínajú 15:40) ||   || 
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 28.9.-4.10'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov  ||    || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 1''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' ||  Úvod do biológie  ||    ||  [[CI01|poznámky]]
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' ZB kap. 1''
 
|-
 
|-
{{T|28.9.-4.10|}}
 
{{R | PR| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | {{pdf|p-intro}}, {{pdf|p-seq}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 1}}
 
{{R | CI| Úvod do biológie  | {{pdf|ci-introbio}} | [[CI01|poznámky]] }}
 
{{Lit | ZB kap. 1}}
 
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' ||  Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser  || [[Media:cb-dp.pdf|pdf]]  ||  [[CB02|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' ||  Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser  ||   ||  [[CB02|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 35: Riadok 53:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie  || [[Media:p-aln1.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie  ||     ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 41: Riadok 59:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' || Úvod do dynamického programovania, proteomika  || [[Media:cb-dp.pdf|pdf]], [[Media:ci-msms.pdf|pdf]]  ||  [[CI02|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' || Úvod do dynamického programovania, proteomika  ||     ||  [[CI02|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 64: Riadok 82:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie  || [[Media:p-aln2.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 70: Riadok 88:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' || Úvod do pravdepodobnosti  || [[Media:ci-coverage.pdf|pdf]]  ||  [[CI04|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' || Úvod do pravdepodobnosti  ||   ||  [[CI04|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' || Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií  || [[Media:cb-dotplots.pdf|pdf]]  ||  [[CB04|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' || Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií  ||   ||  [[CB04|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 80: Riadok 98:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)  || [[Media:p-phylo.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 86: Riadok 104:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' || BLAST, jadrá s medzerami  || [[Media:ci-seeds.pdf|pdf]]  ||  [[CI05|poznámky]]   
+
| ''' CI:''' || BLAST, jadrá s medzerami  ||   ||  [[CI05|poznámky]]   
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' || Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov || [[Media:cb-phylo.pdf|pdf]]  ||  [[CB05|poznámky]]   
+
| ''' CB:''' || Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov ||   ||  [[CB05|poznámky]]   
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 96: Riadok 114:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Hľadanie génov, skryté Markovove modely  || [[Media:p-gene.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Hľadanie génov, skryté Markovove modely  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 112: Riadok 130:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM  || [[Media:p-compgen.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 118: Riadok 136:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' || Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM  || [[Media:ci-matice.pdf|pdf]]  ||  [[CI07|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' || Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM  ||   ||  [[CI07|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' || E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika || [[Media:cb-evalue.pdf|pdf]], [[Media:cb-gene.pdf|pdf]]  ||  [[CB07|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' || E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika ||     ||  [[CB07|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 128: Riadok 146:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách  || [[Media:p-expr.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 134: Riadok 152:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' || Algoritmy pre HMM a phyloHMM  || [[Media:ci-hmm.pdf|pdf]]  ||  [[CI08|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' || Algoritmy pre HMM a phyloHMM  ||   ||  [[CI08|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' || Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta  || [[Media:cb-kmeans.pdf|pdf]]  ||  [[CB08|poznámky]]   
+
| ''' CB:''' || Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta  ||   ||  [[CB08|poznámky]]   
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 144: Riadok 162:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Štruktúra a funkcia proteínov  || [[Media:p-prot.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Štruktúra a funkcia proteínov  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 150: Riadok 168:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' || Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním  || [[Media:cb-kmeans.pdf|pdf]]  ||  [[CI09|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' || Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním  ||   ||  [[CI09|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 160: Riadok 178:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín  || [[Media:p-rna.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 176: Riadok 194:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Populačná genetika  || [[Media:p-popgen.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Populačná genetika  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 182: Riadok 200:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' ||  Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA  ||  [[CI11|poznámky]]  || [[Media:ci-summary.pdf|pdf]]
+
| ''' CI:''' ||  Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA  ||  [[CI11|poznámky]]  ||  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' ||  Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, programy na určovanie RNA štruktúry  ||  [[CB11|poznámky]]  || [[Media:cb-summary.pdf|pdf]], [[Media:cb-graphs.pdf|pdf]]
+
| ''' CB:''' ||  Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, programy na určovanie RNA štruktúry  ||  [[CB11|poznámky]]  ||  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-

Verzia zo dňa a času 10:53, 21. september 2016

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 1.10.2015: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov

Prezentácie

Týždeň 21.-27.9.
PR: Nebude, krátke informačné stretnutie nasledované cvičením pre biológov
CI: Nebude
CB: Úvod do informatiky (začínajú 15:40)
Týždeň 28.9.-4.10
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov
BV kap. 1
CI: Úvod do biológie poznámky
ZB kap. 1
CB: Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser poznámky
Týždeň 5.-11.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika poznámky
CB: nebude
Týždeň 12.-18.10.
PR: nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií poznámky
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti (začínajú 15:40) poznámky
Týždeň 19.-25.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
CI: Úvod do pravdepodobnosti poznámky
CB: Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií poznámky
Týždeň 26.10.-1.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
CI: BLAST, jadrá s medzerami poznámky
CB: Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov poznámky
Týždeň 2.-8.11.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
CI: Felsensteinov algoritmus, substitučné modely poznámky
CB: Substitučné modely, skryté Markovove modely poznámky
Týždeň 9.-15.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
CI: Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM poznámky
CB: E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika poznámky
Týždeň 16.-22.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
CI: Algoritmy pre HMM a phyloHMM poznámky
CB: Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta poznámky
Týždeň 23.-29.11.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
CI: Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním poznámky
CB: Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam, MEME, transkripčné faktory v SGD poznámky
Týždeň 30.11.-6.12.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
CI: Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, úvod do bezkontextových gramatík poznámky
CB: RNA štruktúra, skórovacie matice poznámky
Týždeň 7.-13.12.
PR: Populačná genetika
CI: Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA poznámky
CB: Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, programy na určovanie RNA štruktúry poznámky
Týždeň 14.-20.12.
PR: Nepovinné prezentácie