1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2022/23

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Groups for journal club have each their own channel in MS Teams.


MBI 2015/2016: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 21: Riadok 21:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Nebude, krátke informačné stretnutie nasledované cvičením pre biológov  ||  || 
+
| ''' PR:''' ||  Nebude, krátke informačné stretnutie nasledované cvičením pre biológov  ||   
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' ||  Nebude  ||   || 
+
| ''' CI:''' ||  Nebude  ||  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' ||  Úvod do informatiky (začínajú 15:40) ||    ||   
+
| ''' CB:''' ||  Úvod do informatiky (začínajú 15:40) ||   
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 34: Riadok 34:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov  ||    ||   
+
| ''' PR:''' ||  Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov  ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 40: Riadok 40:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' ||  Úvod do biológie  ||   ||  [[CI01|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' ||  Úvod do biológie  ||   [[CI01|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 46: Riadok 46:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' ||  Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser  ||   ||  [[CB02|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' ||  Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser  ||   [[CB02|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 53: Riadok 53:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie  ||     || 
+
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie  ||  
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 59: Riadok 59:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' || Úvod do dynamického programovania, proteomika  ||     ||  [[CI02|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' || Úvod do dynamického programovania, proteomika  ||   [[CI02|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' || nebude  ||  ||   
+
| ''' CB:''' || nebude  ||   
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 69: Riadok 69:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 ||  ||   
+
| ''' PR:''' ||  nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 ||   
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' || Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií  ||  ||  [[CI03|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' || Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií  ||  [[CI03|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' || Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti (začínajú 15:40) ||  ||  [[CB03|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' || Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti (začínajú 15:40) ||  [[CB03|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 82: Riadok 82:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie  ||   || 
+
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie  ||  
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 88: Riadok 88:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' || Úvod do pravdepodobnosti  ||   ||  [[CI04|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' || Úvod do pravdepodobnosti  ||   [[CI04|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' || Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií  ||   ||  [[CB04|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' || Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií  ||   [[CB04|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 98: Riadok 98:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)  ||   || 
+
| ''' PR:''' ||  Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)  ||  
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 104: Riadok 104:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' || BLAST, jadrá s medzerami  ||    ||  [[CI05|poznámky]]   
+
| ''' CI:''' || BLAST, jadrá s medzerami  ||    [[CI05|poznámky]]   
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' || Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov ||    ||  [[CB05|poznámky]]   
+
| ''' CB:''' || Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov ||    [[CB05|poznámky]]   
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 114: Riadok 114:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Hľadanie génov, skryté Markovove modely  ||   || 
+
| ''' PR:''' ||  Hľadanie génov, skryté Markovove modely  ||  
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 120: Riadok 120:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' || Felsensteinov algoritmus, substitučné modely  ||  ||  [[CI06|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' || Felsensteinov algoritmus, substitučné modely  ||  [[CI06|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' || Substitučné modely, skryté Markovove modely ||  ||  [[CB06|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' || Substitučné modely, skryté Markovove modely ||  [[CB06|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 130: Riadok 130:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM  ||   || 
+
| ''' PR:''' ||  Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM  ||  
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 136: Riadok 136:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' || Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM  ||   ||  [[CI07|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' || Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM  ||     [[CI07|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' || E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika ||     ||  [[CB07|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' || E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika ||     [[CB07|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 146: Riadok 146:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách  ||   || 
+
| ''' PR:''' ||  Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách  ||  
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 152: Riadok 152:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' || Algoritmy pre HMM a phyloHMM  ||   ||  [[CI08|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' || Algoritmy pre HMM a phyloHMM  ||   [[CI08|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' || Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta  ||   ||  [[CB08|poznámky]]   
+
| ''' CB:''' || Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta  ||   [[CB08|poznámky]]   
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 162: Riadok 162:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Štruktúra a funkcia proteínov  ||   || 
+
| ''' PR:''' ||  Štruktúra a funkcia proteínov  ||  
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 168: Riadok 168:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' || Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním  ||   ||  [[CI09|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' || Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním  ||     [[CI09|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' || Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam, MEME, transkripčné faktory v SGD  ||  ||  [[CB09|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' || Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam, MEME, transkripčné faktory v SGD  ||  [[CB09|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 178: Riadok 178:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín  ||   || 
+
| ''' PR:''' ||  RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín  ||  
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 184: Riadok 184:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' ||  Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, úvod do bezkontextových gramatík  ||  [[CI10|poznámky]]  || 
+
| ''' CI:''' ||  Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, úvod do bezkontextových gramatík  ||  [[CI10|poznámky]]   
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' ||  RNA štruktúra, skórovacie matice  ||  [[CB10|poznámky]]  || 
+
| ''' CB:''' ||  RNA štruktúra, skórovacie matice  ||  [[CB10|poznámky]]   
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 194: Riadok 194:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Populačná genetika  ||   || 
+
| ''' PR:''' ||  Populačná genetika  ||  
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 200: Riadok 200:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' ||  Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA  ||  [[CI11|poznámky]]  || 
+
| ''' CI:''' ||  Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA  ||  [[CI11|poznámky]]   
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' ||  Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, programy na určovanie RNA štruktúry  ||  [[CB11|poznámky]] ||   
+
| ''' CB:''' ||  Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, programy na určovanie RNA štruktúry  ||  [[CB11|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 210: Riadok 210:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Nepovinné prezentácie  ||  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Nepovinné prezentácie  ||   
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
 
|}
 
|}

Verzia zo dňa a času 12:35, 21. september 2016

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 1.10.2015: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov

Prezentácie

Týždeň 21.-27.9.
PR: Nebude, krátke informačné stretnutie nasledované cvičením pre biológov
CI: Nebude
CB: Úvod do informatiky (začínajú 15:40)
Týždeň 28.9.-4.10
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov
BV kap. 1
CI: Úvod do biológie poznámky
ZB kap. 1
CB: Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser poznámky
Týždeň 5.-11.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika poznámky
CB: nebude
Týždeň 12.-18.10.
PR: nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií poznámky
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti (začínajú 15:40) poznámky
Týždeň 19.-25.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
CI: Úvod do pravdepodobnosti poznámky
CB: Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií poznámky
Týždeň 26.10.-1.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
CI: BLAST, jadrá s medzerami poznámky
CB: Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov poznámky
Týždeň 2.-8.11.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
CI: Felsensteinov algoritmus, substitučné modely poznámky
CB: Substitučné modely, skryté Markovove modely poznámky
Týždeň 9.-15.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
CI: Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM poznámky
CB: E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika poznámky
Týždeň 16.-22.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
CI: Algoritmy pre HMM a phyloHMM poznámky
CB: Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta poznámky
Týždeň 23.-29.11.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
CI: Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním poznámky
CB: Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam, MEME, transkripčné faktory v SGD poznámky
Týždeň 30.11.-6.12.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
CI: Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, úvod do bezkontextových gramatík poznámky
CB: RNA štruktúra, skórovacie matice poznámky
Týždeň 7.-13.12.
PR: Populačná genetika
CI: Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA poznámky
CB: Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, programy na určovanie RNA štruktúry poznámky
Týždeň 14.-20.12.
PR: Nepovinné prezentácie