1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2022/23

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Groups for journal club have each their own channel in MS Teams.


MBI 2015/2016: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 17: Riadok 17:
 
{|
 
{|
 
|-
 
|-
{{T|21.-27.9.|}}
+
|- style="background:#f0f0f0"
{{R | PR| Nebude, krátke informačné stretnutie nasledované cvičením pre biológov | | }}
+
| colspan="4" | '''Týždeň 21.-27.9.'''
{{R | CI| Nebude |  | }}
+
|-
{{R | CB| Úvod do informatiky (začínajú 15:40)| {{pdf|cb-introcs}} | }}
+
|-
 +
| ''' PR:''' |Nebude, krátke informačné stretnutie nasledované cvičením pre biológov ||   || 
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' |Nebude ||    ||   
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' |Úvod do informatiky (začínajú 15:40) ||   || 
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 28.9.-4.10'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov  ||    || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 1''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' ||  Úvod do biológie  ||    ||  [[CI01|poznámky]]
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' ZB kap. 1''
 
|-
 
|-
{{T|28.9.-4.10|}}
 
{{R | PR| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | {{pdf|p-intro}}, {{pdf|p-seq}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 1}}
 
{{R | CI| Úvod do biológie  | {{pdf|ci-introbio}} | [[CI01|poznámky]] }}
 
{{Lit | ZB kap. 1}}
 
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' ||  Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser  || [[Media:cb-dp.pdf|pdf]]  ||  [[CB02|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' ||  Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser  ||   ||  [[CB02|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 35: Riadok 53:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie  || [[Media:p-aln1.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie  ||     ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 41: Riadok 59:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' || Úvod do dynamického programovania, proteomika  || [[Media:cb-dp.pdf|pdf]], [[Media:ci-msms.pdf|pdf]]  ||  [[CI02|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' || Úvod do dynamického programovania, proteomika  ||     ||  [[CI02|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 64: Riadok 82:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie  || [[Media:p-aln2.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 70: Riadok 88:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' || Úvod do pravdepodobnosti  || [[Media:ci-coverage.pdf|pdf]]  ||  [[CI04|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' || Úvod do pravdepodobnosti  ||   ||  [[CI04|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' || Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií  || [[Media:cb-dotplots.pdf|pdf]]  ||  [[CB04|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' || Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií  ||   ||  [[CB04|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 80: Riadok 98:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)  || [[Media:p-phylo.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 86: Riadok 104:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' || BLAST, jadrá s medzerami  || [[Media:ci-seeds.pdf|pdf]]  ||  [[CI05|poznámky]]   
+
| ''' CI:''' || BLAST, jadrá s medzerami  ||   ||  [[CI05|poznámky]]   
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' || Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov || [[Media:cb-phylo.pdf|pdf]]  ||  [[CB05|poznámky]]   
+
| ''' CB:''' || Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov ||   ||  [[CB05|poznámky]]   
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 96: Riadok 114:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Hľadanie génov, skryté Markovove modely  || [[Media:p-gene.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Hľadanie génov, skryté Markovove modely  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 112: Riadok 130:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM  || [[Media:p-compgen.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 118: Riadok 136:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' || Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM  || [[Media:ci-matice.pdf|pdf]]  ||  [[CI07|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' || Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM  ||   ||  [[CI07|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' || E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika || [[Media:cb-evalue.pdf|pdf]], [[Media:cb-gene.pdf|pdf]]  ||  [[CB07|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' || E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika ||     ||  [[CB07|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 128: Riadok 146:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách  || [[Media:p-expr.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 134: Riadok 152:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' || Algoritmy pre HMM a phyloHMM  || [[Media:ci-hmm.pdf|pdf]]  ||  [[CI08|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' || Algoritmy pre HMM a phyloHMM  ||   ||  [[CI08|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' || Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta  || [[Media:cb-kmeans.pdf|pdf]]  ||  [[CB08|poznámky]]   
+
| ''' CB:''' || Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta  ||   ||  [[CB08|poznámky]]   
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 144: Riadok 162:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Štruktúra a funkcia proteínov  || [[Media:p-prot.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Štruktúra a funkcia proteínov  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 150: Riadok 168:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' || Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním  || [[Media:cb-kmeans.pdf|pdf]]  ||  [[CI09|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' || Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním  ||   ||  [[CI09|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 160: Riadok 178:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín  || [[Media:p-rna.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 176: Riadok 194:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Populačná genetika  || [[Media:p-popgen.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Populačná genetika  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 182: Riadok 200:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' ||  Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA  ||  [[CI11|poznámky]]  || [[Media:ci-summary.pdf|pdf]]
+
| ''' CI:''' ||  Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA  ||  [[CI11|poznámky]]  ||  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' ||  Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, programy na určovanie RNA štruktúry  ||  [[CB11|poznámky]]  || [[Media:cb-summary.pdf|pdf]], [[Media:cb-graphs.pdf|pdf]]
+
| ''' CB:''' ||  Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, programy na určovanie RNA štruktúry  ||  [[CB11|poznámky]]  ||  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-

Verzia zo dňa a času 09:53, 21. september 2016

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 1.10.2015: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov

Prezentácie

Týždeň 21.-27.9.
PR: Nebude, krátke informačné stretnutie nasledované cvičením pre biológov
CI: Nebude
CB: Úvod do informatiky (začínajú 15:40)
Týždeň 28.9.-4.10
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov
BV kap. 1
CI: Úvod do biológie poznámky
ZB kap. 1
CB: Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser poznámky
Týždeň 5.-11.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika poznámky
CB: nebude
Týždeň 12.-18.10.
PR: nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií poznámky
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti (začínajú 15:40) poznámky
Týždeň 19.-25.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
CI: Úvod do pravdepodobnosti poznámky
CB: Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií poznámky
Týždeň 26.10.-1.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
CI: BLAST, jadrá s medzerami poznámky
CB: Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov poznámky
Týždeň 2.-8.11.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
CI: Felsensteinov algoritmus, substitučné modely poznámky
CB: Substitučné modely, skryté Markovove modely poznámky
Týždeň 9.-15.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
CI: Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM poznámky
CB: E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika poznámky
Týždeň 16.-22.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
CI: Algoritmy pre HMM a phyloHMM poznámky
CB: Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta poznámky
Týždeň 23.-29.11.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
CI: Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním poznámky
CB: Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam, MEME, transkripčné faktory v SGD poznámky
Týždeň 30.11.-6.12.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
CI: Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, úvod do bezkontextových gramatík poznámky
CB: RNA štruktúra, skórovacie matice poznámky
Týždeň 7.-13.12.
PR: Populačná genetika
CI: Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA poznámky
CB: Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, programy na určovanie RNA štruktúry poznámky
Týždeň 14.-20.12.
PR: Nepovinné prezentácie