1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2021/22

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Cvičenia vo štvrtok o 14:00 sú určené pre študentov BIN, INF, mINF, mAIN, DAV. Cvičenia vo štvrtok o 17:20 sú pre študentov z PriFUK a z fyzikálnych odborov. Obidvoje cvičenia sa budú konať už v prvom týždni semestra.


MBI 2015/2016

Z MBI
Revízia z 22:54, 18. september 2016; Brona (Diskusia | príspevky)

(rozdiel) ← Staršia verzia | Aktuálna úprava (rozdiel) | Novšia verzia → (rozdiel)
Prejsť na: navigácia, hľadanie

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 1.10.2015: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov

Prezentácie

21.-27.9.
PR: Nebude, krátke informačné stretnutie nasledované cvičením pre biológov
CI: Nebude
CB: Úvod do informatiky (začínajú 15:40) pdf
28.9.-4.10
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov pdf, pdf
BV kap. 1
CI: Úvod do biológie pdf poznámky
ZB kap. 1
CB: Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser pdf poznámky
5.-11.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika pdf, pdf poznámky
CB: nebude
12.-18.10.
PR: nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií poznámky
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti (začínajú 15:40) poznámky
19.-25.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
CI: Úvod do pravdepodobnosti pdf poznámky
CB: Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií pdf poznámky
26.10.-1.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) pdf
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
CI: BLAST, jadrá s medzerami pdf poznámky
CB: Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov pdf poznámky
2.-8.11.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely pdf
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
CI: Felsensteinov algoritmus, substitučné modely poznámky
CB: Substitučné modely, skryté Markovove modely poznámky
9.-15.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM pdf
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
CI: Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM pdf poznámky
CB: E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika pdf, pdf poznámky
16.-22.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách pdf
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
CI: Algoritmy pre HMM a phyloHMM pdf poznámky
CB: Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta pdf poznámky
23.-29.11.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov pdf
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
CI: Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním pdf poznámky
CB: Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam, MEME, transkripčné faktory v SGD poznámky
30.11.-6.12.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín pdf
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
CI: Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, úvod do bezkontextových gramatík poznámky
CB: RNA štruktúra, skórovacie matice poznámky
7.-13.12.
PR: Populačná genetika pdf
CI: Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA poznámky pdf
CB: Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, programy na určovanie RNA štruktúry poznámky pdf, pdf
14.-20.12.
PR: Nepovinné prezentácie