1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2021/22

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Cvičenia vo štvrtok o 14:00 sú určené pre študentov BIN, INF, mINF, mAIN, DAV. Cvičenia vo štvrtok o 17:20 sú pre študentov z PriFUK a z fyzikálnych odborov. Obidvoje cvičenia sa budú konať už v prvom týždni semestra.


MBI 2016/2017: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 4: Riadok 4:
  
 
* '''BV''': Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)  
 
* '''BV''': Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)  
** Verzia z 1.10.2015: [[Media:skripta-2015-10-01.pdf|pdf]]
+
** Verzia z 1.10.2015:  
 
* '''DEKM''': Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
 
* '''DEKM''': Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
 
* '''ZB''': Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
 
* '''ZB''': Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
Riadok 23: Riadok 23:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov  || [[Media:p-intro.pdf|pdf]], [[Media:p-seq.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov  ||     ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 29: Riadok 29:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' ||  Úvod do biológie  ||   [[Media:ci-introbio.pdf|pdf]]  ||  [[CI01|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' ||  Úvod do biológie  ||     ||  [[CI01|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 35: Riadok 35:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' ||  Úvod do informatiky, UCSC genome browser  || [[Media:cb-introcs.pdf|pdf]]  ||  [[CB01|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' ||  Úvod do informatiky, UCSC genome browser  ||   ||  [[CB01|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 45: Riadok 45:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' ||  Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní  || [[Media:ci-coverage.pdf|pdf]]  ||  [[CI02|poznámky]]   
+
| ''' CI:''' ||  Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní  ||   ||  [[CI02|poznámky]]   
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' ||  Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti  || [[Media:cb-dp.pdf|pdf]]  ||  [[CB02|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' ||  Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti  ||   ||  [[CB02|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 55: Riadok 55:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie  ||   [[Media:p-aln1.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie  ||     ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 61: Riadok 61:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' || Úvod do dynamického programovania, proteomika  || [[Media:ci-msms.pdf|pdf]]  ||  [[CI03|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' || Úvod do dynamického programovania, proteomika  ||   ||  [[CI03|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' || Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty  ||   [[Media:cb-dotplots.pdf|pdf]] ||  [[CB03|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' || Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty  ||   ||  [[CB03|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 71: Riadok 71:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie  || [[Media:p-aln2.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 87: Riadok 87:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Hľadanie génov, skryté Markovove modely  || [[Media:p-gene.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Hľadanie génov, skryté Markovove modely  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 93: Riadok 93:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' || BLAST, jadrá s medzerami  || [[Media:ci-seeds.pdf|pdf]]  ||  [[CI05|poznámky]]   
+
| ''' CI:''' || BLAST, jadrá s medzerami  ||   ||  [[CI05|poznámky]]   
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' || Skryté Markovove modely, E-value, hľadanie génov  || [[Media:cb-evalue.pdf|pdf]], [[Media:cb-gene.pdf|pdf]]  ||  [[CB05|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' || Skryté Markovove modely, E-value, hľadanie génov  ||     ||  [[CB05|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 103: Riadok 103:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)  || [[Media:p-phylo.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 109: Riadok 109:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' || Algoritmy pre HMM  || [[Media:ci-hmm.pdf|pdf]]  ||  [[CI06|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' || Algoritmy pre HMM  ||   ||  [[CI06|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' || Substitučné modely, bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov || [[Media:cb-phylo.pdf|pdf]]  ||  [[CB06|poznámky]]   
+
| ''' CB:''' || Substitučné modely, bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov ||   ||  [[CB06|poznámky]]   
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 119: Riadok 119:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM  || [[Media:p-compgen.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 125: Riadok 125:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' || Substitučné modely  || [[Media:ci-matice.pdf|pdf]]  ||  [[CI07|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' || Substitučné modely  ||   ||  [[CI07|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' || Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, Fitchov aloritmus || [[Media:cb-compgen.pdf|pdf]]  ||  [[CB07|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' || Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, Fitchov aloritmus ||   ||  [[CB07|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 135: Riadok 135:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách  || [[Media:p-expr.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 141: Riadok 141:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' || Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM  || [[Media:ci-hmm.pdf|pdf]]  ||  [[CI08|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' || Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM  ||   ||  [[CI08|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' || Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction || [[Media:cb-kmeans.pdf|pdf]]  ||  [[CB08|poznámky]]   
+
| ''' CB:''' || Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction ||   ||  [[CB08|poznámky]]   
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 155: Riadok 155:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Štruktúra a funkcia proteínov  || [[Media:p-prot.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Štruktúra a funkcia proteínov  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 171: Riadok 171:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín  || [[Media:p-rna.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 177: Riadok 177:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' ||  Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, zhlukovanie algoritmom k-means, úvod do bezkontextových gramatík  ||   [[Media:cb-kmeans.pdf|pdf]] ||  [[CI10|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' ||  Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, zhlukovanie algoritmom k-means, úvod do bezkontextových gramatík  ||   ||  [[CI10|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 187: Riadok 187:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Populačná genetika  || [[Media:p-popgen.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Populačná genetika  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
|- style="color:#606060;"
 
|- style="color:#606060;"
Riadok 196: Riadok 196:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' ||  Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika  || [[Media:cb-summary.pdf|pdf]], [[Media:cb-graphs.pdf|pdf]]  ||  [[CB11|poznámky]]   
+
| ''' CB:''' ||  Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika  ||     ||  [[CB11|poznámky]]   
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 203: Riadok 203:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' ||  Zhrnutie semestra, štruktúra populácie  || [[Media:ci-summary.pdf|pdf]]  ||  [[CI12|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' ||  Zhrnutie semestra, štruktúra populácie  ||   ||  [[CI12|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-

Verzia zo dňa a času 22:15, 26. september 2017

Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 1.10.2015:
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov

Prezentácie

Týždeň 19.-25.9.
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov
BV kap. 1
CI: Úvod do biológie poznámky
ZB kap. 1
CB: Úvod do informatiky, UCSC genome browser poznámky
Týždeň 26.9.-2.10
PR: nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 v F1-328
CI: Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní poznámky
CB: Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti poznámky
Týždeň 3.-9.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika poznámky
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty poznámky
Týždeň 10.-16.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií poznámky
CB: Programy na zarovnávanie sekvencií, dotploty, skórovacie schémy poznámky
Týždeň 17.-23.10.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
CI: BLAST, jadrá s medzerami poznámky
CB: Skryté Markovove modely, E-value, hľadanie génov poznámky
Týždeň 24.10.-30.10.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
CI: Algoritmy pre HMM poznámky
CB: Substitučné modely, bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov poznámky
Týždeň 31.10-6.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
CI: Substitučné modely poznámky
CB: Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, Fitchov aloritmus poznámky
Týždeň 7.-13.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
CI: Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM poznámky
CB: Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction poznámky
Týždeň 14.-20.11. sviatok
Týždeň 21.-27.11.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
CI: Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním poznámky
CB: Úvod do bezkontextových gramatík, microarray dáta, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam poznámky
Týždeň 28.11.-4.12.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
CI: Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, zhlukovanie algoritmom k-means, úvod do bezkontextových gramatík poznámky
CB: RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD poznámky
Týždeň 5.-11.12.
PR: Populačná genetika
CI: RNA štruktúra, ukážky biologických databáz poznámky
CB: Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika poznámky
Týždeň 12.-18.12.
CI: Zhrnutie semestra, štruktúra populácie poznámky
PR: Nepovinné prezentácie