1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2021/22

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Cvičenia vo štvrtok o 14:00 sú určené pre študentov BIN, INF, mINF, mAIN, DAV. Cvičenia vo štvrtok o 17:20 sú pre študentov z PriFUK a z fyzikálnych odborov. Obidvoje cvičenia sa budú konať už v prvom týždni semestra.


MBI 2017/2018

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie

Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 1.10.2015: {{subst:Template:subst:Template:pdf|skripta-2015-10-01}}
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov

Prezentácie

{{subst:Template:subst:Template:T|25.9.-1.10.|}} {{subst:Template:subst:Template:R | PR| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-intro}}, {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-seq}} | }} {{subst:Template:subst:Template:Lit | BV kap. 1}} {{subst:Template:subst:Template:R | CI| Úvod do biológie | {{subst:Template:subst:Template:pdf|ci-introbio}} | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:Lit | ZB kap. 1}} {{subst:Template:subst:Template:R | CB| Úvod do informatiky, UCSC genome browser | {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-introcs}} | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:T|2.-8.10.|}} {{subst:Template:subst:Template:R | PR| nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 v F1-328| | }} {{subst:Template:subst:Template:R | CI| Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní | {{subst:Template:subst:Template:pdf|ci-coverage}} | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:R | CB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti | {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-dp}} | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:T|9.-15.10.|}} {{subst:Template:subst:Template:R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-aln1}} | }} {{subst:Template:subst:Template:Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}} {{subst:Template:subst:Template:R | CI|Úvod do dynamického programovania, proteomika | {{subst:Template:subst:Template:pdf|ci-msms}} | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty | {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-dotplots}} | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:T|16.-22.10.|}} {{subst:Template:subst:Template:R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-aln2}} | }} {{subst:Template:subst:Template:Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}} {{subst:Template:subst:Template:R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:R | CB|Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy| | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:T|23.-29.10.|}} {{subst:Template:subst:Template:R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-gene}} | }} {{subst:Template:subst:Template:Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}} {{subst:Template:subst:Template:R | CI|BLAST, rýchle hľadanie podobnosti | | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:R | CB|Skryté Markovove modely, E-value | {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-evalue}} | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:T|30.10.-5.11.|}} {{subst:Template:subst:Template:R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-phylo}} | }} {{subst:Template:subst:Template:Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}} {{subst:Template:subst:Template:R | CI|Algoritmy pre HMM | {{subst:Template:subst:Template:pdf|ci-hmm}} | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:R | CB|Substitučné modely, bootstrap| {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-phylo}} | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:T|6.-12.11.|}} {{subst:Template:subst:Template:R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-compgen}} | }} {{subst:Template:subst:Template:Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}} {{subst:Template:subst:Template:R | CI|Substitučné modely | {{subst:Template:subst:Template:pdf|ci-matice}} | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:R | CB|Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy, Fitchov aloritmus| {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-compgen}}, {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-gene}} | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:T|13.-19.11.|}} {{subst:Template:subst:Template:R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-expr}} | }} {{subst:Template:subst:Template:Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}} {{subst:Template:subst:Template:R | CI|Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM | {{subst:Template:subst:Template:pdf|ci-hmm}} | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:R | CB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-kmeans}} | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:T|20.-26.11.|}} {{subst:Template:subst:Template:R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-prot}} | }} {{subst:Template:subst:Template:Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}} {{subst:Template:subst:Template:R | CI|Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním | | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík, microarray dáta, Uniprot, Pfam | | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:T|27.11.-3.12.|}} {{subst:Template:subst:Template:R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-rna}} | }} {{subst:Template:subst:Template:Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}} {{subst:Template:subst:Template:R | CI| Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík | | poznámky | }} {{subst:Template:subst:Template:R | CB| Nussinovovej algoritmus | | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:T|4.-10.12.|}} {{subst:Template:subst:Template:R | PR| Populačná genetika | {{subst:Template:subst:Template:pdf|p-popgen}} | }} {{subst:Template:subst:Template:Lit | }} {{subst:Template:subst:Template:R | CI| Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, RNA štruktúra | | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:R | CB| Microarray dáta, PSI-BLAST, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD | | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:T|11.-17.12.|}} {{subst:Template:subst:Template:R | CI| Zhrnutie semestra, štruktúra populácie | {{subst:Template:subst:Template:pdf|ci-summary}} | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:R | PR| Nepovinné prezentácie | | }} {{subst:Template:subst:Template:R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika | {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-summary}}, {{subst:Template:subst:Template:pdf|cb-graphs}} | poznámky }} {{subst:Template:subst:Template:T|18.-24.12.|Rezerva}}