1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2022/23

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Groups for journal club have each their own channel in MS Teams.


MBI 2019/2020: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
(Vytvorená stránka „'''Literatúra:''' * '''BV''': Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky) ** Verzia z 1.10.2015: {{pdf|skripta...“)
 
Riadok 2: Riadok 2:
  
 
* '''BV''': Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)  
 
* '''BV''': Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)  
** Verzia z 1.10.2015: {{pdf|skripta-2015-10-01}}
+
** Verzia z 1.10.2015:  
 
* '''DEKM''': Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.<br>K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-D-21  
 
* '''DEKM''': Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.<br>K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-D-21  
 
* '''ZB''': Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.<br>K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-Z-2
 
* '''ZB''': Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.<br>K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-Z-2
Riadok 24: Riadok 24:
 
{|
 
{|
 
|-
 
|-
{{T|23.-29.9.|}}
+
|- style="background:#f0f0f0"
{{R | PR| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | {{pdf|p-intro}}, {{pdf|p-seq}} | }}
+
| colspan="4" | '''Týždeň 23.-29.9.'''
{{Lit | BV kap. 1}}
+
{{R | CI| Úvod do biológie  | {{pdf|ci-introbio}} | [[CI01|poznámky]] }}
+
{{Lit | ZB kap. 1}}
+
{{R | CB| Úvod do informatiky, UCSC genome browser | {{pdf|cb-introcs}} |  [[CB01|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
{{T|30.9.-6.10.|}}
 
{{R | PR| Zostavovanie genómov 2 | {{pdf|p-seq2}} | }}
 
{{R | CI| Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní | {{pdf|ci-coverage}} | [[CI02|poznámky]] }}
 
{{R | CB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti | {{pdf|cb-dp}}|  [[CB02|poznámky]] }}
 
 
|-
 
|-
{{T|7.-13.10.|}}
+
| ''' PR:''' || Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov  ||     ||   
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | {{pdf|p-aln1}} | }}
+
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
+
{{R | CI|Úvod do dynamického programovania, proteomika | {{pdf|ci-msms}} | [[CI03|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty | {{pdf|cb-dotplots}} | [[CB03|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
{{T|14.-20.10.|}}
+
|- style="color:#606060;"
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p-aln2}}| }}
+
| || colspan="3" | '' BV kap. 1''
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
+
{{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | |  [[CI04|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy| | [[CB04|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
{{T|21.-27.10.|}}
 
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p-gene}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
 
{{R | CI|Rýchle hľadanie podobnosti, BLAST, MinHash |  | [[CI05|poznámky]]  }}
 
{{R | CB|Skryté Markovove modely, E-hodnota | {{pdf|cb-evalue}} | [[CB05|poznámky]] }}
 
 
|-
 
|-
{{T|28.10.-2.11.|sviatky}}
+
| ''' CI:''' ||  Úvod do biológie  ||    ||  [[CI01|poznámky]]
 
|-
 
|-
{{T|3.-10.11.|}}
+
|- style="color:#606060;"
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p-phylo}} | }}
+
| || colspan="3" | '' ZB kap. 1''
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
+
{{R | CI|Algoritmy pre HMM | {{pdf|ci-hmm}}  | [[CI06|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu | {{pdf|cb-phylo}} | [[CB06|poznámky]]  }}
+
 
|-
 
|-
{{T|11.-17.11.|}}
 
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM |  {{pdf|p-compgen}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
 
{{R | CI|Substitučné modely |  {{pdf|ci-matice}} | [[CI07|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy | {{pdf|cb-compgen}}, {{pdf|cb-gene}} | [[CB07|poznámky]] }}
 
 
|-
 
|-
{{T|18.-24.11.|}}
+
| ''' CB:''' || Úvod do informatiky, UCSC genome browser  ||   ||   [[CB01|poznámky]]  
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p-expr}} | }}
+
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
+
{{R | CI|Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM, vzorové riešenia DÚ1 | {{pdf|ci-hmm}} | [[CI08|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| {{pdf|cb-kmeans}} | [[CB08|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
{{T|25.11.-1.12.|}}
 
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | {{pdf|p-prot}} | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
 
{{R | CI|Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním |  |  [[CI09|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot | | [[CB09|poznámky]] }}
 
 
|-
 
|-
{{T|2.-8.12.|}}
+
|- style="background:#f0f0f0"
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | {{pdf|p-rna}} | }}
+
| colspan="4" | '''Týždeň 30.9.-6.10.'''
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
+
{{R | CI| Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík |  | [[CI10|poznámky]] |  }}
+
{{R | CB| Nussinovovej algoritmus | | [[CB10|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
{{T|9.-15.12.|}}
 
{{R | PR| Populačná genetika | {{pdf|p-popgen}} | }}
 
{{Lit | }}
 
{{R | CI| RNA štruktúra  |  | [[CI11|poznámky]] }}
 
{{R | CB| Microarray dáta, PSI-BLAST, Pfam, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika | | [[CB11|poznámky]]  }}
 
 
|-
 
|-
{{T|16.-22.12.|}}
+
| ''' PR:''' ||  Zostavovanie genómov 2  ||    || 
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
+
|-
{{R | CI| Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania | {{pdf|ci-summary}} | [[CI12|poznámky]] }}
+
|-
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, ukážka práce na príkazovom riadku | {{pdf|cb-summary}}, {{pdf|cb-graphs}} | [[CB12|poznámky]] }}
+
| ''' CI:''' ||  Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní  ||    ||  [[CI02|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' ||  Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti  ||  ||  [[CB02|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 7.-13.10.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie  ||    || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Úvod do dynamického programovania, proteomika  ||    ||  [[CI03|poznámky]] 
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty  ||    ||  [[CB03|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 14.-20.10.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie  ||  || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií  ||  ||  [[CI04|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy ||  ||  [[CB04|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 21.-27.10.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Hľadanie génov, skryté Markovove modely  ||    || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Rýchle hľadanie podobnosti, BLAST, MinHash  ||    ||  [[CI05|poznámky]] 
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Skryté Markovove modely, E-hodnota  ||    ||  [[CB05|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 28.10.-2.11.''' sviatky
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 3.-10.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)  ||    || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Algoritmy pre HMM  ||    ||  [[CI06|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu  ||    ||  [[CB06|poznámky]] 
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 11.-17.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM  ||    || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Substitučné modely  ||    ||  [[CI07|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy  ||    ||  [[CB07|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 18.-24.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách  ||    || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM, vzorové riešenia DÚ1  ||    ||  [[CI08|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction ||    ||  [[CB08|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 25.11.-1.12.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Štruktúra a funkcia proteínov  ||    || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním  ||    ||  [[CI09|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot  ||  ||  [[CB09|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 2.-8.12.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín  ||    || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' ||  Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík  ||    ||  [[CI10|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' ||  Nussinovovej algoritmus  ||  ||  [[CB10|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 9.-15.12.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Populačná genetika  ||    || 
 +
|-
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' ''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' ||  RNA štruktúra  ||    ||  [[CI11|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' ||  Microarray dáta, PSI-BLAST, Pfam, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika  ||  ||  [[CB11|poznámky]] 
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 16.-22.12.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' |Nepovinné prezentácie ||  ||
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania ||   || [[CI12|poznámky]]  
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' |Zhrnutie semestra, grafy, ukážka práce na príkazovom riadku ||     || [[CB12|poznámky]]  
 +
|-
 
|-
 
|-
 
|}
 
|}

Verzia zo dňa a času 13:48, 16. september 2020

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 1.10.2015:
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
    K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-D-21
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
    K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-Z-2

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

Videozáznamy prednášok zo školského roku 2018/19

Prezentácie


Poznámky a prezentácie

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov

Týždeň 23.-29.9.
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov
BV kap. 1
CI: Úvod do biológie poznámky
ZB kap. 1
CB: Úvod do informatiky, UCSC genome browser poznámky
Týždeň 30.9.-6.10.
PR: Zostavovanie genómov 2
CI: Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní poznámky
CB: Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti poznámky
Týždeň 7.-13.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika poznámky
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty poznámky
Týždeň 14.-20.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií poznámky
CB: Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy poznámky
Týždeň 21.-27.10.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
CI: Rýchle hľadanie podobnosti, BLAST, MinHash poznámky
CB: Skryté Markovove modely, E-hodnota poznámky
Týždeň 28.10.-2.11. sviatky
Týždeň 3.-10.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
CI: Algoritmy pre HMM poznámky
CB: Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu poznámky
Týždeň 11.-17.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
CI: Substitučné modely poznámky
CB: Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy poznámky
Týždeň 18.-24.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
CI: Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM, vzorové riešenia DÚ1 poznámky
CB: Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction poznámky
Týždeň 25.11.-1.12.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
CI: Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním poznámky
CB: Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot poznámky
Týždeň 2.-8.12.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
CI: Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík poznámky
CB: Nussinovovej algoritmus poznámky
Týždeň 9.-15.12.
PR: Populačná genetika
CI: RNA štruktúra poznámky
CB: Microarray dáta, PSI-BLAST, Pfam, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika poznámky
Týždeň 16.-22.12.
PR: Nepovinné prezentácie
CI: Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania poznámky
CB: Zhrnutie semestra, grafy, ukážka práce na príkazovom riadku poznámky