1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2021/22

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Cvičenia vo štvrtok o 14:00 sú určené pre študentov BIN, INF, mINF, mAIN, DAV. Cvičenia vo štvrtok o 17:20 sú pre študentov z PriFUK a z fyzikálnych odborov. Obidvoje cvičenia sa budú konať už v prvom týždni semestra.


MBI 2020/2021: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
(Vytvorená stránka „'''Literatúra:''' * '''BV''': Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky) ** Verzia z 1.10.2015: * '''DEKM'''...“)
 
Riadok 23: Riadok 23:
 
<!--
 
<!--
 
Pouzitie sablon:
 
Pouzitie sablon:
tyzden: {{T|datumy od-do|nepovinny dalsi text}}
+
tyzden: {{subst:Template:T|datumy od-do|nepovinny dalsi text}}
riadok (hodina): {{R| aka hodina, t.j. PR alebo CI alebo CB| popis | {{pdf|meno pdf suboru}} | [[wiki poznamky|poznamky]] }}
+
riadok (hodina): {{subst:Template:R| aka hodina, t.j. PR alebo CI alebo CB| popis | {{subst:Template:pdf|meno pdf suboru}} | [[wiki poznamky|poznamky]] }}
literatura: {{Lit | cisla kapitol}}
+
literatura: {{subst:Template:Lit | cisla kapitol}}
  
 
pozor cvicenia pre biologov v 2020 netradicne rozdelene, lebo chaos prve dva tyzdne!!
 
pozor cvicenia pre biologov v 2020 netradicne rozdelene, lebo chaos prve dva tyzdne!!
Riadok 32: Riadok 32:
 
{|
 
{|
 
|-
 
|-
{{T|21.-27.9.|}}
+
|- style="background:#f0f0f0"
{{R | PR| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | {{pdf|p-intro}}, {{pdf|p-seq}} | }}
+
| colspan="4" | '''Týždeň 21.-27.9.'''
{{Lit2 | BV kap. 1}}, [https://www.youtube.com/watch?v=3HI-wKmTuSs video 1] [https://www.youtube.com/watch?v=iHt5WPVFd7E video 2]
+
{{R | CI| Úvod do biológie  | {{pdf|ci-introbio}} | [[CI01|poznámky]] }}
+
{{Lit2 | ZB kap. 1}}, [https://www.youtube.com/watch?v=EtPqUOHTJD4 video]
+
{{R | CB| Úvod do informatiky, UCSC genome browser | {{pdf|cb-introcs}} |  [[CB01|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
{{T|28.9.-4.10.|}}
 
{{R | PR| Zostavovanie genómov 2 | {{pdf|p-seq2}} | }}
 
{{Lit2 | }} [https://www.youtube.com/watch?v=YvZlTL1qyUg video]
 
{{R | CI| Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní | <!-- {{pdf|ci-coverage}}  --> | [[CI02|poznámky]] }}
 
{{R | CB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti | {{pdf|cb-dp}} | [[CB02|poznámky]] }}
 
 
|-
 
|-
{{T|5.-11.10.|}}
+
| ''' PR:''' || Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov  |[[Media:p-intro.pdf|pdf]], [[Media:p-seq.pdf|pdf]] ||   
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie {{pdf|p-aln1}} | }}
+
{{Lit2 | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}, [https://www.youtube.com/watch?v=0GkhkRiqbl4 video]
+
{{R | CI|Úvod do dynamického programovania, proteomika | <!-- {{pdf|ci-msms}} --> |  [[CI03|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty | {{pdf|cb-dotplots}} [[CB03|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
{{T|12.-18.10.|}}
+
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p-aln2}} | }}
+
|- style="color:#606060;"
{{Lit2 | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}, [https://www.youtube.com/watch?v=jkQGXiqKbxM video]
+
| || colspan="3" | '' BV kap. 1'', [https://www.youtube.com/watch?v=3HI-wKmTuSs video 1] [https://www.youtube.com/watch?v=iHt5WPVFd7E video 2]
{{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | |  [[CI04|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy| | [[CB04|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
{{T|19.-25.10.|}}
+
| ''' CI:''' || Úvod do biológie  || [[Media:ci-introbio.pdf|pdf]] || [[CI01|poznámky]]  
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p-gene}} | }}
+
{{Lit2 | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}, [https://www.youtube.com/watch?v=jkQGXiqKbxM video]
+
{{R | CI|Rýchle hľadanie podobnosti, BLAST, MinHash |  | [[CI05|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Skryté Markovove modely, programy na zarovnávanie sekvencií |  | [[CB05|poznámky]] }}
+
<!-- {{pdf|ci-seeds}} -->
+
 
|-
 
|-
{{T|27.10.-1.11.|}}
+
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p-phylo}} | }}
+
|- style="color:#606060;"
{{Lit2 | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}, [https://youtu.be/RzfNHvZH4l8 video]
+
| || colspan="3" | '' ZB kap. 1'', [https://www.youtube.com/watch?v=EtPqUOHTJD4 video]
{{R | CI|Algoritmy pre HMM | <!-- {{pdf|ci-hmm}} -->  | [[CI06|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu, fylogenetické stromy <!-- Fitchov algoritmus --> | <!-- {{pdf|cb-phylo}} --> {{pdf|cb-phylo-en}} | [[CB06|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
{{T|2.-8.11.|}}
+
| ''' CB:''' ||  Úvod do informatiky, UCSC genome browser ||  [[Media:cb-introcs.pdf|pdf]]  ||   [[CB01|poznámky]]  
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM {{pdf|p-compgen}}  | }}
+
{{Lit2 | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}, [https://youtu.be/1WM4QI2qx8A video]
+
{{R | CI|Substitučné modely | <!-- {{pdf|ci-matice}} --> |  [[CI07|poznámky]] }}
+
{{R | CB|E-hodnota, fylogenetické stromy | {{pdf|cb-evalue}} <!-- {{pdf|cb-compgen}}, {{pdf|cb-gene}}--> | [[CB07|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
{{T|9.-15.11.|}}
 
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p-expr}} | }}
 
{{Lit2 | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}, [https://youtu.be/GFJ_oDV1KGU video]
 
{{R | CI|Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM, vzorové riešenia DÚ1 | <!-- {{pdf|ci-hmm}} --> | [[CI08|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| {{pdf|cb-kmeans}} {{pdf|cb-enrichment-en}} | [[CB08|poznámky]] }}
 
 
|-
 
|-
{{T|16.-22.11.|}}
+
|- style="background:#f0f0f0"
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov |  {{pdf|p-prot}} | }}
+
| colspan="4" | '''Týždeň 28.9.-4.10.'''
{{Lit2 | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}, [https://youtu.be/ugMM81jZRpc video]
+
{{R | CI|Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním |  |  [[CI09|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot | | [[CB09|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
{{T|23.-29.11.|}}
 
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | {{pdf|p-rna}} | }}
 
{{Lit2 | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}, [https://youtu.be/_Hh03Khsr9k video]
 
{{R | CI| Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík |  | [[CI10|poznámky]] |  }}
 
{{R | CB| Nussinovovej algoritmus | | [[CB10|poznámky]] }}
 
 
|-
 
|-
{{T|30.11.-6.12.|}}
+
| ''' PR:''' ||  Zostavovanie genómov 2  ||  [[Media:p-seq2.pdf|pdf]] ||   
{{R | PR| Populačná genetika | {{pdf|p-popgen}} | }}
+
{{Lit2 | }} [https://youtu.be/7vPt1vQX21M video]
+
{{R | CI| RNA štruktúra |  | [[CI11|poznámky]] }}
+
{{R | CB| Microarray dáta, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika | | [[CB11|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
{{T|7.-13.12.|}}
+
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
{{R | PR| Prednáška nebude | | }}
+
|- style="color:#606060;"
{{R | CI| Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania | {{pdf|ci-summary}}, {{pdf|ci-ilp}} | [[CI12|poznámky]] }}
+
| || colspan="3" | '' '' [https://www.youtube.com/watch?v=YvZlTL1qyUg video]
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, PSI-BLAST, Pfam, gény, komparatívna genomika, ukážka práce na príkazovom riadku | {{pdf|cb-summary}}, {{pdf|cb-graphs}} | [[CB12|poznámky]] }}
+
|-
 +
| ''' CI:''' ||  Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní  ||    ||  [[CI02|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' ||  Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti  ||  [[Media:cb-dp.pdf|pdf]]  ||  [[CB02|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 5.-11.10.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie  ||  [[Media:p-aln1.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2'', [https://www.youtube.com/watch?v=0GkhkRiqbl4 video]
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Úvod do dynamického programovania, proteomika  ||    ||  [[CI03|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty  ||  [[Media:cb-dotplots.pdf|pdf]]  ||  [[CB03|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 12.-18.10.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie  ||  [[Media:p-aln2.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5'', [https://www.youtube.com/watch?v=jkQGXiqKbxM video]
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií  ||  ||  [[CI04|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy ||  ||  [[CB04|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 19.-25.10.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Hľadanie génov, skryté Markovove modely  ||  [[Media:p-gene.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7'', [https://www.youtube.com/watch?v=jkQGXiqKbxM video]
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Rýchle hľadanie podobnosti, BLAST, MinHash  ||    ||  [[CI05|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Skryté Markovove modely, programy na zarovnávanie sekvencií  ||    ||  [[CB05|poznámky]]
 +
|-
 +
<!-- {{subst:Template:pdf|ci-seeds}} -->
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 27.10.-1.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)  ||  [[Media:p-phylo.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2'', [https://youtu.be/RzfNHvZH4l8 video]
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Algoritmy pre HMM  ||    ||  [[CI06|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu, fylogenetické stromy  ||  [[Media:cb-phylo-en.pdf|pdf]]  ||  [[CB06|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 2.-8.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM  ||  [[Media:p-compgen.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8'', [https://youtu.be/1WM4QI2qx8A video]
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Substitučné modely  ||    ||  [[CI07|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || E-hodnota, fylogenetické stromy  ||  [[Media:cb-evalue.pdf|pdf]]  ||  [[CB07|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 9.-15.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách  ||  [[Media:p-expr.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1'', [https://youtu.be/GFJ_oDV1KGU video]
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM, vzorové riešenia DÚ1  ||    ||  [[CI08|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction ||  [[Media:cb-kmeans.pdf|pdf]] [[Media:cb-enrichment-en.pdf|pdf]]  ||  [[CB08|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 16.-22.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Štruktúra a funkcia proteínov  ||  [[Media:p-prot.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2'', [https://youtu.be/ugMM81jZRpc video]
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním  ||    ||  [[CI09|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot  ||  ||  [[CB09|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 23.-29.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín  ||  [[Media:p-rna.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9'', [https://youtu.be/_Hh03Khsr9k video]
 +
|-
 +
| ''' CI:''' ||  Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík  ||    ||  [[CI10|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' ||  Nussinovovej algoritmus  ||  ||  [[CB10|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 30.11.-6.12.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Populačná genetika  ||  [[Media:p-popgen.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' '' [https://youtu.be/7vPt1vQX21M  video]
 +
|-
 +
| ''' CI:''' ||  RNA štruktúra  ||    ||  [[CI11|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' ||  Microarray dáta, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika  ||  ||  [[CB11|poznámky]] 
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 7.-13.12.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Prednáška nebude ||   || 
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania || [[Media:ci-summary.pdf|pdf]], [[Media:ci-ilp.pdf|pdf]]  || [[CI12|poznámky]]  
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Zhrnutie semestra, grafy, PSI-BLAST, Pfam, gény, komparatívna genomika, ukážka práce na príkazovom riadku || [[Media:cb-summary.pdf|pdf]], [[Media:cb-graphs.pdf|pdf]]  ||  [[CB12|poznámky]]  
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 14.-20.12.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Nepovinné prezentácie  ||  || 
 
|-
 
|-
{{T|14.-20.12.|}}
 
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
 
 
|-
 
|-
 
|}
 
|}

Verzia zo dňa a času 10:31, 22. september 2021

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 1.10.2015:
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
    K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-D-21
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
    K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-Z-2

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

Videozáznamy prednášok zo školského roku 2018/19

Prezentácie


Poznámky a prezentácie

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov


Týždeň 21.-27.9.
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov pdf, pdf
BV kap. 1, video 1 video 2
CI: Úvod do biológie pdf poznámky
ZB kap. 1, video
CB: Úvod do informatiky, UCSC genome browser pdf poznámky
Týždeň 28.9.-4.10.
PR: Zostavovanie genómov 2 pdf
video
CI: Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní poznámky
CB: Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti pdf poznámky
Týždeň 5.-11.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2, video
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika poznámky
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty pdf poznámky
Týždeň 12.-18.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5, video
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií poznámky
CB: Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy poznámky
Týždeň 19.-25.10.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely pdf
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7, video
CI: Rýchle hľadanie podobnosti, BLAST, MinHash poznámky
CB: Skryté Markovove modely, programy na zarovnávanie sekvencií poznámky
Týždeň 27.10.-1.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) pdf
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2, video
CI: Algoritmy pre HMM poznámky
CB: Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu, fylogenetické stromy pdf poznámky
Týždeň 2.-8.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM pdf
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8, video
CI: Substitučné modely poznámky
CB: E-hodnota, fylogenetické stromy pdf poznámky
Týždeň 9.-15.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách pdf
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1, video
CI: Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM, vzorové riešenia DÚ1 poznámky
CB: Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction pdf pdf poznámky
Týždeň 16.-22.11.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov pdf
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2, video
CI: Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním poznámky
CB: Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot poznámky
Týždeň 23.-29.11.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín pdf
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9, video
CI: Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík poznámky
CB: Nussinovovej algoritmus poznámky
Týždeň 30.11.-6.12.
PR: Populačná genetika pdf
video
CI: RNA štruktúra poznámky
CB: Microarray dáta, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika poznámky
Týždeň 7.-13.12.
PR: Prednáška nebude
CI: Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania pdf, pdf poznámky
CB: Zhrnutie semestra, grafy, PSI-BLAST, Pfam, gény, komparatívna genomika, ukážka práce na príkazovom riadku pdf, pdf poznámky
Týždeň 14.-20.12.
PR: Nepovinné prezentácie