1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2023/24

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Exam rules, example questions and syllabus
Groups for journal club have each their own group in Moodle.


MBI 2020/2021: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
(Vytvorená stránka „'''Literatúra:''' * '''BV''': Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky) ** Verzia z 1.10.2015: * '''DEKM'''...“)
 
Riadok 23: Riadok 23:
 
<!--
 
<!--
 
Pouzitie sablon:
 
Pouzitie sablon:
−
tyzden: {{T|datumy od-do|nepovinny dalsi text}}
+
tyzden: {{subst:Template:T|datumy od-do|nepovinny dalsi text}}
−
riadok (hodina): {{R| aka hodina, t.j. PR alebo CI alebo CB| popis | {{pdf|meno pdf suboru}} | [[wiki poznamky|poznamky]] }}
+
riadok (hodina): {{subst:Template:R| aka hodina, t.j. PR alebo CI alebo CB| popis | {{subst:Template:pdf|meno pdf suboru}} | [[wiki poznamky|poznamky]] }}
−
literatura: {{Lit | cisla kapitol}}
+
literatura: {{subst:Template:Lit | cisla kapitol}}
  
 
pozor cvicenia pre biologov v 2020 netradicne rozdelene, lebo chaos prve dva tyzdne!!
 
pozor cvicenia pre biologov v 2020 netradicne rozdelene, lebo chaos prve dva tyzdne!!
Riadok 32: Riadok 32:
 
{|
 
{|
 
|-
 
|-
−
{{T|21.-27.9.|}}
+
|- style="background:#f0f0f0"
−
{{R | PR| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | {{pdf|p-intro}}, {{pdf|p-seq}} | }}
+
| colspan="4" | '''Týždeň 21.-27.9.'''
−
{{Lit2 | BV kap. 1}}, [https://www.youtube.com/watch?v=3HI-wKmTuSs video 1] [https://www.youtube.com/watch?v=iHt5WPVFd7E video 2]
+
−
{{R | CI| Úvod do biológie  | {{pdf|ci-introbio}} | [[CI01|poznámky]] }}
+
−
{{Lit2 | ZB kap. 1}}, [https://www.youtube.com/watch?v=EtPqUOHTJD4 video]
+
−
{{R | CB| Úvod do informatiky, UCSC genome browser | {{pdf|cb-introcs}} |  [[CB01|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
−
{{T|28.9.-4.10.|}}
 
−
{{R | PR| Zostavovanie genómov 2 | {{pdf|p-seq2}} | }}
 
−
{{Lit2 | }} [https://www.youtube.com/watch?v=YvZlTL1qyUg video]
 
−
{{R | CI| Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní | <!-- {{pdf|ci-coverage}}  --> | [[CI02|poznámky]] }}
 
−
{{R | CB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti | {{pdf|cb-dp}} | [[CB02|poznámky]] }}
 
 
|-
 
|-
−
{{T|5.-11.10.|}}
+
| ''' PR:''' || Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov  ||  [[Media:p-intro.pdf|pdf]], [[Media:p-seq.pdf|pdf]] ||   
−
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie |  {{pdf|p-aln1}} | }}
+
−
{{Lit2 | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}, [https://www.youtube.com/watch?v=0GkhkRiqbl4 video]
+
−
{{R | CI|Úvod do dynamického programovania, proteomika | <!-- {{pdf|ci-msms}} --> |  [[CI03|poznámky]] }}
+
−
{{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty | {{pdf|cb-dotplots}} |  [[CB03|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
−
{{T|12.-18.10.|}}
+
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
−
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p-aln2}} | }}
+
|- style="color:#606060;"
−
{{Lit2 | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}, [https://www.youtube.com/watch?v=jkQGXiqKbxM video]
+
| || colspan="3" | '' BV kap. 1'', [https://www.youtube.com/watch?v=3HI-wKmTuSs video 1] [https://www.youtube.com/watch?v=iHt5WPVFd7E video 2]
−
{{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | |  [[CI04|poznámky]] }}
+
−
{{R | CB|Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy| | [[CB04|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
−
{{T|19.-25.10.|}}
+
| ''' CI:''' || Úvod do biológie  || [[Media:ci-introbio.pdf|pdf]] || [[CI01|poznámky]]  
−
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p-gene}} | }}
+
−
{{Lit2 | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}, [https://www.youtube.com/watch?v=jkQGXiqKbxM video]
+
−
{{R | CI|Rýchle hľadanie podobnosti, BLAST, MinHash |  | [[CI05|poznámky]] }}
+
−
{{R | CB|Skryté Markovove modely, programy na zarovnávanie sekvencií |  | [[CB05|poznámky]] }}
+
−
<!-- {{pdf|ci-seeds}} -->
+
 
|-
 
|-
−
{{T|27.10.-1.11.|}}
+
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
−
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p-phylo}} | }}
+
|- style="color:#606060;"
−
{{Lit2 | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}, [https://youtu.be/RzfNHvZH4l8 video]
+
| || colspan="3" | '' ZB kap. 1'', [https://www.youtube.com/watch?v=EtPqUOHTJD4 video]
−
{{R | CI|Algoritmy pre HMM | <!-- {{pdf|ci-hmm}} -->  | [[CI06|poznámky]] }}
+
−
{{R | CB|Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu, fylogenetické stromy <!-- Fitchov algoritmus --> | <!-- {{pdf|cb-phylo}} --> {{pdf|cb-phylo-en}} | [[CB06|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
−
{{T|2.-8.11.|}}
+
| ''' CB:''' ||  Úvod do informatiky, UCSC genome browser ||  [[Media:cb-introcs.pdf|pdf]]  ||   [[CB01|poznámky]]  
−
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM |  {{pdf|p-compgen}}  | }}
+
−
{{Lit2 | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}, [https://youtu.be/1WM4QI2qx8A video]
+
−
{{R | CI|Substitučné modely | <!-- {{pdf|ci-matice}} --> |  [[CI07|poznámky]] }}
+
−
{{R | CB|E-hodnota, fylogenetické stromy | {{pdf|cb-evalue}} <!-- {{pdf|cb-compgen}}, {{pdf|cb-gene}}--> | [[CB07|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
−
{{T|9.-15.11.|}}
 
−
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p-expr}} | }}
 
−
{{Lit2 | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}, [https://youtu.be/GFJ_oDV1KGU video]
 
−
{{R | CI|Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM, vzorové riešenia DÚ1 | <!-- {{pdf|ci-hmm}} --> | [[CI08|poznámky]] }}
 
−
{{R | CB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| {{pdf|cb-kmeans}} {{pdf|cb-enrichment-en}} | [[CB08|poznámky]] }}
 
 
|-
 
|-
−
{{T|16.-22.11.|}}
+
|- style="background:#f0f0f0"
−
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov |  {{pdf|p-prot}} | }}
+
| colspan="4" | '''Týždeň 28.9.-4.10.'''
−
{{Lit2 | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}, [https://youtu.be/ugMM81jZRpc video]
+
−
{{R | CI|Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním |  |  [[CI09|poznámky]] }}
+
−
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot | | [[CB09|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
−
{{T|23.-29.11.|}}
 
−
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | {{pdf|p-rna}} | }}
 
−
{{Lit2 | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}, [https://youtu.be/_Hh03Khsr9k video]
 
−
{{R | CI| Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík |  | [[CI10|poznámky]] |  }}
 
−
{{R | CB| Nussinovovej algoritmus | | [[CB10|poznámky]] }}
 
 
|-
 
|-
−
{{T|30.11.-6.12.|}}
+
| ''' PR:''' ||  Zostavovanie genómov 2  ||  [[Media:p-seq2.pdf|pdf]] ||   
−
{{R | PR| Populačná genetika | {{pdf|p-popgen}} | }}
+
−
{{Lit2 | }} [https://youtu.be/7vPt1vQX21M video]
+
−
{{R | CI| RNA štruktúra |  | [[CI11|poznámky]] }}
+
−
{{R | CB| Microarray dáta, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika | | [[CB11|poznámky]] }}
+
 
|-
 
|-
−
{{T|7.-13.12.|}}
+
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
−
{{R | PR| Prednáška nebude | | }}
+
|- style="color:#606060;"
−
{{R | CI| Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania | {{pdf|ci-summary}}, {{pdf|ci-ilp}} | [[CI12|poznámky]] }}
+
| || colspan="3" | '' '' [https://www.youtube.com/watch?v=YvZlTL1qyUg video]
−
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, PSI-BLAST, Pfam, gény, komparatívna genomika, ukážka práce na príkazovom riadku | {{pdf|cb-summary}}, {{pdf|cb-graphs}} | [[CB12|poznámky]] }}
+
|-
 +
| ''' CI:''' ||  Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní  ||    ||  [[CI02|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' ||  Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti  ||  [[Media:cb-dp.pdf|pdf]]  ||  [[CB02|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 5.-11.10.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie  ||  [[Media:p-aln1.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2'', [https://www.youtube.com/watch?v=0GkhkRiqbl4 video]
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Úvod do dynamického programovania, proteomika  ||    ||  [[CI03|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty  ||  [[Media:cb-dotplots.pdf|pdf]]  ||  [[CB03|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 12.-18.10.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie  ||  [[Media:p-aln2.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5'', [https://www.youtube.com/watch?v=jkQGXiqKbxM video]
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií  ||  ||  [[CI04|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy ||  ||  [[CB04|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 19.-25.10.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Hľadanie génov, skryté Markovove modely  ||  [[Media:p-gene.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7'', [https://www.youtube.com/watch?v=jkQGXiqKbxM video]
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Rýchle hľadanie podobnosti, BLAST, MinHash  ||    ||  [[CI05|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Skryté Markovove modely, programy na zarovnávanie sekvencií  ||    ||  [[CB05|poznámky]]
 +
|-
 +
<!-- {{subst:Template:pdf|ci-seeds}} -->
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 27.10.-1.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)  ||  [[Media:p-phylo.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2'', [https://youtu.be/RzfNHvZH4l8 video]
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Algoritmy pre HMM  ||    ||  [[CI06|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu, fylogenetické stromy  ||  [[Media:cb-phylo-en.pdf|pdf]]  ||  [[CB06|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 2.-8.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM  ||  [[Media:p-compgen.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8'', [https://youtu.be/1WM4QI2qx8A video]
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Substitučné modely  ||    ||  [[CI07|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || E-hodnota, fylogenetické stromy  ||  [[Media:cb-evalue.pdf|pdf]]  ||  [[CB07|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 9.-15.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách  ||  [[Media:p-expr.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1'', [https://youtu.be/GFJ_oDV1KGU video]
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM, vzorové riešenia DÚ1  ||    ||  [[CI08|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction ||  [[Media:cb-kmeans.pdf|pdf]] [[Media:cb-enrichment-en.pdf|pdf]]  ||  [[CB08|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 16.-22.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Štruktúra a funkcia proteínov  ||  [[Media:p-prot.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2'', [https://youtu.be/ugMM81jZRpc video]
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním  ||    ||  [[CI09|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot  ||  ||  [[CB09|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 23.-29.11.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín  ||  [[Media:p-rna.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9'', [https://youtu.be/_Hh03Khsr9k video]
 +
|-
 +
| ''' CI:''' ||  Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík  ||    ||  [[CI10|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' ||  Nussinovovej algoritmus  ||  ||  [[CB10|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 30.11.-6.12.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Populačná genetika  ||  [[Media:p-popgen.pdf|pdf]]  || 
 +
|-
 +
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 +
|- style="color:#606060;"
 +
| || colspan="3" | '' '' [https://youtu.be/7vPt1vQX21M  video]
 +
|-
 +
| ''' CI:''' ||  RNA štruktúra  ||    ||  [[CI11|poznámky]]
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' ||  Microarray dáta, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika  ||  ||  [[CB11|poznámky]] 
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 7.-13.12.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Prednáška nebude ||   || 
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CI:''' || Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania || [[Media:ci-summary.pdf|pdf]], [[Media:ci-ilp.pdf|pdf]]  || [[CI12|poznámky]]  
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' CB:''' || Zhrnutie semestra, grafy, PSI-BLAST, Pfam, gény, komparatívna genomika, ukážka práce na príkazovom riadku || [[Media:cb-summary.pdf|pdf]], [[Media:cb-graphs.pdf|pdf]]  ||  [[CB12|poznámky]]  
 +
|-
 +
|-
 +
|- style="background:#f0f0f0"
 +
| colspan="4" | '''Týždeň 14.-20.12.'''
 +
|-
 +
|-
 +
| ''' PR:''' ||  Nepovinné prezentácie  ||  || 
 
|-
 
|-
−
{{T|14.-20.12.|}}
 
−
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
 
 
|-
 
|-
 
|}
 
|}

Verzia zo dňa a času 10:31, 22. september 2021

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 1.10.2015:
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
    K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-D-21
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
    K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-Z-2

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

Videozáznamy prednášok zo školského roku 2018/19

Prezentácie


Poznámky a prezentácie

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov


Týždeň 21.-27.9.
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov pdf, pdf
BV kap. 1, video 1 video 2
CI: Úvod do biológie pdf poznámky
ZB kap. 1, video
CB: Úvod do informatiky, UCSC genome browser pdf poznámky
Týždeň 28.9.-4.10.
PR: Zostavovanie genómov 2 pdf
video
CI: Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní poznámky
CB: Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti pdf poznámky
Týždeň 5.-11.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2, video
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika poznámky
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty pdf poznámky
Týždeň 12.-18.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5, video
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií poznámky
CB: Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy poznámky
Týždeň 19.-25.10.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely pdf
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7, video
CI: Rýchle hľadanie podobnosti, BLAST, MinHash poznámky
CB: Skryté Markovove modely, programy na zarovnávanie sekvencií poznámky
Týždeň 27.10.-1.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) pdf
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2, video
CI: Algoritmy pre HMM poznámky
CB: Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu, fylogenetické stromy pdf poznámky
Týždeň 2.-8.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM pdf
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8, video
CI: Substitučné modely poznámky
CB: E-hodnota, fylogenetické stromy pdf poznámky
Týždeň 9.-15.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách pdf
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1, video
CI: Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM, vzorové riešenia DÚ1 poznámky
CB: Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction pdf pdf poznámky
Týždeň 16.-22.11.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov pdf
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2, video
CI: Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním poznámky
CB: Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot poznámky
Týždeň 23.-29.11.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín pdf
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9, video
CI: Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík poznámky
CB: Nussinovovej algoritmus poznámky
Týždeň 30.11.-6.12.
PR: Populačná genetika pdf
video
CI: RNA štruktúra poznámky
CB: Microarray dáta, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika poznámky
Týždeň 7.-13.12.
PR: Prednáška nebude
CI: Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania pdf, pdf poznámky
CB: Zhrnutie semestra, grafy, PSI-BLAST, Pfam, gény, komparatívna genomika, ukážka práce na príkazovom riadku pdf, pdf poznámky
Týždeň 14.-20.12.
PR: Nepovinné prezentácie
Zdroj: „http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/index.php?title=MBI_2020/2021&oldid=2529“