1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2021/22

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Cvičenia vo štvrtok o 14:00 sú určené pre študentov BIN, INF, mINF, mAIN, DAV. Cvičenia vo štvrtok o 17:20 sú pre študentov z PriFUK a z fyzikálnych odborov. Obidvoje cvičenia sa budú konať už v prvom týždni semestra.


MBI 2020/2021: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 24: Riadok 24:
 
Pouzitie sablon:
 
Pouzitie sablon:
 
tyzden: {{subst:Template:T|datumy od-do|nepovinny dalsi text}}
 
tyzden: {{subst:Template:T|datumy od-do|nepovinny dalsi text}}
riadok (hodina): {{subst:Template:R| aka hodina, t.j. PR alebo CI alebo CB| popis | {{subst:Template:pdf|meno pdf suboru}} | [[wiki poznamky|poznamky]] }}
+
riadok (hodina): {{subst:Template:R| aka hodina, t.j. PR alebo CI alebo CB| popis | | [[wiki poznamky|poznamky]] }}
 
literatura: {{subst:Template:Lit | cisla kapitol}}
 
literatura: {{subst:Template:Lit | cisla kapitol}}
  
Riadok 36: Riadok 36:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov  || [[Media:p-intro.pdf|pdf]], [[Media:p-seq.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov  ||     ||   
 
|-
 
|-
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
Riadok 42: Riadok 42:
 
| || colspan="3" | '' BV kap. 1'', [https://www.youtube.com/watch?v=3HI-wKmTuSs video 1] [https://www.youtube.com/watch?v=iHt5WPVFd7E video 2]
 
| || colspan="3" | '' BV kap. 1'', [https://www.youtube.com/watch?v=3HI-wKmTuSs video 1] [https://www.youtube.com/watch?v=iHt5WPVFd7E video 2]
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' ||  Úvod do biológie  || [[Media:ci-introbio.pdf|pdf]]  ||  [[CI01|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' ||  Úvod do biológie  ||   ||  [[CI01|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
Riadok 48: Riadok 48:
 
| || colspan="3" | '' ZB kap. 1'', [https://www.youtube.com/watch?v=EtPqUOHTJD4 video]
 
| || colspan="3" | '' ZB kap. 1'', [https://www.youtube.com/watch?v=EtPqUOHTJD4 video]
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' ||  Úvod do informatiky, UCSC genome browser  || [[Media:cb-introcs.pdf|pdf]]  ||  [[CB01|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' ||  Úvod do informatiky, UCSC genome browser  ||   ||  [[CB01|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 55: Riadok 55:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Zostavovanie genómov 2  || [[Media:p-seq2.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Zostavovanie genómov 2  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
Riadok 64: Riadok 64:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' ||  Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti  || [[Media:cb-dp.pdf|pdf]]  ||  [[CB02|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' ||  Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti  ||   ||  [[CB02|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 71: Riadok 71:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie  ||   [[Media:p-aln1.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie  ||     ||   
 
|-
 
|-
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
Riadok 80: Riadok 80:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' || Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty  || [[Media:cb-dotplots.pdf|pdf]]  ||  [[CB03|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' || Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty  ||   ||  [[CB03|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 87: Riadok 87:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie  || [[Media:p-aln2.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
Riadok 103: Riadok 103:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Hľadanie génov, skryté Markovove modely  || [[Media:p-gene.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Hľadanie génov, skryté Markovove modely  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
Riadok 114: Riadok 114:
 
| ''' CB:''' || Skryté Markovove modely, programy na zarovnávanie sekvencií  ||    ||  [[CB05|poznámky]]  
 
| ''' CB:''' || Skryté Markovove modely, programy na zarovnávanie sekvencií  ||    ||  [[CB05|poznámky]]  
 
|-
 
|-
<!-- {{subst:Template:pdf|ci-seeds}} -->
+
<!-- -->
 
|-
 
|-
 
|- style="background:#f0f0f0"  
 
|- style="background:#f0f0f0"  
Riadok 120: Riadok 120:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)  || [[Media:p-phylo.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
Riadok 129: Riadok 129:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' || Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu, fylogenetické stromy  ||   [[Media:cb-phylo-en.pdf|pdf]]  ||  [[CB06|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' || Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu, fylogenetické stromy  ||     ||  [[CB06|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 136: Riadok 136:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM  ||   [[Media:p-compgen.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM  ||     ||   
 
|-
 
|-
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
Riadok 145: Riadok 145:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' || E-hodnota, fylogenetické stromy  || [[Media:cb-evalue.pdf|pdf]]  ||  [[CB07|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' || E-hodnota, fylogenetické stromy  ||     ||  [[CB07|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 152: Riadok 152:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách  || [[Media:p-expr.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
Riadok 161: Riadok 161:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' || Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction || [[Media:cb-kmeans.pdf|pdf]] [[Media:cb-enrichment-en.pdf|pdf]]  ||  [[CB08|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' || Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction ||     ||  [[CB08|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 168: Riadok 168:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Štruktúra a funkcia proteínov  ||   [[Media:p-prot.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Štruktúra a funkcia proteínov  ||     ||   
 
|-
 
|-
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
Riadok 184: Riadok 184:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín  || [[Media:p-rna.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
Riadok 200: Riadok 200:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' PR:''' ||  Populačná genetika  || [[Media:p-popgen.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Populačná genetika  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
Riadok 219: Riadok 219:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CI:''' ||  Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania  || [[Media:ci-summary.pdf|pdf]], [[Media:ci-ilp.pdf|pdf]]  ||  [[CI12|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' ||  Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania  ||     ||  [[CI12|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
| ''' CB:''' ||  Zhrnutie semestra, grafy, PSI-BLAST, Pfam, gény, komparatívna genomika, ukážka práce na príkazovom riadku  || [[Media:cb-summary.pdf|pdf]], [[Media:cb-graphs.pdf|pdf]]  ||  [[CB12|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' ||  Zhrnutie semestra, grafy, PSI-BLAST, Pfam, gény, komparatívna genomika, ukážka práce na príkazovom riadku  ||     ||  [[CB12|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-

Verzia zo dňa a času 10:32, 22. september 2021

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 1.10.2015:
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
    K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-D-21
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
    K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-Z-2

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

Videozáznamy prednášok zo školského roku 2018/19

Prezentácie


Poznámky a prezentácie

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov


Týždeň 21.-27.9.
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov
BV kap. 1, video 1 video 2
CI: Úvod do biológie poznámky
ZB kap. 1, video
CB: Úvod do informatiky, UCSC genome browser poznámky
Týždeň 28.9.-4.10.
PR: Zostavovanie genómov 2
video
CI: Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní poznámky
CB: Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti poznámky
Týždeň 5.-11.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2, video
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika poznámky
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty poznámky
Týždeň 12.-18.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5, video
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií poznámky
CB: Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy poznámky
Týždeň 19.-25.10.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7, video
CI: Rýchle hľadanie podobnosti, BLAST, MinHash poznámky
CB: Skryté Markovove modely, programy na zarovnávanie sekvencií poznámky
Týždeň 27.10.-1.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2, video
CI: Algoritmy pre HMM poznámky
CB: Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu, fylogenetické stromy poznámky
Týždeň 2.-8.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8, video
CI: Substitučné modely poznámky
CB: E-hodnota, fylogenetické stromy poznámky
Týždeň 9.-15.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1, video
CI: Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM, vzorové riešenia DÚ1 poznámky
CB: Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction poznámky
Týždeň 16.-22.11.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2, video
CI: Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním poznámky
CB: Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot poznámky
Týždeň 23.-29.11.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9, video
CI: Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík poznámky
CB: Nussinovovej algoritmus poznámky
Týždeň 30.11.-6.12.
PR: Populačná genetika
video
CI: RNA štruktúra poznámky
CB: Microarray dáta, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika poznámky
Týždeň 7.-13.12.
PR: Prednáška nebude
CI: Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania poznámky
CB: Zhrnutie semestra, grafy, PSI-BLAST, Pfam, gény, komparatívna genomika, ukážka práce na príkazovom riadku poznámky
Týždeň 14.-20.12.
PR: Nepovinné prezentácie