1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2023/24

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Exam rules, example questions and syllabus
Groups for journal club have each their own group in Moodle.


MBI 2020/2021: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 24: Riadok 24:
 
Pouzitie sablon:
 
Pouzitie sablon:
 
tyzden: {{subst:Template:T|datumy od-do|nepovinny dalsi text}}
 
tyzden: {{subst:Template:T|datumy od-do|nepovinny dalsi text}}
−
riadok (hodina): {{subst:Template:R| aka hodina, t.j. PR alebo CI alebo CB| popis | {{subst:Template:pdf|meno pdf suboru}} | [[wiki poznamky|poznamky]] }}
+
riadok (hodina): {{subst:Template:R| aka hodina, t.j. PR alebo CI alebo CB| popis | | [[wiki poznamky|poznamky]] }}
 
literatura: {{subst:Template:Lit | cisla kapitol}}
 
literatura: {{subst:Template:Lit | cisla kapitol}}
  
Riadok 36: Riadok 36:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
−
| ''' PR:''' ||  Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov  || [[Media:p-intro.pdf|pdf]], [[Media:p-seq.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov  ||     ||   
 
|-
 
|-
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
Riadok 42: Riadok 42:
 
| || colspan="3" | '' BV kap. 1'', [https://www.youtube.com/watch?v=3HI-wKmTuSs video 1] [https://www.youtube.com/watch?v=iHt5WPVFd7E video 2]
 
| || colspan="3" | '' BV kap. 1'', [https://www.youtube.com/watch?v=3HI-wKmTuSs video 1] [https://www.youtube.com/watch?v=iHt5WPVFd7E video 2]
 
|-
 
|-
−
| ''' CI:''' ||  Úvod do biológie  || [[Media:ci-introbio.pdf|pdf]]  ||  [[CI01|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' ||  Úvod do biológie  ||   ||  [[CI01|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
Riadok 48: Riadok 48:
 
| || colspan="3" | '' ZB kap. 1'', [https://www.youtube.com/watch?v=EtPqUOHTJD4 video]
 
| || colspan="3" | '' ZB kap. 1'', [https://www.youtube.com/watch?v=EtPqUOHTJD4 video]
 
|-
 
|-
−
| ''' CB:''' ||  Úvod do informatiky, UCSC genome browser  || [[Media:cb-introcs.pdf|pdf]]  ||  [[CB01|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' ||  Úvod do informatiky, UCSC genome browser  ||   ||  [[CB01|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 55: Riadok 55:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
−
| ''' PR:''' ||  Zostavovanie genómov 2  || [[Media:p-seq2.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Zostavovanie genómov 2  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
Riadok 64: Riadok 64:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
−
| ''' CB:''' ||  Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti  || [[Media:cb-dp.pdf|pdf]]  ||  [[CB02|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' ||  Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti  ||   ||  [[CB02|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 71: Riadok 71:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
−
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie  ||   [[Media:p-aln1.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie  ||     ||   
 
|-
 
|-
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
Riadok 80: Riadok 80:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
−
| ''' CB:''' || Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty  || [[Media:cb-dotplots.pdf|pdf]]  ||  [[CB03|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' || Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty  ||   ||  [[CB03|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 87: Riadok 87:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
−
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie  || [[Media:p-aln2.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
Riadok 103: Riadok 103:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
−
| ''' PR:''' ||  Hľadanie génov, skryté Markovove modely  || [[Media:p-gene.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Hľadanie génov, skryté Markovove modely  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
Riadok 114: Riadok 114:
 
| ''' CB:''' || Skryté Markovove modely, programy na zarovnávanie sekvencií  ||    ||  [[CB05|poznámky]]  
 
| ''' CB:''' || Skryté Markovove modely, programy na zarovnávanie sekvencií  ||    ||  [[CB05|poznámky]]  
 
|-
 
|-
−
<!-- {{subst:Template:pdf|ci-seeds}} -->
+
<!-- -->
 
|-
 
|-
 
|- style="background:#f0f0f0"  
 
|- style="background:#f0f0f0"  
Riadok 120: Riadok 120:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
−
| ''' PR:''' ||  Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)  || [[Media:p-phylo.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
Riadok 129: Riadok 129:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
−
| ''' CB:''' || Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu, fylogenetické stromy  ||   [[Media:cb-phylo-en.pdf|pdf]]  ||  [[CB06|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' || Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu, fylogenetické stromy  ||     ||  [[CB06|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 136: Riadok 136:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
−
| ''' PR:''' ||  Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM  ||   [[Media:p-compgen.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM  ||     ||   
 
|-
 
|-
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
Riadok 145: Riadok 145:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
−
| ''' CB:''' || E-hodnota, fylogenetické stromy  || [[Media:cb-evalue.pdf|pdf]]  ||  [[CB07|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' || E-hodnota, fylogenetické stromy  ||     ||  [[CB07|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 152: Riadok 152:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
−
| ''' PR:''' ||  Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách  || [[Media:p-expr.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
Riadok 161: Riadok 161:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
−
| ''' CB:''' || Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction || [[Media:cb-kmeans.pdf|pdf]] [[Media:cb-enrichment-en.pdf|pdf]]  ||  [[CB08|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' || Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction ||     ||  [[CB08|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
Riadok 168: Riadok 168:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
−
| ''' PR:''' ||  Štruktúra a funkcia proteínov  ||   [[Media:p-prot.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Štruktúra a funkcia proteínov  ||     ||   
 
|-
 
|-
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
Riadok 184: Riadok 184:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
−
| ''' PR:''' ||  RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín  || [[Media:p-rna.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
Riadok 200: Riadok 200:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
−
| ''' PR:''' ||  Populačná genetika  || [[Media:p-popgen.pdf|pdf]]  ||   
+
| ''' PR:''' ||  Populačná genetika  ||   ||   
 
|-
 
|-
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
 
<!--za sablonu sa da pridat linka na video, ktory nie je parameter a tym padom nema problem s = -->
Riadok 219: Riadok 219:
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
−
| ''' CI:''' ||  Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania  || [[Media:ci-summary.pdf|pdf]], [[Media:ci-ilp.pdf|pdf]]  ||  [[CI12|poznámky]]  
+
| ''' CI:''' ||  Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania  ||     ||  [[CI12|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-
−
| ''' CB:''' ||  Zhrnutie semestra, grafy, PSI-BLAST, Pfam, gény, komparatívna genomika, ukážka práce na príkazovom riadku  || [[Media:cb-summary.pdf|pdf]], [[Media:cb-graphs.pdf|pdf]]  ||  [[CB12|poznámky]]  
+
| ''' CB:''' ||  Zhrnutie semestra, grafy, PSI-BLAST, Pfam, gény, komparatívna genomika, ukážka práce na príkazovom riadku  ||     ||  [[CB12|poznámky]]  
 
|-
 
|-
 
|-
 
|-

Verzia zo dňa a času 10:32, 22. september 2021

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 1.10.2015:
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
    K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-D-21
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
    K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-Z-2

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

Videozáznamy prednášok zo školského roku 2018/19

Prezentácie


Poznámky a prezentácie

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov


Týždeň 21.-27.9.
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov
BV kap. 1, video 1 video 2
CI: Úvod do biológie poznámky
ZB kap. 1, video
CB: Úvod do informatiky, UCSC genome browser poznámky
Týždeň 28.9.-4.10.
PR: Zostavovanie genómov 2
video
CI: Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní poznámky
CB: Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti poznámky
Týždeň 5.-11.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2, video
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika poznámky
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty poznámky
Týždeň 12.-18.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5, video
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií poznámky
CB: Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy poznámky
Týždeň 19.-25.10.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7, video
CI: Rýchle hľadanie podobnosti, BLAST, MinHash poznámky
CB: Skryté Markovove modely, programy na zarovnávanie sekvencií poznámky
Týždeň 27.10.-1.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2, video
CI: Algoritmy pre HMM poznámky
CB: Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu, fylogenetické stromy poznámky
Týždeň 2.-8.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8, video
CI: Substitučné modely poznámky
CB: E-hodnota, fylogenetické stromy poznámky
Týždeň 9.-15.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1, video
CI: Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM, vzorové riešenia DÚ1 poznámky
CB: Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction poznámky
Týždeň 16.-22.11.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2, video
CI: Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním poznámky
CB: Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot poznámky
Týždeň 23.-29.11.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9, video
CI: Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík poznámky
CB: Nussinovovej algoritmus poznámky
Týždeň 30.11.-6.12.
PR: Populačná genetika
video
CI: RNA štruktúra poznámky
CB: Microarray dáta, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika poznámky
Týždeň 7.-13.12.
PR: Prednáška nebude
CI: Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania poznámky
CB: Zhrnutie semestra, grafy, PSI-BLAST, Pfam, gény, komparatívna genomika, ukážka práce na príkazovom riadku poznámky
Týždeň 14.-20.12.
PR: Nepovinné prezentácie
Zdroj: „http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/index.php?title=MBI_2020/2021&oldid=2530“