1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2022/23

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Groups for journal club have each their own channel in MS Teams.


Materials: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 22: Riadok 22:
 
|-
 
|-
 
{{T|22.-28.9.|}}
 
{{T|22.-28.9.|}}
{{R | PR| Úvod, administratíva, ukážky bioinformatických problémov | {{pdf|p01}} | }}
+
{{R | PR| Nebude, krátke informačné stretnutie nasledované cvičením pre biológov ukážky bioinformatických problémov | | }}
{{R | CI| Úvod do biológie | {{pdf|ci01}} | [[CI01|poznámky]] }}
+
{{R | CI| Nebude | | }}
 
{{Lit | ZB kap. 1}}
 
{{Lit | ZB kap. 1}}
{{R | CB| Úvod do informatiky | {{pdf|cb01}} | }}
+
{{R | CB| Úvod do informatiky | | }}
 
|-
 
|-
 
{{T|29.9.-5.10|}}
 
{{T|29.9.-5.10|}}
{{R | PR| Sekvenovanie a zostavovanie genómov | {{pdf|p02}} | }}
+
{{R | PR| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | | }}
 
{{Lit | BV kap. 1}}
 
{{Lit | BV kap. 1}}
{{R | CI| Úvod do dynamického programovania, proteomika | {{pdf|ci02-msms}} | [[CI02|poznámky]] }}
+
{{R | CI| Úvod do biológie  | | }}
{{R | CB| Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser | | [[CB02|poznámky]] }}
+
{{R | CB| Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser | | }}
 
|-
 
|-
 
{{T|6.-12.10.|}}
 
{{T|6.-12.10.|}}
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | {{pdf|p03}} | }}
+
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | | }}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
{{R | CI|Nebudú | | }}
+
{{R | CI|Úvod do dynamického programovania, proteomika | | }}
{{R | CB|Nebudú | | }}
+
{{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti | | }}
 
|-
 
|-
 
{{T|13.-19.10.|}}
 
{{T|13.-19.10.|}}
{{R | PR|Prednáška nebude, cvičenia pre biológov začnú 15:40 | | }}
+
{{R | PR| | | }}
{{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | | [[CI03|poznámky]]}}
+
{{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | | }}
{{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti | | [[CB03|poznámky]] }}
+
{{R | CB| | | }}
 
|-
 
|-
 
{{T|20.-26.10.|}}
 
{{T|20.-26.10.|}}
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p04}} | }}
+
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | | }}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
{{R | CI|Úvod do pravdepodobnosti |{{pdf|Ci02}} | [[CI04|poznámky]]}}
+
{{R | CI|Úvod do pravdepodobnosti | | }}
{{R | CB|Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií | {{pdf|cb03}} | [[CB04|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií | | }}
 
|-
 
|-
 
{{T|27.10.-2.11.|}}
 
{{T|27.10.-2.11.|}}
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p06}} | }}
+
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | | }}
 
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
 
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
{{R | CI|BLAST, jadrá s medzerami | {{pdf|ci04}} | [[CI05|poznámky]]}}
+
{{R | CI|BLAST, jadrá s medzerami | | }}
{{R | CB|Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov|  | [[CB05|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov|  | }}
 
|-
 
|-
 
{{T|3.-9.11.|}}
 
{{T|3.-9.11.|}}

Verzia zo dňa a času 20:18, 11. september 2015

Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 2.1.2014: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov


22.-28.9.
PR: Nebude, krátke informačné stretnutie nasledované cvičením pre biológov ukážky bioinformatických problémov
CI: Nebude
ZB kap. 1
CB: Úvod do informatiky
29.9.-5.10
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov
BV kap. 1
CI: Úvod do biológie
CB: Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser
6.-12.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti
13.-19.10.
PR:
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií
CB:
20.-26.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
CI: Úvod do pravdepodobnosti
CB: Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií
27.10.-2.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
CI: BLAST, jadrá s medzerami
CB: Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov
3.-9.11.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely pdf
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
CI: Felsensteinov algoritmus, substitučné modely poznámky
CB: Substitučné modely, skryté Markovove modely poznámky
10.-16.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM pdf
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
CI: Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM poznámky
CB: E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika pdf, pdf poznámky
17.-23.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách pdf
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
CI: Algoritmy pre HMM a phyloHMM pdf poznámky
CB: Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta pdf poznámky
24.-30.11.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov pdf
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
CI: Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním pdf poznámky
CB: Úvod do bezkontextových gramatík poznámky
1.-7.12.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín pdf
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
CI: Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, úvod do bezkontextových gramatík poznámky
CB: RNA štruktúra, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam poznámky
8.-14.12.
PR: Populačná genetika pdf
CI: Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA pdf poznámky
CB: Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, transkripčné faktory v SGD pdf, pdf poznámky
15.-21.12.
PR: Nepovinné prezentácie