1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2022/23

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Groups for journal club have each their own channel in MS Teams.


Materials: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 24: Riadok 24:
 
{{R | PR| Nebude, krátke informačné stretnutie nasledované cvičením pre biológov ukážky bioinformatických problémov | | }}
 
{{R | PR| Nebude, krátke informačné stretnutie nasledované cvičením pre biológov ukážky bioinformatických problémov | | }}
 
{{R | CI| Nebude |  | }}
 
{{R | CI| Nebude |  | }}
{{Lit | ZB kap. 1}}
 
 
{{R | CB| Úvod do informatiky |  | }}
 
{{R | CB| Úvod do informatiky |  | }}
 
|-
 
|-
Riadok 31: Riadok 30:
 
{{Lit | BV kap. 1}}
 
{{Lit | BV kap. 1}}
 
{{R | CI| Úvod do biológie  |  | }}
 
{{R | CI| Úvod do biológie  |  | }}
 +
{{Lit | ZB kap. 1}}
 
{{R | CB| Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser | |  }}
 
{{R | CB| Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser | |  }}
 
|-
 
|-
Riadok 63: Riadok 63:
 
|-
 
|-
 
{{T|10.-16.11.|}}
 
{{T|10.-16.11.|}}
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | {{pdf|p07}} | }}
+
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | | }}
 
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
 
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
{{R | CI|Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM | | [[CI07|poznámky]]}}
+
{{R | CI|Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM | | }}
{{R | CB|E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika| {{pdf|cb04}}, {{pdf|cb05}} | [[CB07|poznámky]] }}
+
{{R | CB|E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika| | }}
 
|-
 
|-
 
{{T|17.-23.11.|}}
 
{{T|17.-23.11.|}}
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p09b}} | }}
+
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
{{R | CI|Algoritmy pre HMM a phyloHMM | {{pdf|ci07}} | [[CI08|poznámky]]}}
+
{{R | CI|Algoritmy pre HMM a phyloHMM | | }}
{{R | CB|Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta | {{pdf|cb08}} | [[CB08|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta | | }}
 
|-
 
|-
 
{{T|24.-30.11.|}}
 
{{T|24.-30.11.|}}
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | {{pdf|p08}} | }}
+
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
 
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
{{R | CI|Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním | {{pdf|cb08}} | [[CI09|poznámky]] }}
+
{{R | CI|Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním | | }}
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík | | [[CB09|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík | | }}
 
|-
 
|-
 
{{T|1.-7.12.|}}
 
{{T|1.-7.12.|}}
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | {{pdf|p12}} | }}
+
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
{{R | CI| Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, úvod do bezkontextových gramatík | | [[CI10|poznámky]] }}
+
{{R | CI| Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, úvod do bezkontextových gramatík | | }}
{{R | CB| RNA štruktúra, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam | | [[CB10|poznámky]] }}
+
{{R | CB| RNA štruktúra, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam | | }}
 
|-
 
|-
 
{{T|8.-14.12.|}}
 
{{T|8.-14.12.|}}
{{R | PR| Populačná genetika | {{pdf|p11}} | }}
+
{{R | PR| Populačná genetika | | }}
 
{{Lit | }}
 
{{Lit | }}
{{R | CI| Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA | {{pdf|ci12}} | [[CI11|poznámky]] }}
+
{{R | CI| Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA | | }}
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, transkripčné faktory v SGD | {{pdf|cb12}}, {{pdf|cb09}} | [[CB11|poznámky]] }}
+
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, transkripčné faktory v SGD | | }}
 
|-
 
|-
 
{{T|15.-21.12.|}}
 
{{T|15.-21.12.|}}

Verzia zo dňa a času 20:21, 11. september 2015

Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 2.1.2014: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov


22.-28.9.
PR: Nebude, krátke informačné stretnutie nasledované cvičením pre biológov ukážky bioinformatických problémov
CI: Nebude
CB: Úvod do informatiky
29.9.-5.10
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov
BV kap. 1
CI: Úvod do biológie
ZB kap. 1
CB: Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser
6.-12.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti
13.-19.10.
PR:
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií
CB:
20.-26.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
CI: Úvod do pravdepodobnosti
CB: Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií
27.10.-2.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
CI: BLAST, jadrá s medzerami
CB: Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov
3.-9.11.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely pdf
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
CI: Felsensteinov algoritmus, substitučné modely poznámky
CB: Substitučné modely, skryté Markovove modely poznámky
10.-16.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
CI: Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM
CB: E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika
17.-23.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
CI: Algoritmy pre HMM a phyloHMM
CB: Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta
24.-30.11.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
CI: Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním
CB: Úvod do bezkontextových gramatík
1.-7.12.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
CI: Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, úvod do bezkontextových gramatík
CB: RNA štruktúra, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam
8.-14.12.
PR: Populačná genetika
CI: Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA
CB: Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, transkripčné faktory v SGD
15.-21.12.
PR: Nepovinné prezentácie