1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2022/23

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Groups for journal club have each their own channel in MS Teams.


Materials: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 56: Riadok 56:
 
{{R | CB|Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov|  |  }}
 
{{R | CB|Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov|  |  }}
 
|-
 
|-
{{T|3.-9.11.|}}
+
{{T|2.-8.11.|}}
 
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely |  | }}
 
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely |  | }}
 
{{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
 
{{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
Riadok 62: Riadok 62:
 
{{R | CB|Substitučné modely, skryté Markovove modely| |  }}
 
{{R | CB|Substitučné modely, skryté Markovove modely| |  }}
 
|-
 
|-
{{T|10.-16.11.|}}
+
{{T|9.-15.11.|}}
 
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM |  | }}
 
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM |  | }}
 
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
 
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
Riadok 68: Riadok 68:
 
{{R | CB|E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika|  | }}
 
{{R | CB|E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika|  | }}
 
|-
 
|-
{{T|17.-23.11.|}}
+
{{T|16.-22.11.|}}
 
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách |  | }}
 
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách |  | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
Riadok 74: Riadok 74:
 
{{R | CB|Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta |  |  }}
 
{{R | CB|Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta |  |  }}
 
|-
 
|-
{{T|24.-30.11.|}}
+
{{T|23.-29.11.|}}
 
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov |  | }}
 
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov |  | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
 
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
Riadok 80: Riadok 80:
 
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík | |  }}
 
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík | |  }}
 
|-
 
|-
{{T|1.-7.12.|}}
+
{{T|30.11.-6.12.|}}
 
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín |  | }}
 
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín |  | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
Riadok 86: Riadok 86:
 
{{R | CB| RNA štruktúra, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam | |  }}
 
{{R | CB| RNA štruktúra, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam | |  }}
 
|-
 
|-
{{T|8.-14.12.|}}
+
{{T|7.-13.12.|}}
 
{{R | PR| Populačná genetika |  | }}
 
{{R | PR| Populačná genetika |  | }}
 
{{Lit | }}
 
{{Lit | }}
Riadok 92: Riadok 92:
 
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, transkripčné faktory v SGD |  | }}
 
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, transkripčné faktory v SGD |  | }}
 
|-
 
|-
{{T|15.-21.12.|}}
+
{{T|14.-20.12.|}}
 
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
 
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
 
|-
 
|-
 
|}
 
|}

Verzia zo dňa a času 19:48, 12. september 2015

Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 2.1.2014: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov


21.-27.9.
PR: Nebude, krátke informačné stretnutie nasledované cvičením pre biológov ukážky bioinformatických problémov
CI: Nebude
CB: Úvod do informatiky
28.9.-4.10
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov
BV kap. 1
CI: Úvod do biológie
ZB kap. 1
CB: Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser
5.-11.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti
12.-18.10.
PR:
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií
CB:
19.-25.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
CI: Úvod do pravdepodobnosti
CB: Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií
26.10.-1.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
CI: BLAST, jadrá s medzerami
CB: Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov
2.-8.11.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
CI: Felsensteinov algoritmus, substitučné modely
CB: Substitučné modely, skryté Markovove modely
9.-15.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
CI: Zložitejšie substitučné modely, algoritmy pre HMM
CB: E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika
16.-22.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
CI: Algoritmy pre HMM a phyloHMM
CB: Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta
23.-29.11.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
CI: Zhlukovanie algoritmom k-means, hľadanie motívov Gibbsovým vzorkovaním
CB: Úvod do bezkontextových gramatík
30.11.-6.12.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
CI: Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, úvod do bezkontextových gramatík
CB: RNA štruktúra, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam
7.-13.12.
PR: Populačná genetika
CI: Zhrnutie semestra, ukážky biologických databáz, sekundárna štruktúra RNA
CB: Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika, MEME, transkripčné faktory v SGD
14.-20.12.
PR: Nepovinné prezentácie