1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2022/23

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Groups for journal club have each their own channel in MS Teams.


Materials: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 23: Riadok 23:
 
{{T|19.-25.9.|}}
 
{{T|19.-25.9.|}}
 
{{R | PR| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | <!-- {{pdf|p-intro}}, {{pdf|p-seq}}--> | }}
 
{{R | PR| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | <!-- {{pdf|p-intro}}, {{pdf|p-seq}}--> | }}
{{R | CI| Úvod do biológie  | <!-- {{pdf|ci-introbio}}--> | [[CI01|poznámky]] }}
 
{{Lit | ZB kap. 1}}
 
{{R | CB| Úvod do informatiky | <!--{{pdf|cb-introcs}}--> | }}
 
|-
 
<!--
 
{{T|28.9.-4.10|}}
 
{{R | PR| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | {{pdf|p-intro}}, {{pdf|p-seq}} | }}
 
 
{{Lit | BV kap. 1}}
 
{{Lit | BV kap. 1}}
{{R | CI| Úvod do biológie  | {{pdf|ci-introbio}} | [[CI01|poznámky]] }}
+
{{R | CI| Úvod do biológie  | <!-- {{pdf|ci-introbio}}--> | <!-- [[CI01|poznámky]] -->}}
 
{{Lit | ZB kap. 1}}
 
{{Lit | ZB kap. 1}}
{{R | CB| Úvod do dynamického programovania, UCSC genome browser | {{pdf|cb-dp}} | [[CB02|poznámky]] }}
+
{{R | CB| Úvod do informatiky, UCSC genome browser | <!--{{pdf|cb-introcs}}--> | <!-- [[CB01|poznámky]] --> }}
 
|-
 
|-
{{T|5.-11.10.|}}
+
{{T|26.9.-2.10|}}
 +
{{R | PR| nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40| | }}
 +
{{R | CI|Úvod do pravdepodobnosti | <!-- {{pdf|ci-coverage}}--> | <!-- [[CI02|poznámky]] --> }}
 +
{{R | CB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti I | <!-- {{pdf|cb-dp}} --> | <!-- [[CB02|poznámky]] --> }}
 +
|-
 +
<!--
 +
{{T|3.-9.10.|}}
 
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | {{pdf|p-aln1}}  | }}
 
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | {{pdf|p-aln1}}  | }}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
Riadok 41: Riadok 40:
 
{{R | CB|nebude | | }}
 
{{R | CB|nebude | | }}
 
|-
 
|-
{{T|12.-18.10.|}}
+
{{T|10.-16.10.|}}
 
{{R | PR| nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40| | }}
 
{{R | PR| nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40| | }}
 
{{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | | [[CI03|poznámky]] }}
 
{{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | | [[CI03|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti (začínajú 15:40)| | [[CB03|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti (začínajú 15:40)| | [[CB03|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
{{T|19.-25.10.|}}
+
{{T|17.-23.10.|}}
 
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p-aln2}} | }}
 
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p-aln2}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
Riadok 52: Riadok 51:
 
{{R | CB|Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií | {{pdf|cb-dotplots}} | [[CB04|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií | {{pdf|cb-dotplots}} | [[CB04|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
{{T|26.10.-1.11.|}}
+
{{T|24.10.-30.10.|}}
 
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p-phylo}} | }}
 
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p-phylo}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
 
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}

Verzia zo dňa a času 15:52, 21. september 2016

Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 1.10.2015: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov


19.-25.9.
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov
BV kap. 1
CI: Úvod do biológie
ZB kap. 1
CB: Úvod do informatiky, UCSC genome browser
26.9.-2.10
PR: nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40
CI: Úvod do pravdepodobnosti
CB: Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti I