1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2022/23

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Groups for journal club have each their own channel in MS Teams.


Materials: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 37: Riadok 37:
 
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | {{pdf|p-aln1}}  | }}
 
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | {{pdf|p-aln1}}  | }}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
{{R | CI|Úvod do dynamického programovania, proteomika | {{pdf|cb-dp}}, {{pdf|ci-msms}} | [[CI02|poznámky]] }}
+
{{R | CI|Úvod do dynamického programovania, proteomika | {{pdf|cb-dp}}, {{pdf|ci-msms}} | [[CI03|poznámky]] }}
{{R | CB|nebude | | }}
+
{{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty | {{pdf|cb-dotplots}} | [[CB03|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
 
{{T|10.-16.10.|}}
 
{{T|10.-16.10.|}}
{{R | PR| nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40| | }}
 
{{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | | [[CI03|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, úvod do pravdepodobnosti (začínajú 15:40)| | [[CB03|poznámky]] }}
 
|-
 
{{T|17.-23.10.|}}
 
 
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p-aln2}} | }}
 
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p-aln2}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
{{R | CI|Úvod do pravdepodobnosti | {{pdf|ci-coverage}} | [[CI04|poznámky]] }}
+
{{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | | [[CI04|poznámky]] }}
{{R | CB|Dotploty, programy na zarovnávanie sekvencií | {{pdf|cb-dotplots}} | [[CB04|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Úvod do pravdepodobnosti II, programy na zarovnávanie sekvencií| | [[CB04|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
{{T|24.10.-30.10.|}}
+
{{T|17.-23.10.|}}
 
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p-phylo}} | }}
 
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p-phylo}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
 
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
Riadok 57: Riadok 52:
 
{{R | CB|Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov| {{pdf|cb-phylo}} | [[CB05|poznámky]]  }}
 
{{R | CB|Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov| {{pdf|cb-phylo}} | [[CB05|poznámky]]  }}
 
|-
 
|-
{{T|2.-8.11.|}}
+
{{T|24.10.-30.10.|}}
 
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p-gene}} | }}
 
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p-gene}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
 
{{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
Riadok 63: Riadok 58:
 
{{R | CB|Substitučné modely, skryté Markovove modely| | [[CB06|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Substitučné modely, skryté Markovove modely| | [[CB06|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
{{T|9.-15.11.|}}
+
{{T|2.-8.11.|}}
 
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | {{pdf|p-compgen}} | }}
 
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | {{pdf|p-compgen}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
 
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
Riadok 69: Riadok 64:
 
{{R | CB|E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika| {{pdf|cb-evalue}}, {{pdf|cb-gene}} | [[CB07|poznámky]] }}
 
{{R | CB|E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika| {{pdf|cb-evalue}}, {{pdf|cb-gene}} | [[CB07|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
{{T|16.-22.11.|}}
+
{{T|9.-15.11.|}}
 
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p-expr}} | }}
 
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p-expr}} | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
 
{{R | CI|Algoritmy pre HMM a phyloHMM | {{pdf|ci-hmm}} | [[CI08|poznámky]] }}
 
{{R | CI|Algoritmy pre HMM a phyloHMM | {{pdf|ci-hmm}} | [[CI08|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta | {{pdf|cb-kmeans}} | [[CB08|poznámky]]  }}
 
{{R | CB|Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta | {{pdf|cb-kmeans}} | [[CB08|poznámky]]  }}
 +
|-
 +
{{T|16.-22.11.|nebude}}
 
|-
 
|-
 
{{T|23.-29.11.|}}
 
{{T|23.-29.11.|}}

Verzia zo dňa a času 15:57, 21. september 2016

Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 1.10.2015: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov


19.-25.9.
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov
BV kap. 1
CI: Úvod do biológie
ZB kap. 1
CB: Úvod do informatiky, UCSC genome browser
26.9.-2.10
PR: nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40
CI: Úvod do pravdepodobnosti
CB: Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti I