1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2023/24

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle
Cvičenia vo štvrtok o 14:00 sú určené pre študentov BIN, INF, mINF, mAIN, DAV. Cvičenia vo štvrtok o 17:20 sú pre študentov z PriFUK a z fyzikálnych odborov. Obidvoje cvičenia sa budú konať už v prvom týždni semestra.
Quizzes can be found in Moodle.


Materials: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 43: Riadok 43:
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
 
{{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | | [[CI04|poznámky]] }}
 
{{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | | [[CI04|poznámky]] }}
{{R | CB|Úvod do pravdepodobnosti II, programy na zarovnávanie sekvencií| | [[CB04|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Programy na zarovnávanie sekvencií, dotploty, skórovacie schémy| | [[CB04|poznámky]] }}
<!--
+
 
|-
 
|-
 
{{T|17.-23.10.|}}
 
{{T|17.-23.10.|}}
Riadok 51: Riadok 50:
 
{{R | CI|BLAST, jadrá s medzerami | {{pdf|ci-seeds}} | [[CI05|poznámky]]  }}
 
{{R | CI|BLAST, jadrá s medzerami | {{pdf|ci-seeds}} | [[CI05|poznámky]]  }}
 
{{R | CB|Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov| {{pdf|cb-phylo}} | [[CB05|poznámky]]  }}
 
{{R | CB|Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov| {{pdf|cb-phylo}} | [[CB05|poznámky]]  }}
 +
<!--
 
|-
 
|-
 
{{T|24.10.-30.10.|}}
 
{{T|24.10.-30.10.|}}

Verzia zo dňa a času 15:10, 13. október 2016

Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 1.10.2015: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov


19.-25.9.
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov pdf, pdf
BV kap. 1
CI: Úvod do biológie pdf poznámky
ZB kap. 1
CB: Úvod do informatiky, UCSC genome browser pdf poznámky
26.9.-2.10
PR: nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 v F1-328
CI: Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní pdf poznámky
CB: Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti pdf poznámky
3.-9.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika pdf poznámky
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty pdf poznámky
10.-16.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií poznámky
CB: Programy na zarovnávanie sekvencií, dotploty, skórovacie schémy poznámky
17.-23.10.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) pdf
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
CI: BLAST, jadrá s medzerami pdf poznámky
CB: Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov pdf poznámky