1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2023/24

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Exam rules, example questions and syllabus
Groups for journal club have each their own group in Moodle.


Materials: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 21: Riadok 21:
 
{|
 
{|
 
|-
 
|-
−
{{T|19.-25.9.|}}
+
{{T|25.9.-1.10.|}}
 
{{R | PR| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | {{pdf|p-intro}}, {{pdf|p-seq}} | }}
 
{{R | PR| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | {{pdf|p-intro}}, {{pdf|p-seq}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 1}}
 
{{Lit | BV kap. 1}}
Riadok 28: Riadok 28:
 
{{R | CB| Úvod do informatiky, UCSC genome browser | {{pdf|cb-introcs}} |  [[CB01|poznámky]] }}
 
{{R | CB| Úvod do informatiky, UCSC genome browser | {{pdf|cb-introcs}} |  [[CB01|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
−
{{T|26.9.-2.10|}}
+
{{T|2.-8.10.|}}
 
{{R | PR| nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 v F1-328| | }}
 
{{R | PR| nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 v F1-328| | }}
 
{{R | CI| Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní | {{pdf|ci-coverage}} |  [[CI02|poznámky]]  }}
 
{{R | CI| Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní | {{pdf|ci-coverage}} |  [[CI02|poznámky]]  }}
 
{{R | CB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti | {{pdf|cb-dp}} |  [[CB02|poznámky]] }}
 
{{R | CB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti | {{pdf|cb-dp}} |  [[CB02|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
−
{{T|3.-9.10.|}}
+
{{T|9.-15.10.|}}
 
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie |  {{pdf|p-aln1}}  | }}
 
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie |  {{pdf|p-aln1}}  | }}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
Riadok 39: Riadok 39:
 
{{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty |  {{pdf|cb-dotplots}}| [[CB03|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty |  {{pdf|cb-dotplots}}| [[CB03|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
−
{{T|10.-16.10.|}}
+
{{T|16.-22.10.|}}
 
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p-aln2}} | }}
 
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p-aln2}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
Riadok 45: Riadok 45:
 
{{R | CB|Programy na zarovnávanie sekvencií, dotploty, skórovacie schémy| | [[CB04|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Programy na zarovnávanie sekvencií, dotploty, skórovacie schémy| | [[CB04|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
−
{{T|17.-23.10.|}}
+
{{T|23.-29.10.|}}
 
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p-gene}} | }}
 
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p-gene}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
 
{{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
Riadok 51: Riadok 51:
 
{{R | CB|Skryté Markovove modely, E-value, hľadanie génov | {{pdf|cb-evalue}}, {{pdf|cb-gene}} | [[CB05|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Skryté Markovove modely, E-value, hľadanie génov | {{pdf|cb-evalue}}, {{pdf|cb-gene}} | [[CB05|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
−
{{T|24.10.-30.10.|}}
+
{{T|30.10.-5.11.|}}
 
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p-phylo}} | }}
 
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p-phylo}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
 
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
Riadok 57: Riadok 57:
 
{{R | CB|Substitučné modely, bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov| {{pdf|cb-phylo}} | [[CB06|poznámky]]  }}
 
{{R | CB|Substitučné modely, bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov| {{pdf|cb-phylo}} | [[CB06|poznámky]]  }}
 
|-
 
|-
−
{{T|31.10-6.11.|}}
+
{{T|6.-12.11.|}}
 
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | {{pdf|p-compgen}} | }}
 
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | {{pdf|p-compgen}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
 
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
Riadok 63: Riadok 63:
 
{{R | CB|Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, Fitchov aloritmus| {{pdf|cb-compgen}} | [[CB07|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, Fitchov aloritmus| {{pdf|cb-compgen}} | [[CB07|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
−
{{T|7.-13.11.|}}
+
{{T|13.-19.11.|}}
 
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p-expr}} | }}
 
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p-expr}} | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
Riadok 69: Riadok 69:
 
{{R | CB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| {{pdf|cb-kmeans}} | [[CB08|poznámky]]  }}
 
{{R | CB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| {{pdf|cb-kmeans}} | [[CB08|poznámky]]  }}
 
|-
 
|-
−
{{T|14.-20.11.|sviatok}}
+
{{T|20.-26.11.|}}
 
|-
 
|-
−
{{T|21.-27.11.|}}
+
{{T|27.11.-3.12.|}}
 
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | {{pdf|p-prot}} | }}
 
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | {{pdf|p-prot}} | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
 
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
Riadok 77: Riadok 77:
 
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík, microarray dáta, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam | | [[CB09|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík, microarray dáta, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam | | [[CB09|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
−
{{T|28.11.-4.12.|}}
+
{{T|4.-10.12.|}}
 
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | {{pdf|p-rna}} | }}
 
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | {{pdf|p-rna}} | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
Riadok 83: Riadok 83:
 
{{R | CB| RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD | | [[CB10|poznámky]]  }}
 
{{R | CB| RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD | | [[CB10|poznámky]]  }}
 
|-
 
|-
−
{{T|5.-11.12.|}}
+
{{T|11.-17.12.|}}
 
{{R | PR| Populačná genetika | {{pdf|p-popgen}} | }}
 
{{R | PR| Populačná genetika | {{pdf|p-popgen}} | }}
 
{{Lit | }}
 
{{Lit | }}
Riadok 89: Riadok 89:
 
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika | {{pdf|cb-summary}}, {{pdf|cb-graphs}} | [[CB11|poznámky]]  }}
 
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika | {{pdf|cb-summary}}, {{pdf|cb-graphs}} | [[CB11|poznámky]]  }}
 
|-
 
|-
−
{{T|12.-18.12.|}}
+
{{T|18.-24.12.|}}
 
{{R | CI| Zhrnutie semestra, štruktúra populácie | {{pdf|ci-summary}} | [[CI12|poznámky]] }}
 
{{R | CI| Zhrnutie semestra, štruktúra populácie | {{pdf|ci-summary}} | [[CI12|poznámky]] }}
 
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
 
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
 
|-
 
|-
 
|}
 
|}

Verzia zo dňa a času 13:41, 27. september 2017

Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 1.10.2015: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov


25.9.-1.10.
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov pdf, pdf
BV kap. 1
CI: Úvod do biológie pdf poznámky
ZB kap. 1
CB: Úvod do informatiky, UCSC genome browser pdf poznámky
2.-8.10.
PR: nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 v F1-328
CI: Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní pdf poznámky
CB: Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti pdf poznámky
9.-15.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika pdf poznámky
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty pdf poznámky
16.-22.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií poznámky
CB: Programy na zarovnávanie sekvencií, dotploty, skórovacie schémy poznámky
23.-29.10.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely pdf
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
CI: BLAST, jadrá s medzerami pdf poznámky
CB: Skryté Markovove modely, E-value, hľadanie génov pdf, pdf poznámky
30.10.-5.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) pdf
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
CI: Algoritmy pre HMM pdf poznámky
CB: Substitučné modely, bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov pdf poznámky
6.-12.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM pdf
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
CI: Substitučné modely pdf poznámky
CB: Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, Fitchov aloritmus pdf poznámky
13.-19.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách pdf
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
CI: Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM pdf poznámky
CB: Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction pdf poznámky
20.-26.11.
27.11.-3.12.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov pdf
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
CI: Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním poznámky
CB: Úvod do bezkontextových gramatík, microarray dáta, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam poznámky
4.-10.12.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín pdf
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
CI: Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, zhlukovanie algoritmom k-means, úvod do bezkontextových gramatík pdf poznámky
CB: RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD poznámky
11.-17.12.
PR: Populačná genetika pdf
CI: RNA štruktúra, ukážky biologických databáz poznámky
CB: Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika pdf, pdf poznámky
18.-24.12.
CI: Zhrnutie semestra, štruktúra populácie pdf poznámky
PR: Nepovinné prezentácie
Zdroj: „http://compbio.fmph.uniba.sk/vyuka/mbi/index.php?title=Materials&oldid=1824“