1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2022/23

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Groups for journal club have each their own channel in MS Teams.


Materials: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 24: Riadok 24:
 
{{R | PR| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | {{pdf|p-intro}}, {{pdf|p-seq}} | }}
 
{{R | PR| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | {{pdf|p-intro}}, {{pdf|p-seq}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 1}}
 
{{Lit | BV kap. 1}}
{{R | CI| Úvod do biológie  | {{pdf|ci-introbio}} | [[CI01|poznámky]] }}
+
{{R | CI| Úvod do biológie  | {{pdf|ci-introbio}} | [[CI01|poznámky]] }}
 
{{Lit | ZB kap. 1}}
 
{{Lit | ZB kap. 1}}
 
{{R | CB| Úvod do informatiky, UCSC genome browser | {{pdf|cb-introcs}} |  [[CB01|poznámky]] }}
 
{{R | CB| Úvod do informatiky, UCSC genome browser | {{pdf|cb-introcs}} |  [[CB01|poznámky]] }}
Riadok 30: Riadok 30:
 
{{T|2.-8.10.|}}
 
{{T|2.-8.10.|}}
 
{{R | PR| nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 v F1-328| | }}
 
{{R | PR| nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 v F1-328| | }}
{{R | CI| Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní | <!-- {{pdf|ci-coverage}}--> | <!-- [[CI02|poznámky]] --> }}
+
{{R | CI| Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní | <!-- {{pdf|ci-coverage}} --> | [[CI02|poznámky]] }}
{{R | CB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti | <!-- {{pdf|cb-dp}} | [[CB02|poznámky]]--> }}
+
{{R | CB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti | <!-- {{pdf|cb-dp}} --> | [[CB02|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
 
{{T|9.-15.10.|}}
 
{{T|9.-15.10.|}}
 
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | <!-- {{pdf|p-aln1}} --> | }}
 
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | <!-- {{pdf|p-aln1}} --> | }}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
{{R | CI|Úvod do dynamického programovania, proteomika | <!-- {{pdf|ci-msms}} | [[CI03|poznámky]] --> }}
+
{{R | CI|Úvod do dynamického programovania, proteomika | <!-- {{pdf|ci-msms}} --> | [[CI03|poznámky]] }}
{{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty | <!-- {{pdf|cb-dotplots}}| [[CB03|poznámky]] --> }}
+
{{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty | <!-- {{pdf|cb-dotplots}} --> | [[CB03|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
 
{{T|16.-22.10.|}}
 
{{T|16.-22.10.|}}
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p-aln2}} | }}
+
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | <!-- {{pdf|p-aln2}} --> | }}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
{{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | | [[CI04|poznámky]] }}
+
{{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | | [[CI04|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Programy na zarovnávanie sekvencií, dotploty, skórovacie schémy| | [[CB04|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Programy na zarovnávanie sekvencií, dotploty, skórovacie schémy| | [[CB04|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
 
{{T|23.-29.10.|}}
 
{{T|23.-29.10.|}}
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p-gene}} | }}
+
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | <!-- {{pdf|p-gene}} --> | }}
 
{{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
 
{{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
{{R | CI|BLAST, jadrá s medzerami | {{pdf|ci-seeds}} | [[CI05|poznámky]]  }}
+
{{R | CI|BLAST, jadrá s medzerami | <!-- {{pdf|ci-seeds}} --> | [[CI05|poznámky]]  }}
{{R | CB|Skryté Markovove modely, E-value, hľadanie génov | {{pdf|cb-evalue}}, {{pdf|cb-gene}} | [[CB05|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Skryté Markovove modely, E-value, hľadanie génov | <!-- {{pdf|cb-evalue}}, {{pdf|cb-gene}}--> | [[CB05|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
 
{{T|30.10.-5.11.|}}
 
{{T|30.10.-5.11.|}}
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p-phylo}} | }}
+
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | <!-- {{pdf|p-phylo}} --> | }}
 
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
 
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
{{R | CI|Algoritmy pre HMM | {{pdf|ci-hmm}} | [[CI06|poznámky]] }}
+
{{R | CI|Algoritmy pre HMM | <!-- {{pdf|ci-hmm}} --> | [[CI06|poznámky]] }}
{{R | CB|Substitučné modely, bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov| {{pdf|cb-phylo}} | [[CB06|poznámky]]  }}
+
{{R | CB|Substitučné modely, bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov| <!-- {{pdf|cb-phylo}} --> | [[CB06|poznámky]]  }}
 
|-
 
|-
 
{{T|6.-12.11.|}}
 
{{T|6.-12.11.|}}
 
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | {{pdf|p-compgen}} | }}
 
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | {{pdf|p-compgen}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
 
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
{{R | CI|Substitučné modely | {{pdf|ci-matice}} | [[CI07|poznámky]] }}
+
{{R | CI|Substitučné modely | <!-- {{pdf|ci-matice}} --> | [[CI07|poznámky]] }}
{{R | CB|Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, Fitchov aloritmus| {{pdf|cb-compgen}} | [[CB07|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, Fitchov aloritmus| <!-- {{pdf|cb-compgen}} --> | [[CB07|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
 
{{T|13.-19.11.|}}
 
{{T|13.-19.11.|}}
 
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p-expr}} | }}
 
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p-expr}} | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
{{R | CI|Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM | {{pdf|ci-hmm}} | [[CI08|poznámky]] }}
+
{{R | CI|Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM | <!-- {{pdf|ci-hmm}} --> | [[CI08|poznámky]] }}
{{R | CB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| {{pdf|cb-kmeans}} | [[CB08|poznámky]]  }}
+
{{R | CB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| <!-- {{pdf|cb-kmeans}} --> | [[CB08|poznámky]]  }}
 
|-
 
|-
 
{{T|20.-26.11.|}}
 
{{T|20.-26.11.|}}
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | {{pdf|p-prot}} | }}
+
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | <!-- {{pdf|p-prot}} --> | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
 
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
 
{{R | CI|Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním |  |  [[CI09|poznámky]] }}
 
{{R | CI|Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním |  |  [[CI09|poznámky]] }}
Riadok 76: Riadok 76:
 
|-
 
|-
 
{{T|27.11.-3.12.|}}
 
{{T|27.11.-3.12.|}}
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | {{pdf|p-rna}} | }}
+
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | <!-- {{pdf|p-rna}} --> | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
{{R | CI| Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, zhlukovanie algoritmom k-means, úvod do bezkontextových gramatík |  {{pdf|cb-kmeans}}| [[CI10|poznámky]] |  }}
+
{{R | CI| Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, zhlukovanie algoritmom k-means, úvod do bezkontextových gramatík |  <!-- {{pdf|cb-kmeans}} --> | [[CI10|poznámky]] |  }}
 
{{R | CB| RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD | | [[CB10|poznámky]]  }}
 
{{R | CB| RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD | | [[CB10|poznámky]]  }}
 
|-
 
|-
 
{{T|4.-10.12.|}}
 
{{T|4.-10.12.|}}
{{R | PR| Populačná genetika | {{pdf|p-popgen}} | }}
+
{{R | PR| Populačná genetika | <!--  {{pdf|p-popgen}} --> | }}
 
{{Lit | }}
 
{{Lit | }}
 
{{R | CI| RNA štruktúra, ukážky biologických databáz |  | [[CI11|poznámky]] }}
 
{{R | CI| RNA štruktúra, ukážky biologických databáz |  | [[CI11|poznámky]] }}
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika | {{pdf|cb-summary}}, {{pdf|cb-graphs}} | [[CB11|poznámky]]  }}
+
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika | <!-- {{pdf|cb-summary}}, {{pdf|cb-graphs}} --> | [[CB11|poznámky]]  }}
 
|-
 
|-
 
{{T|11.-17.12.|}}
 
{{T|11.-17.12.|}}
{{R | CI| Zhrnutie semestra, štruktúra populácie | {{pdf|ci-summary}} | [[CI12|poznámky]] }}
+
{{R | CI| Zhrnutie semestra, štruktúra populácie | <!-- {{pdf|ci-summary}}--> | [[CI12|poznámky]] }}
 
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
 
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
 
|-
 
|-

Verzia zo dňa a času 12:50, 27. september 2017

Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 1.10.2015: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov


25.9.-1.10.
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov pdf, pdf
BV kap. 1
CI: Úvod do biológie pdf poznámky
ZB kap. 1
CB: Úvod do informatiky, UCSC genome browser pdf poznámky
2.-8.10.
PR: nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 v F1-328
CI: Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní poznámky
CB: Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti poznámky
9.-15.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika poznámky
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty poznámky
16.-22.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií poznámky
CB: Programy na zarovnávanie sekvencií, dotploty, skórovacie schémy poznámky
23.-29.10.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
CI: BLAST, jadrá s medzerami poznámky
CB: Skryté Markovove modely, E-value, hľadanie génov poznámky
30.10.-5.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
CI: Algoritmy pre HMM poznámky
CB: Substitučné modely, bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov poznámky
6.-12.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM pdf
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
CI: Substitučné modely poznámky
CB: Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, Fitchov aloritmus poznámky
13.-19.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách pdf
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
CI: Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM poznámky
CB: Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction poznámky
20.-26.11.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
CI: Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním poznámky
CB: Úvod do bezkontextových gramatík, microarray dáta, Uniprot, PSI-BLAST, Pfam poznámky
27.11.-3.12.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
CI: Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, zhlukovanie algoritmom k-means, úvod do bezkontextových gramatík poznámky
CB: RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD poznámky
4.-10.12.
PR: Populačná genetika
CI: RNA štruktúra, ukážky biologických databáz poznámky
CB: Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika poznámky
11.-17.12.
CI: Zhrnutie semestra, štruktúra populácie poznámky
PR: Nepovinné prezentácie
18.-24.12. Rezerva