1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2023/24

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Exam rules, example questions and syllabus
Groups for journal club have each their own group in Moodle.


Materials: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 21: Riadok 21:
 
{|
 
{|
 
|-
 
|-
{{T|25.9.-1.10.|}}
+
{{T|24.-30.9.|}}
 
{{R | PR| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | {{pdf|p-intro}}, {{pdf|p-seq}} | }}
 
{{R | PR| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | {{pdf|p-intro}}, {{pdf|p-seq}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 1}}
 
{{Lit | BV kap. 1}}
Riadok 28: Riadok 28:
 
{{R | CB| Úvod do informatiky, UCSC genome browser | {{pdf|cb-introcs}} |  [[CB01|poznámky]] }}
 
{{R | CB| Úvod do informatiky, UCSC genome browser | {{pdf|cb-introcs}} |  [[CB01|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
{{T|2.-8.10.|}}
+
{{T|1.-7.10.|}}
 
{{R | PR| nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 v F1-328| | }}
 
{{R | PR| nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 v F1-328| | }}
 
{{R | CI| Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní |  {{pdf|ci-coverage}}  | [[CI02|poznámky]]  }}
 
{{R | CI| Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní |  {{pdf|ci-coverage}}  | [[CI02|poznámky]]  }}
 
{{R | CB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti |  {{pdf|cb-dp}}  | [[CB02|poznámky]] }}
 
{{R | CB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti |  {{pdf|cb-dp}}  | [[CB02|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
{{T|9.-15.10.|}}
+
{{T|8.-14.10.|}}
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | {{pdf|p-aln1}} | }}
+
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | <!-- {{pdf|p-aln1}} --> | }}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
 +
<!--
 
{{R | CI|Úvod do dynamického programovania, proteomika |  {{pdf|ci-msms}} | [[CI03|poznámky]]  }}
 
{{R | CI|Úvod do dynamického programovania, proteomika |  {{pdf|ci-msms}} | [[CI03|poznámky]]  }}
 
{{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty |  {{pdf|cb-dotplots}} | [[CB03|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty |  {{pdf|cb-dotplots}} | [[CB03|poznámky]] }}
 +
-->
 
|-
 
|-
{{T|16.-22.10.|}}
+
{{T|15.-21.10.|}}
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p-aln2}} | }}
+
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | <!-- {{pdf|p-aln2}} --> | }}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
 +
<!--
 
{{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | |  [[CI04|poznámky]] }}
 
{{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | |  [[CI04|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy| | [[CB04|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy| | [[CB04|poznámky]] }}
 +
-->
 
|-
 
|-
{{T|23.-29.10.|}}
+
{{T|22.-28.10.|}}
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p-gene}} | }}
+
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | <!-- {{pdf|p-gene}} --> | }}
 
{{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
 
{{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
{{R | CI|BLAST, rýchle hľadanie podobnosti | <!-- {{pdf|ci-seeds}} --> | [[CI05|poznámky]]  }}
+
<!--
 +
{{R | CI|BLAST, rýchle hľadanie podobnosti | | [[CI05|poznámky]]  }}
 
{{R | CB|Skryté Markovove modely, E-value | {{pdf|cb-evalue}} | [[CB05|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Skryté Markovove modely, E-value | {{pdf|cb-evalue}} | [[CB05|poznámky]] }}
 +
-->
 +
<!-- {{pdf|ci-seeds}} -->
 
|-
 
|-
{{T|30.10.-5.11.|}}
+
{{T|29.10.-4.11.|sviatky}}
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p-phylo}} | }}
+
|-
 +
{{T|5.-11.11.|}}
 +
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | <!-- {{pdf|p-phylo}}--> | }}
 
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
 
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
 +
<!--
 
{{R | CI|Algoritmy pre HMM | {{pdf|ci-hmm}}  | [[CI06|poznámky]] }}
 
{{R | CI|Algoritmy pre HMM | {{pdf|ci-hmm}}  | [[CI06|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Substitučné modely, bootstrap| {{pdf|cb-phylo}} | [[CB06|poznámky]]  }}
 
{{R | CB|Substitučné modely, bootstrap| {{pdf|cb-phylo}} | [[CB06|poznámky]]  }}
 +
-->
 
|-
 
|-
{{T|6.-12.11.|}}
+
{{T|12.-18.11.|}}
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM |  {{pdf|p-compgen}} | }}
+
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM |  <!-- {{pdf|p-compgen}} --> | }}
 
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
 
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
 +
<!--
 
{{R | CI|Substitučné modely |  {{pdf|ci-matice}} | [[CI07|poznámky]] }}
 
{{R | CI|Substitučné modely |  {{pdf|ci-matice}} | [[CI07|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy, Fitchov aloritmus| {{pdf|cb-compgen}}, {{pdf|cb-gene}} | [[CB07|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy, Fitchov aloritmus| {{pdf|cb-compgen}}, {{pdf|cb-gene}} | [[CB07|poznámky]] }}
 +
-->
 
|-
 
|-
{{T|13.-19.11.|}}
+
{{T|19.-25.11.|}}
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p-expr}} | }}
+
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | <!-- {{pdf|p-expr}} --> | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
 +
<!--
 
{{R | CI|Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM |  {{pdf|ci-hmm}} | [[CI08|poznámky]] }}
 
{{R | CI|Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM |  {{pdf|ci-hmm}} | [[CI08|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| {{pdf|cb-kmeans}} | [[CB08|poznámky]]  }}
 
{{R | CB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| {{pdf|cb-kmeans}} | [[CB08|poznámky]]  }}
 +
-->
 
|-
 
|-
{{T|20.-26.11.|}}
+
{{T|26.11.-2.12.|}}
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | {{pdf|p-prot}} | }}
+
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | <!-- {{pdf|p-prot}} --> | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
 
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
 +
<!--
 
{{R | CI|Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním |  |  [[CI09|poznámky]] }}
 
{{R | CI|Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním |  |  [[CI09|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík, microarray dáta, Uniprot, Pfam | | [[CB09|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík, microarray dáta, Uniprot, Pfam | | [[CB09|poznámky]] }}
 +
-->
 
|-
 
|-
{{T|27.11.-3.12.|}}
+
{{T|3.-9.12.|}}
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | {{pdf|p-rna}} | }}
+
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | <!-- {{pdf|p-rna}} --> | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
 +
<!--
 
{{R | CI| Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík |  <!-- {{pdf|cb-kmeans}} --> | [[CI10|poznámky]] |  }}
 
{{R | CI| Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík |  <!-- {{pdf|cb-kmeans}} --> | [[CI10|poznámky]] |  }}
 
{{R | CB| Nussinovovej algoritmus | | [[CB10|poznámky]]  }}
 
{{R | CB| Nussinovovej algoritmus | | [[CB10|poznámky]]  }}
 +
-->
 
|-
 
|-
{{T|4.-10.12.|}}
+
{{T|10.-16.12.|}}
{{R | PR| Populačná genetika | {{pdf|p-popgen}} | }}
+
{{R | PR| Populačná genetika | <!-- {{pdf|p-popgen}} --> | }}
 
{{Lit | }}
 
{{Lit | }}
 +
<!--
 
{{R | CI| Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, RNA štruktúra  |  | [[CI11|poznámky]] }}
 
{{R | CI| Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania, RNA štruktúra  |  | [[CI11|poznámky]] }}
 
{{R | CB| Microarray dáta, PSI-BLAST, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD | | [[CB11|poznámky]]  }}
 
{{R | CB| Microarray dáta, PSI-BLAST, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD | | [[CB11|poznámky]]  }}
 +
-->
 
|-
 
|-
{{T|11.-17.12.|}}
+
{{T|17.-23.12.|}}
{{R | CI| Zhrnutie semestra, štruktúra populácie | {{pdf|ci-summary}} | [[CI12|poznámky]] }}
+
{{R | CI| Zhrnutie semestra, štruktúra populácie | <!-- {{pdf|ci-summary}} --> | [[CI12|poznámky]] }}
 +
<!--
 
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
 
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
 
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika | {{pdf|cb-summary}}, {{pdf|cb-graphs}} | [[CB12|poznámky]]  }}
 
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, populačná genetika | {{pdf|cb-summary}}, {{pdf|cb-graphs}} | [[CB12|poznámky]]  }}
|-
+
-->
{{T|18.-24.12.|Rezerva}}
+
 
|-
 
|-
 
|}
 
|}

Verzia zo dňa a času 19:40, 26. september 2018

Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 1.10.2015: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov


-->
24.-30.9.
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov pdf, pdf
BV kap. 1
CI: Úvod do biológie pdf poznámky
ZB kap. 1
CB: Úvod do informatiky, UCSC genome browser pdf poznámky
1.-7.10.
PR: nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 v F1-328
CI: Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní pdf poznámky
CB: Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti pdf poznámky
8.-14.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
15.-21.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
22.-28.10.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
29.10.-4.11. sviatky
5.-11.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
12.-18.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
19.-25.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
26.11.-2.12.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
3.-9.12.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
poznámky | }}
CB: Nussinovovej algoritmus poznámky
10.-16.12.
PR: Populačná genetika
17.-23.12.
CI: Zhrnutie semestra, štruktúra populácie poznámky