1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2022/23

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Groups for journal club have each their own channel in MS Teams.


Materials: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 21: Riadok 21:
 
{|
 
{|
 
|-
 
|-
{{T|24.-30.9.|}}
+
{{T|23.-29.9.|}}
 
{{R | PR| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | {{pdf|p-intro}}, {{pdf|p-seq}} | }}
 
{{R | PR| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | {{pdf|p-intro}}, {{pdf|p-seq}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 1}}
 
{{Lit | BV kap. 1}}
Riadok 28: Riadok 28:
 
{{R | CB| Úvod do informatiky, UCSC genome browser | {{pdf|cb-introcs}} |  [[CB01|poznámky]] }}
 
{{R | CB| Úvod do informatiky, UCSC genome browser | {{pdf|cb-introcs}} |  [[CB01|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
{{T|1.-7.10.|}}
+
{{T|30.9.-6.10.|}}
 
{{R | PR| Zostavovanie genómov 2 | {{pdf|p-seq2}} | }}
 
{{R | PR| Zostavovanie genómov 2 | {{pdf|p-seq2}} | }}
 
{{R | CI| Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní |  {{pdf|ci-coverage}} | [[CI02|poznámky]] }}
 
{{R | CI| Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní |  {{pdf|ci-coverage}} | [[CI02|poznámky]] }}
 
{{R | CB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti | {{pdf|cb-dp}} | [[CB02|poznámky]] }}
 
{{R | CB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti | {{pdf|cb-dp}} | [[CB02|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
{{T|8.-14.10.|}}
+
{{T|7.-13.10.|}}
 
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | {{pdf|p-aln1}} | }}
 
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | {{pdf|p-aln1}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
Riadok 39: Riadok 39:
 
{{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty |  {{pdf|cb-dotplots}} | [[CB03|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty |  {{pdf|cb-dotplots}} | [[CB03|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
{{T|15.-21.10.|}}
+
{{T|14.-20.10.|}}
 
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p-aln2}} | }}
 
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p-aln2}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
Riadok 45: Riadok 45:
 
{{R | CB|Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy| | [[CB04|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy| | [[CB04|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
{{T|22.-28.10.|}}
+
{{T|21.-27.10.|}}
 
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p-gene}} | }}
 
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p-gene}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
 
{{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
Riadok 52: Riadok 52:
 
<!-- {{pdf|ci-seeds}} -->
 
<!-- {{pdf|ci-seeds}} -->
 
|-
 
|-
{{T|29.10.-4.11.|sviatky}}
+
{{T|28.10.-2.11.|sviatky}}
 
|-
 
|-
{{T|5.-11.11.|}}
+
{{T|3.-10.11.|}}
 
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p-phylo}} | }}
 
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p-phylo}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
 
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
Riadok 60: Riadok 60:
 
{{R | CB|Substitučné modely, bootstrap, Fitchov aloritmus | {{pdf|cb-phylo}} | [[CB06|poznámky]]  }}
 
{{R | CB|Substitučné modely, bootstrap, Fitchov aloritmus | {{pdf|cb-phylo}} | [[CB06|poznámky]]  }}
 
|-
 
|-
{{T|12.-18.11.|}}
+
{{T|11.-17.11.|}}
 
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM |  {{pdf|p-compgen}} | }}
 
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM |  {{pdf|p-compgen}} | }}
 
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
 
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
Riadok 66: Riadok 66:
 
{{R | CB|Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy | {{pdf|cb-compgen}}, {{pdf|cb-gene}} | [[CB07|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy | {{pdf|cb-compgen}}, {{pdf|cb-gene}} | [[CB07|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
{{T|19.-25.11.|}}
+
{{T|18.-24.11.|}}
 
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p-expr}} | }}
 
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p-expr}} | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
Riadok 72: Riadok 72:
 
{{R | CB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| {{pdf|cb-kmeans}} | [[CB08|poznámky]]  }}
 
{{R | CB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| {{pdf|cb-kmeans}} | [[CB08|poznámky]]  }}
 
|-
 
|-
{{T|26.11.-2.12.|}}
+
{{T|25.11.-1.12.|}}
 
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | {{pdf|p-prot}} | }}
 
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | {{pdf|p-prot}} | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
 
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
Riadok 78: Riadok 78:
 
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot | | [[CB09|poznámky]] }}
 
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot | | [[CB09|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
{{T|3.-9.12.|}}
+
{{T|2.-8.12.|}}
 
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | {{pdf|p-rna}}  | }}
 
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | {{pdf|p-rna}}  | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
Riadok 84: Riadok 84:
 
{{R | CB| Nussinovovej algoritmus | | [[CB10|poznámky]]  }}
 
{{R | CB| Nussinovovej algoritmus | | [[CB10|poznámky]]  }}
 
|-
 
|-
{{T|10.-16.12.|}}
+
{{T|9.-15.12.|}}
 
{{R | PR| Populačná genetika | {{pdf|p-popgen}} | }}
 
{{R | PR| Populačná genetika | {{pdf|p-popgen}} | }}
 
{{Lit | }}
 
{{Lit | }}
Riadok 90: Riadok 90:
 
{{R | CB| Microarray dáta, PSI-BLAST, Pfam, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika | | [[CB11|poznámky]]  }}
 
{{R | CB| Microarray dáta, PSI-BLAST, Pfam, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika | | [[CB11|poznámky]]  }}
 
|-
 
|-
{{T|17.-23.12.|}}
+
{{T|16.-22.12.|}}
 
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
 
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
 
{{R | CI| Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania | {{pdf|ci-summary}} | [[CI12|poznámky]] }}
 
{{R | CI| Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania | {{pdf|ci-summary}} | [[CI12|poznámky]] }}

Verzia zo dňa a času 16:55, 23. september 2019

Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 1.10.2015: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov


23.-29.9.
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov pdf, pdf
BV kap. 1
CI: Úvod do biológie pdf poznámky
ZB kap. 1
CB: Úvod do informatiky, UCSC genome browser pdf poznámky
30.9.-6.10.
PR: Zostavovanie genómov 2 pdf
CI: Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní pdf poznámky
CB: Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti pdf poznámky
7.-13.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika pdf poznámky
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty pdf poznámky
14.-20.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií poznámky
CB: Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy poznámky
21.-27.10.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely pdf
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
CI: BLAST, rýchle hľadanie podobnosti poznámky
CB: Skryté Markovove modely, E-value pdf poznámky
28.10.-2.11. sviatky
3.-10.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) pdf
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
CI: Algoritmy pre HMM pdf poznámky
CB: Substitučné modely, bootstrap, Fitchov aloritmus pdf poznámky
11.-17.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM pdf
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
CI: Substitučné modely pdf poznámky
CB: Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy pdf, pdf poznámky
18.-24.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách pdf
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
CI: Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM pdf poznámky
CB: Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction pdf poznámky
25.11.-1.12.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov pdf
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
CI: Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním poznámky
CB: Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot poznámky
2.-8.12.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín pdf
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
CI: Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík poznámky
CB: Nussinovovej algoritmus poznámky
9.-15.12.
PR: Populačná genetika pdf
CI: RNA štruktúra poznámky
CB: Microarray dáta, PSI-BLAST, Pfam, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika poznámky
16.-22.12.
PR: Nepovinné prezentácie
CI: Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania pdf poznámky
CB: Zhrnutie semestra, grafy, ukážka práce na príkazovom riadku pdf, pdf poznámky