1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2022/23

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Groups for journal club have each their own channel in MS Teams.


Materials: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 29: Riadok 29:
 
|-
 
|-
 
{{T|30.9.-6.10.|}}
 
{{T|30.9.-6.10.|}}
{{R | PR| Zostavovanie genómov 2 | {{pdf|p-seq2}} | }}
+
{{R | PR| Zostavovanie genómov 2 | <!-- {{pdf|p-seq2}}--> | }}
{{R | CI| Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní |   {{pdf|ci-coverage}} | [[CI02|poznámky]] }}
+
{{R | CI| Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní | <!--  {{pdf|ci-coverage}} --> | <!-- [[CI02|poznámky]] -->}}
{{R | CB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti | {{pdf|cb-dp}} | [[CB02|poznámky]] }}
+
{{R | CB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti | <!-- {{pdf|cb-dp}} --> | <!-- [[CB02|poznámky]] --> }}
 
|-
 
|-
 
{{T|7.-13.10.|}}
 
{{T|7.-13.10.|}}
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | {{pdf|p-aln1}} | }}
+
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | <!-- {{pdf|p-aln1}}--> | }}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
{{R | CI|Úvod do dynamického programovania, proteomika |  {{pdf|ci-msms}} | [[CI03|poznámky]]  }}
+
{{R | CI|Úvod do dynamického programovania, proteomika |  <!-- {{pdf|ci-msms}}--> | <!-- [[CI03|poznámky]]--> }}
{{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty |  {{pdf|cb-dotplots}} | [[CB03|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty |  <!-- {{pdf|cb-dotplots}}--> | <!-- [[CB03|poznámky]]--> }}
 
|-
 
|-
 
{{T|14.-20.10.|}}
 
{{T|14.-20.10.|}}
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p-aln2}} | }}
+
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | <!-- {{pdf|p-aln2}} -->| }}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
 
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
{{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | |  [[CI04|poznámky]] }}
+
{{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | |  <!-- [[CI04|poznámky]]--> }}
{{R | CB|Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy| | [[CB04|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy| | <!-- [[CB04|poznámky]]--> }}
 
|-
 
|-
 
{{T|21.-27.10.|}}
 
{{T|21.-27.10.|}}
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p-gene}} | }}
+
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | <!-- {{pdf|p-gene}}--> | }}
 
{{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
 
{{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
{{R | CI|BLAST, rýchle hľadanie podobnosti |  |  [[CI05|poznámky]]  }}
+
{{R | CI|BLAST, rýchle hľadanie podobnosti |  |  <!-- [[CI05|poznámky]]--> }}
{{R | CB|Skryté Markovove modely, E-value | {{pdf|cb-evalue}}| [[CB05|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Skryté Markovove modely, E-value | <!-- {{pdf|cb-evalue}}--> | <!-- [[CB05|poznámky]]--> }}
 
<!-- {{pdf|ci-seeds}} -->
 
<!-- {{pdf|ci-seeds}} -->
 
|-
 
|-
Riadok 55: Riadok 55:
 
|-
 
|-
 
{{T|3.-10.11.|}}
 
{{T|3.-10.11.|}}
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p-phylo}} | }}
+
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | <!--{{pdf|p-phylo}}--> | }}
 
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
 
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
{{R | CI|Algoritmy pre HMM | {{pdf|ci-hmm}}  | [[CI06|poznámky]] }}
+
{{R | CI|Algoritmy pre HMM | <!--{{pdf|ci-hmm}}--> | <!--[[CI06|poznámky]]--> }}
{{R | CB|Substitučné modely, bootstrap, Fitchov aloritmus | {{pdf|cb-phylo}} | [[CB06|poznámky]]  }}
+
{{R | CB|Substitučné modely, bootstrap, Fitchov aloritmus | <!--{{pdf|cb-phylo}} | <!--[[CB06|poznámky]]-->   }}
 
|-
 
|-
 
{{T|11.-17.11.|}}
 
{{T|11.-17.11.|}}
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM |  {{pdf|p-compgen}} | }}
+
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM |  <!--{{pdf|p-compgen}}--> | }}
 
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
 
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
{{R | CI|Substitučné modely |  {{pdf|ci-matice}} | [[CI07|poznámky]] }}
+
{{R | CI|Substitučné modely |  <!--{{pdf|ci-matice}}--> | <!--[[CI07|poznámky]]--> }}
{{R | CB|Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy | {{pdf|cb-compgen}}, {{pdf|cb-gene}} | [[CB07|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy | <!--{{pdf|cb-compgen}}-->, <!--{{pdf|cb-gene}}--> | <!--[[CB07|poznámky]]--> }}
 
|-
 
|-
 
{{T|18.-24.11.|}}
 
{{T|18.-24.11.|}}
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p-expr}} | }}
+
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | <!--{{pdf|p-expr}}--> | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
{{R | CI|Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM |  {{pdf|ci-hmm}} | [[CI08|poznámky]] }}
+
{{R | CI|Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM |  <!--{{pdf|ci-hmm}}--> | <!--[[CI08|poznámky]]--> }}
{{R | CB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| {{pdf|cb-kmeans}} | [[CB08|poznámky]]  }}
+
{{R | CB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| <!--{{pdf|cb-kmeans}}--> | <!--[[CB08|poznámky]]--> }}
 
|-
 
|-
 
{{T|25.11.-1.12.|}}
 
{{T|25.11.-1.12.|}}
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | {{pdf|p-prot}} | }}
+
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | <!--{{pdf|p-prot}}--> | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
 
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
{{R | CI|Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním |  |  [[CI09|poznámky]] }}
+
{{R | CI|Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním |  |  <!--[[CI09|poznámky]]--> }}
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot | | [[CB09|poznámky]] }}
+
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot | | <!--[[CB09|poznámky]]--> }}
 
|-
 
|-
 
{{T|2.-8.12.|}}
 
{{T|2.-8.12.|}}
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | {{pdf|p-rna}}  | }}
+
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | <!--{{pdf|p-rna}}--> | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
{{R | CI| Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík |  | [[CI10|poznámky]] |  }}
+
{{R | CI| Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík |  | <!--[[CI10|poznámky]]--> |  }}
{{R | CB| Nussinovovej algoritmus | | [[CB10|poznámky]]  }}
+
{{R | CB| Nussinovovej algoritmus | | <!--[[CB10|poznámky]]--> }}
 
|-
 
|-
 
{{T|9.-15.12.|}}
 
{{T|9.-15.12.|}}
{{R | PR| Populačná genetika | {{pdf|p-popgen}} | }}
+
{{R | PR| Populačná genetika | <!--{{pdf|p-popgen}}--> | }}
 
{{Lit | }}
 
{{Lit | }}
{{R | CI| RNA štruktúra  |  | [[CI11|poznámky]] }}
+
{{R | CI| RNA štruktúra  |  | <!--[[CI11|poznámky]]--> }}
{{R | CB| Microarray dáta, PSI-BLAST, Pfam, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika | | [[CB11|poznámky]]  }}
+
{{R | CB| Microarray dáta, PSI-BLAST, Pfam, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika | | <!--[[CB11|poznámky]]--> }}
 
|-
 
|-
 
{{T|16.-22.12.|}}
 
{{T|16.-22.12.|}}
 
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
 
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
{{R | CI| Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania | {{pdf|ci-summary}} | [[CI12|poznámky]] }}
+
{{R | CI| Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania | <!--{{pdf|ci-summary}}--> | <!--[[CI12|poznámky]]--> }}
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, ukážka práce na príkazovom riadku | {{pdf|cb-summary}}, {{pdf|cb-graphs}} | [[CB12|poznámky]] }}
+
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, ukážka práce na príkazovom riadku | <!--{{pdf|cb-summary}}-->, <!--{{pdf|cb-graphs}}--> | <!--[[CB12|poznámky]]--> }}
 
|-
 
|-
 
|}
 
|}

Verzia zo dňa a času 17:20, 23. september 2019

Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 1.10.2015: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov


23.-29.9.
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov pdf, pdf
BV kap. 1
CI: Úvod do biológie pdf poznámky
ZB kap. 1
CB: Úvod do informatiky, UCSC genome browser pdf poznámky
30.9.-6.10.
PR: Zostavovanie genómov 2
CI: Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní
CB: Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti
7.-13.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty
14.-20.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií
CB: Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy
21.-27.10.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
CI: BLAST, rýchle hľadanie podobnosti
CB: Skryté Markovove modely, E-value
28.10.-2.11. sviatky
3.-10.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
CI: Algoritmy pre HMM
CB: Substitučné modely, bootstrap, Fitchov aloritmus {{{4}}}
11.-17.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
CI: Substitučné modely
CB: Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy ,
18.-24.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
CI: Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM
CB: Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction
25.11.-1.12.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
CI: Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním
CB: Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot
2.-8.12.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
CI: Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík
CB: Nussinovovej algoritmus
9.-15.12.
PR: Populačná genetika
CI: RNA štruktúra
CB: Microarray dáta, PSI-BLAST, Pfam, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika
16.-22.12.
PR: Nepovinné prezentácie
CI: Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania
CB: Zhrnutie semestra, grafy, ukážka práce na príkazovom riadku ,