1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2022/23

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Groups for journal club have each their own channel in MS Teams.


Materials: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 59: Riadok 59:
 
|-
 
|-
 
{{T|27.10.-1.11.|}}
 
{{T|27.10.-1.11.|}}
|-
 
{{T|2.-8.11.|}}
 
 
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | <!-- {{pdf|p-phylo}} --> | }}
 
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | <!-- {{pdf|p-phylo}} --> | }}
 
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
 
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
Riadok 66: Riadok 64:
 
{{R | CB|Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu <!-- Fitchov algoritmus --> | <!-- {{pdf|cb-phylo}} --> | <!-- [[CB06|poznámky]] -->  }}
 
{{R | CB|Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu <!-- Fitchov algoritmus --> | <!-- {{pdf|cb-phylo}} --> | <!-- [[CB06|poznámky]] -->  }}
 
|-
 
|-
{{T|9.-15.11.|}}
+
{{T|2.-8.11.|}}
 
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM |  <!-- {{pdf|p-compgen}} --> | }}
 
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM |  <!-- {{pdf|p-compgen}} --> | }}
 
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
 
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}
Riadok 72: Riadok 70:
 
{{R | CB|Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy | <!-- {{pdf|cb-compgen}}, {{pdf|cb-gene}} --> | <!-- [[CB07|poznámky]] --> }}
 
{{R | CB|Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy | <!-- {{pdf|cb-compgen}}, {{pdf|cb-gene}} --> | <!-- [[CB07|poznámky]] --> }}
 
|-
 
|-
{{T|16.-22.11.|}}
+
{{T|9.-15.11.|}}
 
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | <!-- {{pdf|p-expr}} --> | }}
 
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | <!-- {{pdf|p-expr}} --> | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
 
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
Riadok 78: Riadok 76:
 
{{R | CB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| <!-- {{pdf|cb-kmeans}} --> | <!-- [[CB08|poznámky]] --> }}
 
{{R | CB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| <!-- {{pdf|cb-kmeans}} --> | <!-- [[CB08|poznámky]] --> }}
 
|-
 
|-
{{T|23.-29.11.|}}
+
{{T|16.-22.11.|}}
 
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov |  <!-- {{pdf|p-prot}} --> | }}
 
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov |  <!-- {{pdf|p-prot}} --> | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
 
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
Riadok 84: Riadok 82:
 
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot | | <!-- [[CB09|poznámky]] --> }}
 
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot | | <!-- [[CB09|poznámky]] --> }}
 
|-
 
|-
{{T|30.11.-6.12.|}}
+
{{T|23.-29.11.|}}
 
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | <!-- {{pdf|p-rna}} --> | }}
 
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | <!-- {{pdf|p-rna}} --> | }}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
 
{{Lit | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}
Riadok 90: Riadok 88:
 
{{R | CB| Nussinovovej algoritmus | | <!-- [[CB10|poznámky]] --> }}
 
{{R | CB| Nussinovovej algoritmus | | <!-- [[CB10|poznámky]] --> }}
 
|-
 
|-
{{T|7.-13.12.|}}
+
{{T|30.11.-6.12.|}}
 
{{R | PR| Populačná genetika | <!-- {{pdf|p-popgen}} --> | }}
 
{{R | PR| Populačná genetika | <!-- {{pdf|p-popgen}} --> | }}
 
{{Lit | }}
 
{{Lit | }}
Riadok 96: Riadok 94:
 
{{R | CB| Microarray dáta, PSI-BLAST, Pfam, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika | | <!-- [[CB11|poznámky]] -->  }}
 
{{R | CB| Microarray dáta, PSI-BLAST, Pfam, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika | | <!-- [[CB11|poznámky]] -->  }}
 
|-
 
|-
{{T|14.-20.12.|}}
+
{{T|7.-13.12.|}}
 
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
 
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
 
{{R | CI| Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania | <!-- {{pdf|ci-summary}} --> | <!-- [[CI12|poznámky]] --> }}
 
{{R | CI| Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania | <!-- {{pdf|ci-summary}} --> | <!-- [[CI12|poznámky]] --> }}
 
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, ukážka práce na príkazovom riadku | <!-- {{pdf|cb-summary}}, {{pdf|cb-graphs}} --> | <!-- [[CB12|poznámky]] --> }}
 
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, ukážka práce na príkazovom riadku | <!-- {{pdf|cb-summary}}, {{pdf|cb-graphs}} --> | <!-- [[CB12|poznámky]] --> }}
 +
|-
 +
{{T|14.-20.12.|Rezerva}}
 
|-
 
|-
 
|}
 
|}

Verzia zo dňa a času 09:50, 24. september 2020

Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 1.10.2015: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
    K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-D-21
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
    K dispozícii v knižnici FMFI k prezenčnému používaniu, signatúra I-INF-Z-2

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

Videozáznamy prednášok zo školského roku 2018/19


Poznámky a prezentácie

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov


21.-27.9.
PR: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov pdf, pdf
BV kap. 1
CI: Úvod do biológie pdf poznámky
ZB kap. 1
CB: Úvod do informatiky, UCSC genome browser pdf poznámky
28.9.-4.10.
PR: Zostavovanie genómov 2
CI: Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní
CB: Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti
5.-11.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
CI: Úvod do dynamického programovania, proteomika
CB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty
12.-18.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
CI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií
CB: Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy
19.-25.10.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
CI: Rýchle hľadanie podobnosti, BLAST, MinHash
CB: Skryté Markovove modely, E-value
27.10.-1.11.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
CI: Algoritmy pre HMM
CB: Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu
2.-8.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8
CI: Substitučné modely
CB: Gény v UCSC browseri, komparatívna genomika, fylogenetické stromy
9.-15.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
CI: Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM, vzorové riešenia DÚ1
CB: Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction
16.-22.11.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
CI: Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním
CB: Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot
23.-29.11.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
CI: Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík
CB: Nussinovovej algoritmus
30.11.-6.12.
PR: Populačná genetika
CI: RNA štruktúra
CB: Microarray dáta, PSI-BLAST, Pfam, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika
7.-13.12.
PR: Nepovinné prezentácie
CI: Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania
CB: Zhrnutie semestra, grafy, ukážka práce na príkazovom riadku
14.-20.12. Rezerva