1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2022/23

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Groups for journal club have each their own channel in MS Teams.


Materials: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 15: Riadok 15:
 
'''Notes and presentations'''
 
'''Notes and presentations'''
  
PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov
+
L: lecture (everybody), TI: tutorial for computer science/informatics students,
 +
TB: tutorial for biology/chemistry/physics students
  
 
<!--
 
<!--
 
Pouzitie sablon:
 
Pouzitie sablon:
 
tyzden: {{T|datumy od-do|nepovinny dalsi text}}
 
tyzden: {{T|datumy od-do|nepovinny dalsi text}}
riadok (hodina): {{R| aka hodina, t.j. PR alebo CI alebo CB| popis | {{pdf|meno pdf suboru}} | [[wiki poznamky|poznamky]] }}
+
riadok (hodina): {{R| aka hodina, t.j. L alebo TI alebo TB| popis | {{pdf|meno pdf suboru}} | [[wiki poznamky|poznamky]] }}
 
literatura: {{Lit | cisla kapitol}}
 
literatura: {{Lit | cisla kapitol}}
  
pozor cvicenia pre biologiv v 2020 netradicne rozdelene, lebo chaos prve dva tyzdne!!
+
pozor cvicenia pre biologov v 2020 netradicne rozdelene, lebo chaos prve dva tyzdne!!
 
-->
 
-->
  
Riadok 29: Riadok 30:
 
|-
 
|-
 
{{T|21.-27.9.|}}
 
{{T|21.-27.9.|}}
{{R | PR| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | {{pdf|p-intro}}, {{pdf|p-seq}} | }}
+
{{R | L| Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | {{pdf|p-intro}}, {{pdf|p-seq}} | }}
 
{{Lit2 | BV kap. 1}}, [https://www.youtube.com/watch?v=3HI-wKmTuSs video 1] [https://www.youtube.com/watch?v=iHt5WPVFd7E video 2]
 
{{Lit2 | BV kap. 1}}, [https://www.youtube.com/watch?v=3HI-wKmTuSs video 1] [https://www.youtube.com/watch?v=iHt5WPVFd7E video 2]
{{R | CI| Úvod do biológie  | {{pdf|ci-introbio}} | [[CI01|poznámky]] }}
+
{{R | TI| Úvod do biológie  | {{pdf|ci-introbio}} | [[CI01|poznámky]] }}
 
{{Lit2 | ZB kap. 1}}, [https://www.youtube.com/watch?v=EtPqUOHTJD4 video]
 
{{Lit2 | ZB kap. 1}}, [https://www.youtube.com/watch?v=EtPqUOHTJD4 video]
{{R | CB| Úvod do informatiky, UCSC genome browser | {{pdf|cb-introcs}} |  [[CB01|poznámky]] }}
+
{{R | TB| Úvod do informatiky, UCSC genome browser | {{pdf|cb-introcs}} |  [[CB01|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
 
{{T|28.9.-4.10.|}}
 
{{T|28.9.-4.10.|}}
{{R | PR| Zostavovanie genómov 2 | {{pdf|p-seq2}} | }}
+
{{R | L| Zostavovanie genómov 2 | {{pdf|p-seq2}} | }}
 
{{Lit2 | }} [https://www.youtube.com/watch?v=YvZlTL1qyUg video]
 
{{Lit2 | }} [https://www.youtube.com/watch?v=YvZlTL1qyUg video]
{{R | CI| Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní | <!-- {{pdf|ci-coverage}}  --> | [[CI02|poznámky]] }}
+
{{R | TI| Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní | <!-- {{pdf|ci-coverage}}  --> | [[CI02|poznámky]] }}
{{R | CB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti | {{pdf|cb-dp}} | [[CB02|poznámky]] }}
+
{{R | TB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti | {{pdf|cb-dp}} | [[CB02|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
 
{{T|5.-11.10.|}}
 
{{T|5.-11.10.|}}
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie |  {{pdf|p-aln1}} | }}
+
{{R | L| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie |  {{pdf|p-aln1}} | }}
 
{{Lit2 | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}, [https://www.youtube.com/watch?v=0GkhkRiqbl4 video]
 
{{Lit2 | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}, [https://www.youtube.com/watch?v=0GkhkRiqbl4 video]
{{R | CI|Úvod do dynamického programovania, proteomika | <!-- {{pdf|ci-msms}} --> |  [[CI03|poznámky]] }}
+
{{R | TI|Úvod do dynamického programovania, proteomika | <!-- {{pdf|ci-msms}} --> |  [[CI03|poznámky]] }}
{{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty | {{pdf|cb-dotplots}} |  [[CB03|poznámky]] }}
+
{{R | TB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty | {{pdf|cb-dotplots}} |  [[CB03|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
 
{{T|12.-18.10.|}}
 
{{T|12.-18.10.|}}
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p-aln2}} | }}
+
{{R | L| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p-aln2}} | }}
 
{{Lit2 | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}, [https://www.youtube.com/watch?v=jkQGXiqKbxM video]
 
{{Lit2 | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}, [https://www.youtube.com/watch?v=jkQGXiqKbxM video]
{{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | |  [[CI04|poznámky]] }}
+
{{R | TI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | |  [[CI04|poznámky]] }}
{{R | CB|Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy| | [[CB04|poznámky]] }}
+
{{R | TB|Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy| | [[CB04|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
 
{{T|19.-25.10.|}}
 
{{T|19.-25.10.|}}
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p-gene}} | }}
+
{{R | L| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p-gene}} | }}
 
{{Lit2 | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}, [https://www.youtube.com/watch?v=jkQGXiqKbxM video]
 
{{Lit2 | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}, [https://www.youtube.com/watch?v=jkQGXiqKbxM video]
{{R | CI|Rýchle hľadanie podobnosti, BLAST, MinHash |  | [[CI05|poznámky]] }}
+
{{R | TI|Rýchle hľadanie podobnosti, BLAST, MinHash |  | [[CI05|poznámky]] }}
{{R | CB|Skryté Markovove modely, programy na zarovnávanie sekvencií |  | [[CB05|poznámky]] }}
+
{{R | TB|Skryté Markovove modely, programy na zarovnávanie sekvencií |  | [[CB05|poznámky]] }}
 
<!-- {{pdf|ci-seeds}} -->
 
<!-- {{pdf|ci-seeds}} -->
 
|-
 
|-
 
{{T|27.10.-1.11.|}}
 
{{T|27.10.-1.11.|}}
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p-phylo}} | }}
+
{{R | L| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p-phylo}} | }}
 
{{Lit2 | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}, [https://youtu.be/RzfNHvZH4l8 video]
 
{{Lit2 | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}, [https://youtu.be/RzfNHvZH4l8 video]
{{R | CI|Algoritmy pre HMM | <!-- {{pdf|ci-hmm}} -->  | [[CI06|poznámky]] }}
+
{{R | TI|Algoritmy pre HMM | <!-- {{pdf|ci-hmm}} -->  | [[CI06|poznámky]] }}
{{R | CB|Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu, fylogenetické stromy <!-- Fitchov algoritmus --> | <!-- {{pdf|cb-phylo}} --> {{pdf|cb-phylo-en}} | [[CB06|poznámky]] }}
+
{{R | TB|Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu, fylogenetické stromy <!-- Fitchov algoritmus --> | <!-- {{pdf|cb-phylo}} --> {{pdf|cb-phylo-en}} | [[CB06|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
 
{{T|2.-8.11.|}}
 
{{T|2.-8.11.|}}
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM |  {{pdf|p-compgen}}  | }}
+
{{R | L| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM |  {{pdf|p-compgen}}  | }}
 
{{Lit2 | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}, [https://youtu.be/1WM4QI2qx8A video]
 
{{Lit2 | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}}, [https://youtu.be/1WM4QI2qx8A video]
{{R | CI|Substitučné modely |  <!-- {{pdf|ci-matice}} --> |  [[CI07|poznámky]] }}
+
{{R | TI|Substitučné modely |  <!-- {{pdf|ci-matice}} --> |  [[CI07|poznámky]] }}
{{R | CB|E-hodnota, fylogenetické stromy | {{pdf|cb-evalue}} <!-- {{pdf|cb-compgen}}, {{pdf|cb-gene}}--> | [[CB07|poznámky]] }}
+
{{R | TB|E-hodnota, fylogenetické stromy | {{pdf|cb-evalue}} <!-- {{pdf|cb-compgen}}, {{pdf|cb-gene}}--> | [[CB07|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
 
{{T|9.-15.11.|}}
 
{{T|9.-15.11.|}}
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p-expr}} | }}
+
{{R | L| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p-expr}} | }}
 
{{Lit2 | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}, [https://youtu.be/GFJ_oDV1KGU video]
 
{{Lit2 | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}, [https://youtu.be/GFJ_oDV1KGU video]
{{R | CI|Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM, vzorové riešenia DÚ1 | <!-- {{pdf|ci-hmm}} --> | [[CI08|poznámky]] }}
+
{{R | TI|Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM, vzorové riešenia DÚ1 | <!-- {{pdf|ci-hmm}} --> | [[CI08|poznámky]] }}
{{R | CB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| {{pdf|cb-kmeans}} {{pdf|cb-enrichment-en}} | [[CB08|poznámky]] }}
+
{{R | TB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| {{pdf|cb-kmeans}} {{pdf|cb-enrichment-en}} | [[CB08|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
 
{{T|16.-22.11.|}}
 
{{T|16.-22.11.|}}
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov |  {{pdf|p-prot}} | }}
+
{{R | L| Štruktúra a funkcia proteínov |  {{pdf|p-prot}} | }}
 
{{Lit2 | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}, [https://youtu.be/ugMM81jZRpc video]
 
{{Lit2 | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}, [https://youtu.be/ugMM81jZRpc video]
{{R | CI|Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním |  |  [[CI09|poznámky]] }}
+
{{R | TI|Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním |  |  [[CI09|poznámky]] }}
{{R | CB|Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot | | [[CB09|poznámky]] }}
+
{{R | TB|Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot | | [[CB09|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
 
{{T|23.-29.11.|}}
 
{{T|23.-29.11.|}}
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | {{pdf|p-rna}} | }}
+
{{R | L| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | {{pdf|p-rna}} | }}
 
{{Lit2 | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}, [https://youtu.be/_Hh03Khsr9k video]
 
{{Lit2 | DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9}}, [https://youtu.be/_Hh03Khsr9k video]
{{R | CI| Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík |  | [[CI10|poznámky]] |  }}
+
{{R | TI| Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík |  | [[CI10|poznámky]] |  }}
{{R | CB| Nussinovovej algoritmus | | [[CB10|poznámky]] }}
+
{{R | TB| Nussinovovej algoritmus | | [[CB10|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
 
{{T|30.11.-6.12.|}}
 
{{T|30.11.-6.12.|}}
{{R | PR| Populačná genetika | {{pdf|p-popgen}} | }}
+
{{R | L| Populačná genetika | {{pdf|p-popgen}} | }}
 
{{Lit2 | }} [https://youtu.be/7vPt1vQX21M  video]
 
{{Lit2 | }} [https://youtu.be/7vPt1vQX21M  video]
{{R | CI| RNA štruktúra  |  | [[CI11|poznámky]] }}
+
{{R | TI| RNA štruktúra  |  | [[CI11|poznámky]] }}
{{R | CB| Microarray dáta, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika | | [[CB11|poznámky]]  }}
+
{{R | TB| Microarray dáta, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika | | [[CB11|poznámky]]  }}
 
|-
 
|-
 
{{T|7.-13.12.|}}
 
{{T|7.-13.12.|}}
{{R | PR| Prednáška nebude | | }}
+
{{R | L| Prednáška nebude | | }}
{{R | CI| Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania | {{pdf|ci-summary}}, {{pdf|ci-ilp}} | [[CI12|poznámky]] }}
+
{{R | TI| Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania | {{pdf|ci-summary}}, {{pdf|ci-ilp}} | [[CI12|poznámky]] }}
{{R | CB| Zhrnutie semestra, grafy, PSI-BLAST, Pfam, gény, komparatívna genomika, ukážka práce na príkazovom riadku | {{pdf|cb-summary}}, {{pdf|cb-graphs}} | [[CB12|poznámky]] }}
+
{{R | TB| Zhrnutie semestra, grafy, PSI-BLAST, Pfam, gény, komparatívna genomika, ukážka práce na príkazovom riadku | {{pdf|cb-summary}}, {{pdf|cb-graphs}} | [[CB12|poznámky]] }}
 
|-
 
|-
 
{{T|14.-20.12.|}}
 
{{T|14.-20.12.|}}
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
+
{{R | L| Nepovinné prezentácie | | }}
 
|-
 
|-
 
|}
 
|}

Verzia zo dňa a času 15:00, 22. september 2021

This webpage contains a preliminary schedule of lectures and tutorials for the semester which will be updated as needed. Notes and presentations will be published after each class.

Literature:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (preliminary version of lecture notes in Slovak, only several lectures) pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
    Can be studied in the faculty library under code I-INF-D-21
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
    Can be studied in the faculty library under code I-INF-Z-2

For each lecture we list book chapters best corresponding to the covered material. However, the lecture may differ substantially from the listed chapters which serve as the source of additional information.

Recordings of lectures in Slovak from 2018/19


Notes and presentations

L: lecture (everybody), TI: tutorial for computer science/informatics students, TB: tutorial for biology/chemistry/physics students


21.-27.9.
L: Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov pdf, pdf
BV kap. 1, video 1 video 2
TI: Úvod do biológie pdf poznámky
ZB kap. 1, video
TB: Úvod do informatiky, UCSC genome browser pdf poznámky
28.9.-4.10.
L: Zostavovanie genómov 2 pdf
video
TI: Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní poznámky
TB: Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti pdf poznámky
5.-11.10.
L: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2, video
TI: Úvod do dynamického programovania, proteomika poznámky
TB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty pdf poznámky
12.-18.10.
L: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie pdf
BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5, video
TI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií poznámky
TB: Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy poznámky
19.-25.10.
L: Hľadanie génov, skryté Markovove modely pdf
BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7, video
TI: Rýchle hľadanie podobnosti, BLAST, MinHash poznámky
TB: Skryté Markovove modely, programy na zarovnávanie sekvencií poznámky
27.10.-1.11.
L: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) pdf
BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2, video
TI: Algoritmy pre HMM poznámky
TB: Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu, fylogenetické stromy pdf poznámky
2.-8.11.
L: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM pdf
BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8, video
TI: Substitučné modely poznámky
TB: E-hodnota, fylogenetické stromy pdf poznámky
9.-15.11.
L: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách pdf
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1, video
TI: Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM, vzorové riešenia DÚ1 poznámky
TB: Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction pdf pdf poznámky
16.-22.11.
L: Štruktúra a funkcia proteínov pdf
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2, video
TI: Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním poznámky
TB: Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot poznámky
23.-29.11.
L: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín pdf
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9, video
TI: Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík poznámky
TB: Nussinovovej algoritmus poznámky
30.11.-6.12.
L: Populačná genetika pdf
video
TI: RNA štruktúra poznámky
TB: Microarray dáta, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika poznámky
7.-13.12.
L: Prednáška nebude
TI: Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania pdf, pdf poznámky
TB: Zhrnutie semestra, grafy, PSI-BLAST, Pfam, gény, komparatívna genomika, ukážka práce na príkazovom riadku pdf, pdf poznámky
14.-20.12.
L: Nepovinné prezentácie