1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2022/23

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Groups for journal club have each their own channel in MS Teams.


Materials: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 29: Riadok 29:
 
{|
 
{|
 
|-
 
|-
{{T|21.-27.9.|}}
+
{{T|23.9.|}}
{{R | L| Introduction, course rules, sequencing and genome assembly | {{pdf|p-intro}}, {{pdf|p-seq}} | }}
+
{{R | L| Introduction, course rules, sequencing and genome assembly | <!-- {{pdf|p-intro}}, {{pdf|p-seq}}--> | }}
{{Lit2 | BV chapter 1}}, [https://www.youtube.com/watch?v=3HI-wKmTuSs video 1] [https://www.youtube.com/watch?v=iHt5WPVFd7E video 2]
+
{{Lit2 | BV chapter 1}}, [https://www.youtube.com/watch?v=3HI-wKmTuSs SK video 1] [https://www.youtube.com/watch?v=iHt5WPVFd7E SK video 2]
{{R | TI| Introduction to biology  | {{pdf|ci-introbio}} | [[CI01|notes]] }}
+
{{R | TI| Introduction to biology  | <!-- {{pdf|ci-introbio}} --> | [[CI01|notes]] }}
{{Lit2 | ZB chapter 1}}, [https://www.youtube.com/watch?v=EtPqUOHTJD4 video]
+
{{Lit2 | ZB chapter 1}}, [https://www.youtube.com/watch?v=EtPqUOHTJD4 SK video]
 
{{R | TB| Introduction to computer science, UCSC genome browser | {{pdf|cb-introcs}} |  [[CB01|notes]] }}
 
{{R | TB| Introduction to computer science, UCSC genome browser | {{pdf|cb-introcs}} |  [[CB01|notes]] }}
 
|-
 
|-
{{T|28.9.-4.10.|}}
+
{{T|30.9|}}
 
{{R | L| Zostavovanie genómov 2 | {{pdf|p-seq2}} | }}
 
{{R | L| Zostavovanie genómov 2 | {{pdf|p-seq2}} | }}
{{Lit2 | }} [https://www.youtube.com/watch?v=YvZlTL1qyUg video]
+
{{Lit2 | }} [https://www.youtube.com/watch?v=YvZlTL1qyUg SK video]
{{R | TI| Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní | <!-- {{pdf|ci-coverage}}  --> | [[CI02|notes]] }}
+
{{R | TI| Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní | <!-- {{pdf|ci-coverage}}  --> | <!-- [[CI02|notes]]--> }}
{{R | TB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti | {{pdf|cb-dp}} | [[CB02|notes]] }}
+
{{R | TB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti | <!-- {{pdf|cb-dp}} --> | <!-- [[CB02|notes]]--> }}
 
|-
 
|-
{{T|5.-11.10.|}}
+
{{T|7.10.|}}
{{R | L| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie |  {{pdf|p-aln1}} | }}
+
{{R | L| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie |  <!-- {{pdf|p-aln1}}--> | }}
{{Lit2 | BV chapter 2, DEKM chapter 2.1-2.4, 2.8, ZB chapter 4.1-4.4, 5.1-5.2}}, [https://www.youtube.com/watch?v=0GkhkRiqbl4 video]
+
{{Lit2 | BV chapter 2, DEKM chapter 2.1-2.4, 2.8, ZB chapter 4.1-4.4, 5.1-5.2}}, [https://www.youtube.com/watch?v=0GkhkRiqbl4 SK video]
{{R | TI|Úvod do dynamického programovania, proteomika | <!-- {{pdf|ci-msms}} --> |  [[CI03|notes]] }}
+
{{R | TI|Úvod do dynamického programovania, proteomika | <!-- {{pdf|ci-msms}} --> |  <!--[[CI03|notes]]--> }}
{{R | TB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty | {{pdf|cb-dotplots}} |  [[CB03|notes]] }}
+
{{R | TB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty | <!-- {{pdf|cb-dotplots}} --> <!--[[CB03|notes]]--> }}
 
|-
 
|-
{{T|12.-18.10.|}}
+
{{T|14.10.|}}
{{R | L| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p-aln2}} | }}
+
{{R | L| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | <!-- {{pdf|p-aln2}} --> | }}
{{Lit2 | BV chapter 2, DEKM chapter 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB chapter 4.5-4.7, 5.3-5.5}}, [https://www.youtube.com/watch?v=jkQGXiqKbxM video]
+
{{Lit2 | BV chapter 2, DEKM chapter 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB chapter 4.5-4.7, 5.3-5.5}}, [https://www.youtube.com/watch?v=jkQGXiqKbxM SK video]
{{R | TI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | |  [[CI04|notes]] }}
+
{{R | TI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | |  <!-- [[CI04|notes]]--> }}
{{R | TB|Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy| | [[CB04|notes]] }}
+
{{R | TB|Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy| | <!-- [[CB04|notes]]--> }}
 
|-
 
|-
{{T|19.-25.10.|}}
+
{{T|21.10.|}}
 
{{R | L| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p-gene}} | }}
 
{{R | L| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p-gene}} | }}
 
{{Lit2 | BV chapter 4, DEKM chapter 3; ZB chapter 9.3, 10.4-10.7}}, [https://www.youtube.com/watch?v=jkQGXiqKbxM video]
 
{{Lit2 | BV chapter 4, DEKM chapter 3; ZB chapter 9.3, 10.4-10.7}}, [https://www.youtube.com/watch?v=jkQGXiqKbxM video]
{{R | TI|Rýchle hľadanie podobnosti, BLAST, MinHash |  | [[CI05|notes]] }}
+
{{R | TI|Rýchle hľadanie podobnosti, BLAST, MinHash |  | <!--[[CI05|notes]]--> }}
{{R | TB|Skryté Markovove modely, programy na zarovnávanie sekvencií |  | [[CB05|notes]] }}
+
{{R | TB|Skryté Markovove modely, programy na zarovnávanie sekvencií |  | <!--[[CB05|notes]]--> }}
 
<!-- {{pdf|ci-seeds}} -->
 
<!-- {{pdf|ci-seeds}} -->
 
|-
 
|-
{{T|27.10.-1.11.|}}
+
{{T|28.10.|}}
{{R | L| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p-phylo}} | }}
+
{{R | L| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | <!--{{pdf|p-phylo}}--> | }}
 
{{Lit2 | BV chapter 3, DEKM chapter 7,8; ZB chapter 7, 8.1-8.2}}, [https://youtu.be/RzfNHvZH4l8 video]
 
{{Lit2 | BV chapter 3, DEKM chapter 7,8; ZB chapter 7, 8.1-8.2}}, [https://youtu.be/RzfNHvZH4l8 video]
{{R | TI|Algoritmy pre HMM | <!-- {{pdf|ci-hmm}} -->  | [[CI06|notes]] }}
+
{{R | TI|Algoritmy pre HMM | <!-- {{pdf|ci-hmm}} -->  | <!--[[CI06|notes]]--> }}
{{R | TB|Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu, fylogenetické stromy <!-- Fitchov algoritmus --> | <!-- {{pdf|cb-phylo}} --> {{pdf|cb-phylo-en}} | [[CB06|notes]] }}
+
{{R | TB|Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu, fylogenetické stromy <!-- Fitchov algoritmus --> | <!-- {{pdf|cb-phylo}} --> <!--{{pdf|cb-phylo-en}}--> | <!--[[CB06|notes]]--> }}
 
|-
 
|-
{{T|2.-8.11.|}}
+
{{T|4.11.|}}
{{R | L| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM |  {{pdf|p-compgen}}  | }}
+
{{R | L| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM |  <!--{{pdf|p-compgen}}--> | }}
 
{{Lit2 | BV chapter 5, ZB chapter 9.8, 10.8}}, [https://youtu.be/1WM4QI2qx8A video]
 
{{Lit2 | BV chapter 5, ZB chapter 9.8, 10.8}}, [https://youtu.be/1WM4QI2qx8A video]
{{R | TI|Substitučné modely |  <!-- {{pdf|ci-matice}} --> |  [[CI07|notes]] }}
+
{{R | TI|Substitučné modely |  <!-- {{pdf|ci-matice}} --> |  <!--[[CI07|notes]]--> }}
{{R | TB|E-hodnota, fylogenetické stromy | {{pdf|cb-evalue}} <!-- {{pdf|cb-compgen}}, {{pdf|cb-gene}}--> | [[CB07|notes]] }}
+
{{R | TB|E-hodnota, fylogenetické stromy | <!--{{pdf|cb-evalue}}--> <!-- {{pdf|cb-compgen}}, {{pdf|cb-gene}}--> | <!--[[CB07|notes]]--> }}
 
|-
 
|-
{{T|9.-15.11.|}}
+
{{T|11.11.|}}
 
{{R | L| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p-expr}} | }}
 
{{R | L| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p-expr}} | }}
 
{{Lit2 | DEKM chapter 5.1, 11.5, ZB chapter 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}, [https://youtu.be/GFJ_oDV1KGU video]
 
{{Lit2 | DEKM chapter 5.1, 11.5, ZB chapter 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}, [https://youtu.be/GFJ_oDV1KGU video]
{{R | TI|Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM, vzorové riešenia DÚ1 | <!-- {{pdf|ci-hmm}} --> | [[CI08|notes]] }}
+
{{R | TI|Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM, vzorové riešenia DÚ1 | <!-- {{pdf|ci-hmm}} --> | <!--[[CI08|notes]]--> }}
{{R | TB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| {{pdf|cb-kmeans}} {{pdf|cb-enrichment-en}} | [[CB08|notes]] }}
+
{{R | TB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| <!--{{pdf|cb-kmeans}}--> {{pdf|cb-enrichment-en}} | <!--[[CB08|notes]]--> }}
 
|-
 
|-
{{T|16.-22.11.|}}
+
{{T|18.11.|}}
{{R | L| Štruktúra a funkcia proteínov |  {{pdf|p-prot}} | }}
+
{{R | L| Štruktúra a funkcia proteínov |  <!--{{pdf|p-prot}} | }}
 
{{Lit2 | DEKM chapter 5; ZB chapter 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}, [https://youtu.be/ugMM81jZRpc video]
 
{{Lit2 | DEKM chapter 5; ZB chapter 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}, [https://youtu.be/ugMM81jZRpc video]
{{R | TI|Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním |  |  [[CI09|notes]] }}
+
{{R | TI|Hľadanie motívov EM a Gibbsovým vzorkovaním |  |  <!--[[CI09|notes]]--> }}
{{R | TB|Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot | | [[CB09|notes]] }}
+
{{R | TB|Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot | | <!--[[CB09|notes]]--> }}
 
|-
 
|-
{{T|23.-29.11.|}}
+
{{T|25.11.|}}
 
{{R | L| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | {{pdf|p-rna}} | }}
 
{{R | L| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | {{pdf|p-rna}} | }}
 
{{Lit2 | DEKM chapter 10, ZB chapter 11.9}}, [https://youtu.be/_Hh03Khsr9k video]
 
{{Lit2 | DEKM chapter 10, ZB chapter 11.9}}, [https://youtu.be/_Hh03Khsr9k video]
{{R | TI| Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík |  | [[CI10|notes]] |  }}
+
{{R | TI| Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík |  | <!--[[CI10|notes]]--> |  }}
{{R | TB| Nussinovovej algoritmus | | [[CB10|notes]] }}
+
{{R | TB| Nussinovovej algoritmus | | <!--[[CB10|notes]]--> }}
 
|-
 
|-
{{T|30.11.-6.12.|}}
+
{{T|2.12.|}}
 
{{R | L| Populačná genetika | {{pdf|p-popgen}} | }}
 
{{R | L| Populačná genetika | {{pdf|p-popgen}} | }}
 
{{Lit2 | }} [https://youtu.be/7vPt1vQX21M  video]
 
{{Lit2 | }} [https://youtu.be/7vPt1vQX21M  video]
{{R | TI| RNA štruktúra  |  | [[CI11|notes]] }}
+
{{R | TI| RNA štruktúra  |  | <!--[[CI11|notes]]--> }}
{{R | TB| Microarray dáta, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika | | [[CB11|notes]]  }}
+
{{R | TB| Microarray dáta, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika | | <!--[[CB11|notes]]--> }}
 
|-
 
|-
{{T|7.-13.12.|}}
+
{{T|9.12.|}}
 
{{R | L| Prednáška nebude | | }}
 
{{R | L| Prednáška nebude | | }}
{{R | TI| Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania | {{pdf|ci-summary}}, {{pdf|ci-ilp}} | [[CI12|notes]] }}
+
{{R | TI| Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania | <!--{{pdf|ci-summary}}, {{pdf|ci-ilp}}--> | <!--[[CI12|notes]]--> }}
{{R | TB| Zhrnutie semestra, grafy, PSI-BLAST, Pfam, gény, komparatívna genomika, ukážka práce na príkazovom riadku | {{pdf|cb-summary}}, {{pdf|cb-graphs}} | [[CB12|notes]] }}
+
{{R | TB| Zhrnutie semestra, grafy, PSI-BLAST, Pfam, gény, komparatívna genomika, ukážka práce na príkazovom riadku | <!--{{pdf|cb-summary}}, {{pdf|cb-graphs}}--> | <!--[[CB12|notes]]--> }}
 
|-
 
|-
{{T|14.-20.12.|}}
+
{{T|16.12.|}}
 
{{R | L| Nepovinné prezentácie | | }}
 
{{R | L| Nepovinné prezentácie | | }}
 
|-
 
|-
 
|}
 
|}

Verzia zo dňa a času 21:02, 22. september 2021

This webpage contains a preliminary schedule of lectures and tutorials for the semester which will be updated as needed. Notes and presentations will be published after each class.

Literature:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (preliminary version of lecture notes in Slovak, only several lectures) pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
    Can be studied in the faculty library under code I-INF-D-21
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
    Can be studied in the faculty library under code I-INF-Z-2

For each lecture we list book chapters best corresponding to the covered material. However, the lecture may differ substantially from the listed chapters which serve as the source of additional information.

Recordings of lectures in Slovak from 2018/19


Notes and presentations

L: lecture (everybody), TI: tutorial for computer science/informatics students, TB: tutorial for biology/chemistry/physics students


23.9.
L: Introduction, course rules, sequencing and genome assembly
BV chapter 1, SK video 1 SK video 2
TI: Introduction to biology notes
ZB chapter 1, SK video
TB: Introduction to computer science, UCSC genome browser pdf notes
30.9
L: Zostavovanie genómov 2 pdf
SK video
TI: Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní
TB: Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti
7.10.
L: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie
BV chapter 2, DEKM chapter 2.1-2.4, 2.8, ZB chapter 4.1-4.4, 5.1-5.2, SK video
TI: Úvod do dynamického programovania, proteomika
TB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty
14.10.
L: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie
BV chapter 2, DEKM chapter 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB chapter 4.5-4.7, 5.3-5.5, SK video
TI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií
TB: Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy
21.10.
L: Hľadanie génov, skryté Markovove modely pdf
BV chapter 4, DEKM chapter 3; ZB chapter 9.3, 10.4-10.7, video
TI: Rýchle hľadanie podobnosti, BLAST, MinHash
TB: Skryté Markovove modely, programy na zarovnávanie sekvencií
28.10.
L: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)
BV chapter 3, DEKM chapter 7,8; ZB chapter 7, 8.1-8.2, video
TI: Algoritmy pre HMM
TB: Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu, fylogenetické stromy
4.11.
L: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM
BV chapter 5, ZB chapter 9.8, 10.8, video
TI: Substitučné modely
TB: E-hodnota, fylogenetické stromy
11.11.
L: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách pdf
DEKM chapter 5.1, 11.5, ZB chapter 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1, video
TI: Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM, vzorové riešenia DÚ1
TB: Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction pdf
18.11.
L: Štruktúra a funkcia proteínov {{{4}}}
TB: Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot
25.11.
L: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín pdf
DEKM chapter 10, ZB chapter 11.9, video
TI: Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík
TB: Nussinovovej algoritmus
2.12.
L: Populačná genetika pdf
video
TI: RNA štruktúra
TB: Microarray dáta, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika
9.12.
L: Prednáška nebude
TI: Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania
TB: Zhrnutie semestra, grafy, PSI-BLAST, Pfam, gény, komparatívna genomika, ukážka práce na príkazovom riadku
16.12.
L: Nepovinné prezentácie