1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2022/23

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Groups for journal club have each their own channel in MS Teams.


Materials: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 29: Riadok 29:
 
{|
 
{|
 
|-
 
|-
{{T|23.9.|}}
+
{{T|Sept. 23|}}
 
{{R | L| Introduction, course rules, sequencing and genome assembly | <!-- {{pdf|p-intro}}, {{pdf|p-seq}}--> | }}
 
{{R | L| Introduction, course rules, sequencing and genome assembly | <!-- {{pdf|p-intro}}, {{pdf|p-seq}}--> | }}
 
{{Lit2 | BV chapter 1}}, [https://www.youtube.com/watch?v=3HI-wKmTuSs SK video 1] [https://www.youtube.com/watch?v=iHt5WPVFd7E SK video 2]
 
{{Lit2 | BV chapter 1}}, [https://www.youtube.com/watch?v=3HI-wKmTuSs SK video 1] [https://www.youtube.com/watch?v=iHt5WPVFd7E SK video 2]
Riadok 36: Riadok 36:
 
{{R | TB| Introduction to computer science, UCSC genome browser | {{pdf|cb-introcs}} |  [[CB01|notes]] }}
 
{{R | TB| Introduction to computer science, UCSC genome browser | {{pdf|cb-introcs}} |  [[CB01|notes]] }}
 
|-
 
|-
{{T|30.9|}}
+
{{T|Sept 30|}}
 
{{R | L| Zostavovanie genómov 2 | {{pdf|p-seq2}} | }}
 
{{R | L| Zostavovanie genómov 2 | {{pdf|p-seq2}} | }}
 
{{Lit2 | }} [https://www.youtube.com/watch?v=YvZlTL1qyUg SK video]
 
{{Lit2 | }} [https://www.youtube.com/watch?v=YvZlTL1qyUg SK video]
Riadok 42: Riadok 42:
 
{{R | TB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti | <!-- {{pdf|cb-dp}} --> | <!-- [[CB02|notes]]--> }}
 
{{R | TB| Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti | <!-- {{pdf|cb-dp}} --> | <!-- [[CB02|notes]]--> }}
 
|-
 
|-
{{T|7.10.|}}
+
{{T|Oct 7|}}
 
{{R | L| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie |  <!-- {{pdf|p-aln1}}--> | }}
 
{{R | L| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie |  <!-- {{pdf|p-aln1}}--> | }}
 
{{Lit2 | BV chapter 2, DEKM chapter 2.1-2.4, 2.8, ZB chapter 4.1-4.4, 5.1-5.2}}, [https://www.youtube.com/watch?v=0GkhkRiqbl4 SK video]
 
{{Lit2 | BV chapter 2, DEKM chapter 2.1-2.4, 2.8, ZB chapter 4.1-4.4, 5.1-5.2}}, [https://www.youtube.com/watch?v=0GkhkRiqbl4 SK video]
Riadok 48: Riadok 48:
 
{{R | TB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty | <!-- {{pdf|cb-dotplots}} --> |  <!--[[CB03|notes]]--> }}
 
{{R | TB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty | <!-- {{pdf|cb-dotplots}} --> |  <!--[[CB03|notes]]--> }}
 
|-
 
|-
{{T|14.10.|}}
+
{{T|Oct 14|}}
 
{{R | L| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | <!-- {{pdf|p-aln2}} --> | }}
 
{{R | L| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | <!-- {{pdf|p-aln2}} --> | }}
 
{{Lit2 | BV chapter 2, DEKM chapter 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB chapter 4.5-4.7, 5.3-5.5}}, [https://www.youtube.com/watch?v=jkQGXiqKbxM SK video]
 
{{Lit2 | BV chapter 2, DEKM chapter 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB chapter 4.5-4.7, 5.3-5.5}}, [https://www.youtube.com/watch?v=jkQGXiqKbxM SK video]
Riadok 54: Riadok 54:
 
{{R | TB|Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy| | <!-- [[CB04|notes]]--> }}
 
{{R | TB|Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy| | <!-- [[CB04|notes]]--> }}
 
|-
 
|-
{{T|21.10.|}}
+
{{T|Oct 21|}}
 
{{R | L| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p-gene}} | }}
 
{{R | L| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p-gene}} | }}
 
{{Lit2 | BV chapter 4, DEKM chapter 3; ZB chapter 9.3, 10.4-10.7}}, [https://www.youtube.com/watch?v=jkQGXiqKbxM video]
 
{{Lit2 | BV chapter 4, DEKM chapter 3; ZB chapter 9.3, 10.4-10.7}}, [https://www.youtube.com/watch?v=jkQGXiqKbxM video]
Riadok 61: Riadok 61:
 
<!-- {{pdf|ci-seeds}} -->
 
<!-- {{pdf|ci-seeds}} -->
 
|-
 
|-
{{T|28.10.|}}
+
{{T|Oct 28|}}
 
{{R | L| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | <!--{{pdf|p-phylo}}--> | }}
 
{{R | L| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | <!--{{pdf|p-phylo}}--> | }}
 
{{Lit2 | BV chapter 3, DEKM chapter 7,8; ZB chapter 7, 8.1-8.2}}, [https://youtu.be/RzfNHvZH4l8 video]
 
{{Lit2 | BV chapter 3, DEKM chapter 7,8; ZB chapter 7, 8.1-8.2}}, [https://youtu.be/RzfNHvZH4l8 video]
Riadok 67: Riadok 67:
 
{{R | TB|Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu, fylogenetické stromy <!-- Fitchov algoritmus --> | <!-- {{pdf|cb-phylo}} --> <!--{{pdf|cb-phylo-en}}--> | <!--[[CB06|notes]]--> }}
 
{{R | TB|Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu, fylogenetické stromy <!-- Fitchov algoritmus --> | <!-- {{pdf|cb-phylo}} --> <!--{{pdf|cb-phylo-en}}--> | <!--[[CB06|notes]]--> }}
 
|-
 
|-
{{T|4.11.|}}
+
{{T|Nov 4|}}
 
{{R | L| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM |  <!--{{pdf|p-compgen}}-->  | }}
 
{{R | L| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM |  <!--{{pdf|p-compgen}}-->  | }}
 
{{Lit2 | BV chapter 5, ZB chapter 9.8, 10.8}}, [https://youtu.be/1WM4QI2qx8A video]
 
{{Lit2 | BV chapter 5, ZB chapter 9.8, 10.8}}, [https://youtu.be/1WM4QI2qx8A video]
Riadok 73: Riadok 73:
 
{{R | TB|E-hodnota, fylogenetické stromy | <!--{{pdf|cb-evalue}}--> <!-- {{pdf|cb-compgen}}, {{pdf|cb-gene}}--> | <!--[[CB07|notes]]--> }}
 
{{R | TB|E-hodnota, fylogenetické stromy | <!--{{pdf|cb-evalue}}--> <!-- {{pdf|cb-compgen}}, {{pdf|cb-gene}}--> | <!--[[CB07|notes]]--> }}
 
|-
 
|-
{{T|11.11.|}}
+
{{T|Nov 11|}}
 
{{R | L| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p-expr}} | }}
 
{{R | L| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p-expr}} | }}
 
{{Lit2 | DEKM chapter 5.1, 11.5, ZB chapter 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}, [https://youtu.be/GFJ_oDV1KGU video]
 
{{Lit2 | DEKM chapter 5.1, 11.5, ZB chapter 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}, [https://youtu.be/GFJ_oDV1KGU video]
Riadok 79: Riadok 79:
 
{{R | TB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| <!--{{pdf|cb-kmeans}}--> {{pdf|cb-enrichment-en}} | <!--[[CB08|notes]]--> }}
 
{{R | TB|Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction| <!--{{pdf|cb-kmeans}}--> {{pdf|cb-enrichment-en}} | <!--[[CB08|notes]]--> }}
 
|-
 
|-
{{T|18.11.|}}
+
{{T|Nov 18|}}
 
{{R | L| Štruktúra a funkcia proteínov |  <!--{{pdf|p-prot}} | }}
 
{{R | L| Štruktúra a funkcia proteínov |  <!--{{pdf|p-prot}} | }}
 
{{Lit2 | DEKM chapter 5; ZB chapter 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}, [https://youtu.be/ugMM81jZRpc video]
 
{{Lit2 | DEKM chapter 5; ZB chapter 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}, [https://youtu.be/ugMM81jZRpc video]
Riadok 85: Riadok 85:
 
{{R | TB|Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot | | <!--[[CB09|notes]]--> }}
 
{{R | TB|Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot | | <!--[[CB09|notes]]--> }}
 
|-
 
|-
{{T|25.11.|}}
+
{{T|Nov 25|}}
 
{{R | L| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | {{pdf|p-rna}} | }}
 
{{R | L| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | {{pdf|p-rna}} | }}
 
{{Lit2 | DEKM chapter 10, ZB chapter 11.9}}, [https://youtu.be/_Hh03Khsr9k video]
 
{{Lit2 | DEKM chapter 10, ZB chapter 11.9}}, [https://youtu.be/_Hh03Khsr9k video]
Riadok 91: Riadok 91:
 
{{R | TB| Nussinovovej algoritmus | | <!--[[CB10|notes]]--> }}
 
{{R | TB| Nussinovovej algoritmus | | <!--[[CB10|notes]]--> }}
 
|-
 
|-
{{T|2.12.|}}
+
{{T|Dec 2|}}
 
{{R | L| Populačná genetika | {{pdf|p-popgen}} | }}
 
{{R | L| Populačná genetika | {{pdf|p-popgen}} | }}
 
{{Lit2 | }} [https://youtu.be/7vPt1vQX21M  video]
 
{{Lit2 | }} [https://youtu.be/7vPt1vQX21M  video]
Riadok 97: Riadok 97:
 
{{R | TB| Microarray dáta, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika | | <!--[[CB11|notes]]-->  }}
 
{{R | TB| Microarray dáta, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika | | <!--[[CB11|notes]]-->  }}
 
|-
 
|-
{{T|9.12.|}}
+
{{T|Dec 9|}}
 
{{R | L| Prednáška nebude | | }}
 
{{R | L| Prednáška nebude | | }}
 
{{R | TI| Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania | <!--{{pdf|ci-summary}}, {{pdf|ci-ilp}}--> | <!--[[CI12|notes]]--> }}
 
{{R | TI| Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania | <!--{{pdf|ci-summary}}, {{pdf|ci-ilp}}--> | <!--[[CI12|notes]]--> }}
 
{{R | TB| Zhrnutie semestra, grafy, PSI-BLAST, Pfam, gény, komparatívna genomika, ukážka práce na príkazovom riadku | <!--{{pdf|cb-summary}}, {{pdf|cb-graphs}}--> | <!--[[CB12|notes]]--> }}
 
{{R | TB| Zhrnutie semestra, grafy, PSI-BLAST, Pfam, gény, komparatívna genomika, ukážka práce na príkazovom riadku | <!--{{pdf|cb-summary}}, {{pdf|cb-graphs}}--> | <!--[[CB12|notes]]--> }}
 
|-
 
|-
{{T|16.12.|}}
+
{{T|Dec 16|}}
 
{{R | L| Nepovinné prezentácie | | }}
 
{{R | L| Nepovinné prezentácie | | }}
 
|-
 
|-
 
|}
 
|}

Verzia zo dňa a času 21:04, 22. september 2021

This webpage contains a preliminary schedule of lectures and tutorials for the semester which will be updated as needed. Notes and presentations will be published after each class.

Literature:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (preliminary version of lecture notes in Slovak, only several lectures) pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
    Can be studied in the faculty library under code I-INF-D-21
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
    Can be studied in the faculty library under code I-INF-Z-2

For each lecture we list book chapters best corresponding to the covered material. However, the lecture may differ substantially from the listed chapters which serve as the source of additional information.

Recordings of lectures in Slovak from 2018/19


Notes and presentations

L: lecture (everybody), TI: tutorial for computer science/informatics students, TB: tutorial for biology/chemistry/physics students


Sept. 23
L: Introduction, course rules, sequencing and genome assembly
BV chapter 1, SK video 1 SK video 2
TI: Introduction to biology notes
ZB chapter 1, SK video
TB: Introduction to computer science, UCSC genome browser pdf notes
Sept 30
L: Zostavovanie genómov 2 pdf
SK video
TI: Úvod do pravdepodobnosti, pokrytie pri sekvenovaní
TB: Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti
Oct 7
L: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie
BV chapter 2, DEKM chapter 2.1-2.4, 2.8, ZB chapter 4.1-4.4, 5.1-5.2, SK video
TI: Úvod do dynamického programovania, proteomika
TB: Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty
Oct 14
L: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie
BV chapter 2, DEKM chapter 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB chapter 4.5-4.7, 5.3-5.5, SK video
TI: Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií
TB: Programy na zarovnávanie sekvencií, skórovacie schémy
Oct 21
L: Hľadanie génov, skryté Markovove modely pdf
BV chapter 4, DEKM chapter 3; ZB chapter 9.3, 10.4-10.7, video
TI: Rýchle hľadanie podobnosti, BLAST, MinHash
TB: Skryté Markovove modely, programy na zarovnávanie sekvencií
Oct 28
L: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie)
BV chapter 3, DEKM chapter 7,8; ZB chapter 7, 8.1-8.2, video
TI: Algoritmy pre HMM
TB: Substitučné modely, bootstrap, zakorenenie stromu, fylogenetické stromy
Nov 4
L: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM
BV chapter 5, ZB chapter 9.8, 10.8, video
TI: Substitučné modely
TB: E-hodnota, fylogenetické stromy
Nov 11
L: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách pdf
DEKM chapter 5.1, 11.5, ZB chapter 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1, video
TI: Felsensteinov algoritmus, algoritmy pre HMM a phyloHMM, vzorové riešenia DÚ1
TB: Zhlukovanie algoritmom k-means, nadreprezentácia, multiple testing correction pdf
Nov 18
L: Štruktúra a funkcia proteínov {{{4}}}
TB: Úvod do bezkontextových gramatík, Uniprot
Nov 25
L: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín pdf
DEKM chapter 10, ZB chapter 11.9, video
TI: Ukážky biologických databáz, úvod do bezkontextových gramatík
TB: Nussinovovej algoritmus
Dec 2
L: Populačná genetika pdf
video
TI: RNA štruktúra
TB: Microarray dáta, RNA štruktúra, MEME, transkripčné faktory v SGD, populačná genetika
Dec 9
L: Prednáška nebude
TI: Zhrnutie semestra, Protein threading pomocou celočíselného lineárneho programovania
TB: Zhrnutie semestra, grafy, PSI-BLAST, Pfam, gény, komparatívna genomika, ukážka práce na príkazovom riadku
Dec 16
L: Nepovinné prezentácie