1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2023/24

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Exam rules, example questions and syllabus
Groups for journal club have each their own group in Moodle.


Materials: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 32: Riadok 32:
 
|-
 
|-
 
{{T|6.-12.10.|}}
 
{{T|6.-12.10.|}}
 +
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | {{pdf|p03}} | }}
 
|-
 
|-
 
{{T|13.-19.10.|}}
 
{{T|13.-19.10.|}}
 +
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p04}} | }}
 
|-
 
|-
 
{{T|20.-26.10.|}}
 
{{T|20.-26.10.|}}
 +
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p06}} | }}
 
|-
 
|-
 
{{T|27.10.-2.11.|}}
 
{{T|27.10.-2.11.|}}
 +
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p05}} | }}
 
|-
 
|-
 
{{T|3.-9.11.|}}
 
{{T|3.-9.11.|}}
 +
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | {{pdf|p07}} | }}
 
|-
 
|-
 
{{T|10.-16.11.|}}
 
{{T|10.-16.11.|}}
 +
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p09b}} | }}
 
|-
 
|-
 
{{T|17.-23.11.|}}
 
{{T|17.-23.11.|}}
 +
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | {{pdf|p08}} | }}
 
|-
 
|-
 
{{T|24.-30.11.|}}
 
{{T|24.-30.11.|}}
 +
{{R | PR| RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín | {{pdf|p12}} | }}
 
|-
 
|-
 
{{T|1.-7.12.|}}
 
{{T|1.-7.12.|}}
 +
{{R | PR| Populačná genetika | {{pdf|p11}} | }}
 
|-
 
|-
 
{{T|8.-14.12.|}}
 
{{T|8.-14.12.|}}
 +
{{R | PR| Rezerva | | }}
 
|-
 
|-
 
{{T|15.-21.12.|}}
 
{{T|15.-21.12.|}}
 +
{{R | PR| Nepovinné prezentácie | | }}
 
|-
 
|-
 
|}
 
|}

Verzia zo dňa a času 12:37, 20. september 2014

Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 2.1.2014: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov


22.-28.9.
PR: Úvod, administratíva, ukážky bioinformatických problémov pdf
CI: Úvod do biológie pdf poznámky
ZB kap. 1
CB: Úvod do informatiky pdf
29.9.-5.10
PR: Sekvenovanie a zostavovanie genómov pdf
BV kap. 1
6.-12.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie pdf
13.-19.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie pdf
20.-26.10.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) pdf
27.10.-2.11.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely pdf
3.-9.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM pdf
10.-16.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách pdf
17.-23.11.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov pdf
24.-30.11.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín pdf
1.-7.12.
PR: Populačná genetika pdf
8.-14.12.
PR: Rezerva
15.-21.12.
PR: Nepovinné prezentácie