1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2022/23

Introduction · Rules · Tasks and dates · Materials · Moodle · Discussion
Quizzes can be found in Moodle.
Homework assignments and journal club papers can be found in Tasks and dates.
Groups for journal club have each their own channel in MS Teams.


Materials: Rozdiel medzi revíziami

Z MBI
Prejsť na: navigácia, hľadanie
Riadok 33: Riadok 33:
 
{{T|6.-12.10.|}}
 
{{T|6.-12.10.|}}
 
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | {{pdf|p03}} | }}
 
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | {{pdf|p03}} | }}
{{Lit | DEKM kap.2, ZB kap. 4.1-4.2, 5.1-5.2}}
+
{{Lit | DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}}
 
|-
 
|-
 
{{T|13.-19.10.|}}
 
{{T|13.-19.10.|}}
 
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p04}} | }}
 
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p04}} | }}
{{Lit | DEKM kap.2,6; ZB kap. 4.3, 5.3-5.5}}
+
{{Lit | DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}}
 
|-
 
|-
 
{{T|20.-26.10.|}}
 
{{T|20.-26.10.|}}
 
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p06}} | }}
 
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p06}} | }}
{{Lit | DEKM kap. 7,8; ZB kap. 8.1-8.2,7.2}}
+
{{Lit | DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}}
 
|-
 
|-
 
{{T|27.10.-2.11.|}}
 
{{T|27.10.-2.11.|}}
 
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p05}} | }}
 
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p05}} | }}
{{Lit | DEKM kap. 3; ZB 9.3, 10.3-10.7}}
+
{{Lit | DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}}
 
|-
 
|-
 
{{T|3.-9.11.|}}
 
{{T|3.-9.11.|}}
 
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | {{pdf|p07}} | }}
 
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | {{pdf|p07}} | }}
 +
{{Lit | ZB kap. 9.8, 10.8}}
 
|-
 
|-
 
{{T|10.-16.11.|}}
 
{{T|10.-16.11.|}}
 
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p09b}} | }}
 
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p09b}} | }}
{{Lit | ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.4,17.1}}
+
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}}
 
|-
 
|-
 
{{T|17.-23.11.|}}
 
{{T|17.-23.11.|}}
 
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | {{pdf|p08}} | }}
 
{{R | PR| Štruktúra a funkcia proteínov | {{pdf|p08}} | }}
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB 6.1-6.2,13.1-13.2}}
+
{{Lit | DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2}}
 
|-
 
|-
 
{{T|24.-30.11.|}}
 
{{T|24.-30.11.|}}

Verzia zo dňa a času 13:39, 20. september 2014

Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.

Literatúra:

  • BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
    • Verzia z 2.1.2014: pdf
  • DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
  • ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.

Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.

PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov


22.-28.9.
PR: Úvod, administratíva, ukážky bioinformatických problémov pdf
CI: Úvod do biológie pdf poznámky
ZB kap. 1
CB: Úvod do informatiky pdf
29.9.-5.10
PR: Sekvenovanie a zostavovanie genómov pdf
BV kap. 1
6.-12.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie pdf
DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2
13.-19.10.
PR: Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie pdf
DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5
20.-26.10.
PR: Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) pdf
DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2
27.10.-2.11.
PR: Hľadanie génov, skryté Markovove modely pdf
DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7
3.-9.11.
PR: Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM pdf
ZB kap. 9.8, 10.8
10.-16.11.
PR: Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách pdf
DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1
17.-23.11.
PR: Štruktúra a funkcia proteínov pdf
DEKM kap. 5; ZB kap. 4.8-4.10, 6.1-6.2, 13.1-13.2
24.-30.11.
PR: RNA, sekundárna štruktúra, Nussinovej algoritmus, stochastické bezkontextové gramatiky, profily RNA rodín pdf
DEKM kap. 10, ZB kap. 11.9
1.-7.12.
PR: Populačná genetika pdf
8.-14.12.
PR: Rezerva
15.-21.12.
PR: Nepovinné prezentácie