1-BIN-301, 2-AIN-501 Methods in Bioinformatics, 2023/24
Materials: Rozdiel medzi revíziami
Z MBI
| Riadok 37: | Riadok 37: | ||
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | {{pdf|p-aln1}} | }} | {{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, skórovanie | {{pdf|p-aln1}} | }} | ||
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}} | {{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.1-2.4, 2.8, ZB kap. 4.1-4.4, 5.1-5.2}} | ||
| − | {{R | CI|Úvod do dynamického programovania, proteomika | {{pdf|cb-dp}}, {{pdf|ci-msms}} | [[ | + | {{R | CI|Úvod do dynamického programovania, proteomika | {{pdf|cb-dp}}, {{pdf|ci-msms}} | [[CI03|poznámky]] }} |
| − | {{R | CB| | + | {{R | CB|Dynamické programovanie pre zarovnávanie sekvencií, dotploty | {{pdf|cb-dotplots}} | [[CB03|poznámky]] }} |
|- | |- | ||
{{T|10.-16.10.|}} | {{T|10.-16.10.|}} | ||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
{{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p-aln2}} | }} | {{R | PR| Zarovnávanie sekvencií: heuristické zarovnávanie (BLAST), štatistická významnosť zarovnaní, zarovnávanie genómov, viacnásobné zarovnanie | {{pdf|p-aln2}} | }} | ||
{{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}} | {{Lit | BV kap. 2, DEKM kap. 2.5, 2.7, 6.1-6.3; ZB kap. 4.5-4.7, 5.3-5.5}} | ||
| − | {{R | CI| | + | {{R | CI|Pokročilé algoritmy pre zarovnávanie sekvencií | | [[CI04|poznámky]] }} |
| − | {{R | CB| | + | {{R | CB|Úvod do pravdepodobnosti II, programy na zarovnávanie sekvencií| | [[CB04|poznámky]] }} |
|- | |- | ||
| − | {{T| | + | {{T|17.-23.10.|}} |
{{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p-phylo}} | }} | {{R | PR| Rekonštrukcia fylogenetických stromov (úspornosť, metóda spájania susedov, modely evolúcie) | {{pdf|p-phylo}} | }} | ||
{{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}} | {{Lit | BV kap. 3, DEKM kap. 7,8; ZB kap. 7, 8.1-8.2}} | ||
| Riadok 57: | Riadok 52: | ||
{{R | CB|Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov| {{pdf|cb-phylo}} | [[CB05|poznámky]] }} | {{R | CB|Bootstrap, praktická ukážka tvorby stromov| {{pdf|cb-phylo}} | [[CB05|poznámky]] }} | ||
|- | |- | ||
| − | {{T| | + | {{T|24.10.-30.10.|}} |
{{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p-gene}} | }} | {{R | PR| Hľadanie génov, skryté Markovove modely | {{pdf|p-gene}} | }} | ||
{{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}} | {{Lit | BV kap. 4, DEKM kap. 3; ZB kap. 9.3, 10.4-10.7}} | ||
| Riadok 63: | Riadok 58: | ||
{{R | CB|Substitučné modely, skryté Markovove modely| | [[CB06|poznámky]] }} | {{R | CB|Substitučné modely, skryté Markovove modely| | [[CB06|poznámky]] }} | ||
|- | |- | ||
| − | {{T| | + | {{T|2.-8.11.|}} |
{{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | {{pdf|p-compgen}} | }} | {{R | PR| Komparatívna genomika, detekcia pozitívneho a purifikačného výberu, komparatívne hľadanie génov, fylogenetické HMM | {{pdf|p-compgen}} | }} | ||
{{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}} | {{Lit | BV kap. 5, ZB kap. 9.8, 10.8}} | ||
| Riadok 69: | Riadok 64: | ||
{{R | CB|E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika| {{pdf|cb-evalue}}, {{pdf|cb-gene}} | [[CB07|poznámky]] }} | {{R | CB|E-value, hľadanie génov, komparatívna genomika| {{pdf|cb-evalue}}, {{pdf|cb-gene}} | [[CB07|poznámky]] }} | ||
|- | |- | ||
| − | {{T| | + | {{T|9.-15.11.|}} |
{{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p-expr}} | }} | {{R | PR| Expresia génov, zhlukovanie, klasifikácia, regulačné siete, transkripčné faktory, motívy v sekvenciách | {{pdf|p-expr}} | }} | ||
{{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}} | {{Lit | DEKM kap. 5.1, 11.5, ZB kap. 6.6,15.1,16.1-16.5,17.1}} | ||
{{R | CI|Algoritmy pre HMM a phyloHMM | {{pdf|ci-hmm}} | [[CI08|poznámky]] }} | {{R | CI|Algoritmy pre HMM a phyloHMM | {{pdf|ci-hmm}} | [[CI08|poznámky]] }} | ||
{{R | CB|Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta | {{pdf|cb-kmeans}} | [[CB08|poznámky]] }} | {{R | CB|Nadreprezentácia, multiple testing correction, zhlukovanie algoritmom k-means, microarray dáta | {{pdf|cb-kmeans}} | [[CB08|poznámky]] }} | ||
| + | |- | ||
| + | {{T|16.-22.11.|nebude}} | ||
|- | |- | ||
{{T|23.-29.11.|}} | {{T|23.-29.11.|}} | ||
Verzia zo dňa a času 16:57, 21. september 2016
Na tejto stránke nájdete orientačný rozvrh semestra, ktorý budeme priebežne aktualizovať. Poznámky z prednášok a ďalšie rozširujúce materiály budú pribúdať po skončení príslušných prednášok.
Literatúra:
- BV: Brejová, Vinař: Metódy v bioinformatike. (predbežná verzia skrípt, iba niektoré prednášky)
- Verzia z 1.10.2015: pdf
- DEKM: Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison: Biological sequence analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press 1998.
- ZB: Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Taylor & Francis 2008.
Pri prednáškach uvádzame kapitoly najviac pokrývajúce učivo, ktoré plánujeme prebrať. Prezentácia materiálu v rámci prednášok sa obvykle nezhoduje s prezentáciou v učebniciach. Uvedené kapitoly by mali hlavne slúžiť ako doplňujúci materiál pre samoštúdium.
PR: spoločná prednáška, CI: cvičenia pre informatikov, CB: cvičenia pre biológov
| 19.-25.9. | |||
| PR: | Úvod, administratíva, sekvenovanie a zostavovanie genómov | ||
| BV kap. 1 | |||
| CI: | Úvod do biológie | ||
| ZB kap. 1 | |||
| CB: | Úvod do informatiky, UCSC genome browser | ||
| 26.9.-2.10 | |||
| PR: | nebude, cvičenia pre biológov začínajú 15:40 | ||
| CI: | Úvod do pravdepodobnosti | ||
| CB: | Úvod do dynamického programovania, úvod do pravdepodobnosti I | ||
